안녕하세요 절세도사 김주성 세무사입니다^^
오늘은 약국을 새로 개업하시거나, 이미 운영 중이신 약사 사장님들께서 반드시 알아야 할 세무 핵심 사항과 절세 전략에 대해 상세하게 설명드리겠습니다.
약국은 일반 소매업과 달리 과세매출과 면세매출이 동시에 발생하는 '겸영사업자'이고, 약사는 전문직 사업자로 분류되어 매출 규모와 관계없이 복식부기의무가 부과되는 등 세무적으로 특수한 구조를 가지고 있습니다. 이런 특성을 제대로 이해하지 못하면 불필요한 세금을 더 내거나, 가산세를 물게 되는 경우가 생길 수 있습니다.
원천세, 부가가치세, 면세사업자 사업장현황신고, 종합소득세 신고, 리베이트 관련 주의사항까지 하나하나 꼼꼼히 짚어드리겠습니다.
약국 개업 절차 — 3단계로 정리하면 이렇습니다
약국을 개업하려면 단순히 가게를 열면 되는 것이 아니라, 법적·행정적 절차를 순서대로 밟아야 합니다. 크게 3단계로 나눌 수 있습니다.
STEP 1. 약국개설등록
관할 시·군·구청 보건행정과에 약국개설등록 신청
약사 면허증, 임대차계약서, 약국 도면 등 구비서류 제출
약국개설등록증 발급 후 영업 가능
약국과 약국 간 거리 제한, 의료기관과의 담합 금지 등 약사법상 규정 준수 필수
STEP 2. 사업자등록
관할 세무서에 사업자등록 신청 (개업일로부터 20일 이내)
업태: 도·소매업 / 종목: 의약품 소매업
일반과세자로 등록 (약국은 간이과세 적용 배제 업종)
면세사업자 등록도 함께 진행 (조제수입 = 면세)
사업자등록 전 매입세액도 공제 가능하므로, 인테리어 등 개업 준비 비용의 세금계산서를 꼭 수취해야 합니다
STEP 3. 요양기관 지정신청
국민건강보험공단에 요양기관 지정신청
건강보험 환자 조제를 위해 반드시 필요
약국개설등록증, 사업자등록증 사본 등 제출
지정 후 건강보험심사평가원에 청구 가능
개업 후 세무 체크사항:
사업용 계좌 개설 및 홈택스 등록
사업용 신용카드 홈택스 등록
복식부기 장부 기장 시작 (세무대리인 선임 권장)
원천세 신고 준비 (직원 채용 시)
4대보험 사업장 가입 신고
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약국 부가가치세 — 겸영사업자의 과세·면세 구분이 핵심입니다
약국 세무에서 가장 중요한 개념이 바로 '겸영사업자'입니다.
약국은 처방전에 의한 조제용역(면세매출)과 일반의약품·건강기능식품 등의 판매(과세매출)가 동시에 발생하기 때문에, 부가가치세법상 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자로 분류됩니다.
또한 약국은 간이과세 적용이 배제되는 업종이므로, 매출 규모와 관계없이 반드시 일반과세자로 부가가치세를 신고·납부해야 합니다.
면세매출 항목 (부가가치세 면제)
처방전에 의한 조제 용역 (의료보건용역으로 면세)
건강보험 조제수입
자동차보험 조제수입
산재보험 조제수입
비보험 조제 (처방전이 있는 경우)
여성용 생리용품
콘택트렌즈 세정액
근거 법령: 부가가치세법 제26조 제1항 제5호 (의료보건용역의 면세)
과세매출 항목 (부가가치세 10% 과세)
일반의약품(OTC) 판매 — 처방전 없이 판매하는 의약품
건강기능식품 판매 — 홍삼, 비타민 등
화장품 판매
담배 판매
의료기기 판매
건강보조식품 판매
기타 잡화 판매
매입세액 공제·불공제·안분계산
약국의 매입세액 처리는 해당 매입이 과세매출과 관련되는지, 면세매출과 관련되는지에 따라 달라집니다.
1) 공제 가능: 일반의약품(OTC), 건강기능식품 등 과세매출에 직접 관련되는 매입세액은 전액 공제 가능합니다.
2) 불공제: 전문의약품(ETC), 조제 관련 소모품 등 면세매출에 직접 관련되는 매입세액은 공제받을 수 없습니다.
3) 안분계산: 약국 임차료, 관리비, 전기료, 인터넷 비용 등 과세와 면세에 공통으로 사용되는 매입에 대해서는 '공통매입세액 안분계산'을 해야 합니다.
공통매입세액 안분계산 공식:
공제세액 = 공통매입세액 × (과세매출 ÷ 총매출)
즉, 과세매출 비율이 높을수록 공제받는 매입세액이 커집니다. 대부분의 약국은 조제수입(면세)이 매출의 대부분을 차지하기 때문에, 실제로 공제받을 수 있는 공통매입세액 비율은 크지 않은 편입니다. 그러나 OTC 매출이나 건강기능식품 매출 비중이 큰 약국이라면 안분계산을 꼼꼼히 하는 것이 절세에 중요합니다.
근거 법령: 부가가치세법 시행령 제61조 (공통매입세액의 안분계산)
부가가치세 신고기한
1기 예정: 4월 25일 (1~3월분) — 예정고지서 수령 후 납부
1기 확정: 7월 25일 (1~6월분 확정신고)
2기 예정: 10월 25일 (7~9월분) — 예정고지서 수령 후 납부
2기 확정: 다음해 1월 25일 (7~12월분 확정신고)
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원천세 & 인건비 신고 — 직원을 채용하면 반드시 알아야 합니다
약국에서 약사 본인 외에 직원(관리약사, 약무보조원, 아르바이트 등)을 채용하면, 사업주로서 원천징수 의무가 발생합니다.
원천징수란 직원에게 급여를 지급할 때 소득세를 미리 떼어(원천징수) 다음달 10일까지 세무서에 납부하는 제도입니다.
상시근로자 (정규직·계약직)
근로소득세: 간이세액표에 따라 매월 원천징수
4대보험: 국민연금·건강보험·고용보험·산재보험 모두 가입 필수
매월 10일까지 원천세 신고·납부 (반기납 승인 시 7월·1월에 반기별 신고 가능)
연말정산: 다음해 2월 급여 지급 시 정산
지급명세서: 다음해 3월 10일까지 제출
일용직 근로자
일급 187,000원 이하: 원천세 없음 (비과세)
일급 187,000원 초과분: 6% 원천징수 (근로소득공제 45% 적용 후)
고용보험·산재보험 가입 필수
지급일 다음달 말일까지 일용직 지급명세서 제출
사업소득자 (프리랜서)
3.3% 원천징수 (소득세 3% + 지방소득세 0.3%)
4대보험 미가입 (사업소득자 본인이 개별 가입)
매월 10일까지 원천세 신고·납부
⚠️ 실질이 근로자이면 4대보험 미가입 리스크!
2025년 4대보험 요율 (사업주 부담분)
국민연금: 4.5% (근로자도 4.5% 부담)
건강보험: 3.545% (장기요양보험 0.4591% 별도)
고용보험: 0.9% (근로자 0.9% / 150인 미만 사업장)
산재보험: 약 0.7%~1.5% (업종별 차등, 전액 사업주 부담)
⚠️ 인건비 미신고 시 불이익: 지급명세서를 제출하지 않으면 미제출 금액의 1%가 가산세로 부과됩니다 (일용직 0.25%). 또한 인건비를 필요경비로 인정받지 못하게 되어 소득세 부담이 늘어나는 이중 불이익이 발생합니다.
근거 법령: 소득세법 제127조 (원천징수의무), 소득세법 제164조 (지급명세서 제출의무), 소득세법 제81조의11 (지급명세서 미제출 가산세)
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종합소득세 신고 — 약국 사업자의 소득세 신고 핵심
약국을 운영하는 약사는 매년 5월 1일부터 5월 31일까지 전년도 사업소득에 대한 종합소득세를 신고·납부해야 합니다. 성실신고확인대상 사업자의 경우에는 6월 30일까지 신고기한이 연장됩니다.
복식부기의무 — 약사는 매출 규모와 관계없이 의무
약사는 세법상 '전문직 사업자'로 분류됩니다. 일반 사업자의 경우 매출 규모에 따라 간편장부 대상자와 복식부기의무자가 구분되지만, 약사·의사·변호사 등 전문직 사업자는 매출이 아무리 적더라도 무조건 복식부기의무자입니다.
복식부기로 기장하지 않으면 산출세액의 20%에 해당하는 무기장가산세가 부과되므로, 개업 초기부터 세무대리인(세무사)을 선임하여 복식부기 장부를 기장하는 것이 필수적입니다.
근거 법령: 소득세법 시행령 제208조 제5항 제2호 (전문직 사업자의 복식부기의무)
성실신고확인 — 수입금액 5억원 이상
약국의 연간 수입금액이 5억원 이상인 경우, 종합소득세 신고 시 세무사로부터 '성실신고확인서'를 받아 첨부해야 합니다. 성실신고확인대상 사업자는 신고기한이 6월 30일까지 연장되며, 성실신고확인 비용의 60%를 세액공제(한도 120만원) 받을 수 있습니다.
성실신고확인서를 첨부하지 않으면 산출세액의 5%에 해당하는 가산세가 부과됩니다.
근거 법령: 소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출), 조세특례제한법 제126조의6 (성실신고확인비용 세액공제)
약국 수입금액 구성 항목
조제수입(면세): 건강보험+자동차보험+산재+비보험 조제
일반의약품(과세): 처방전 없이 판매하는 OTC 의약품
건강기능식품(과세): 홍삼, 비타민 등
기타 판매(과세): 화장품, 담배, 의료기기, 잡화 등
구매카드 마일리지: ⚠️ 총수입금액에 포함해야 합니다 (누락 주의!)
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면세사업자 사업장현황신고 — 매년 2월 10일까지 별도 신고
약국은 겸영사업자이므로, 과세매출에 대해서는 부가가치세 신고를, 면세매출에 대해서는 별도로 '면세사업자 사업장현황신고'를 해야 합니다.
사업장현황신고는 매년 2월 10일까지 전년도 1월~12월분의 면세 수입금액을 국세청에 신고하는 것입니다.
신고대상: 면세매출 부분 (조제수입 등)
신고기한: 매년 2월 10일
신고방법: 국세청 홈택스 전자신고 또는 관할 세무서 서면신고
필요자료: 국민건강보험공단 조제비 지급내역, 자동차보험·산재보험 조제내역, 매출·매입 내역
⚠️ 미신고 가산세: 수입금액의 0.5%
부가세 신고에 포함되지 않는 면세분을 별도 신고하는 것입니다
종합소득세 신고의 기초 자료로 활용됩니다
근거 법령: 소득세법 제78조 (사업장현황신고), 소득세법 제81조의2 (사업장현황신고 불성실 가산세)
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약국 절세 전략 — 놓치면 아까운 세액공제·소득공제·경비처리
약국을 운영하면서 합법적으로 세금을 줄일 수 있는 방법들이 있습니다. 아래 6가지 절세 포인트를 꼼꼼히 챙기면 상당한 절세 효과를 얻을 수 있습니다.
1. 고용증대 세액공제
직전연도 대비 상시근로자 수가 증가한 경우, 증가한 인원 1인당 700만원~1,100만원의 세액공제를 받을 수 있습니다. 3년간 계속 적용되며, 2년차와 3년차에도 고용인원을 유지하면 계속 공제를 받을 수 있습니다.
근거 법령: 조세특례제한법 제29조의7 (고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)
2. 노란우산공제
소기업·소상공인을 위한 퇴직금 적립 제도로, 매월 5만원~100만원을 납부하고 연간 최대 500만원까지 소득공제를 받을 수 있습니다. 압류 금지로 사업 위기 시 안전장치 역할을 합니다.
근거 법령: 소득세법 제51조의3 (소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제)
3. 중소기업 특별세액감면
약국 = 의약품 소매업(도·소매업 분류)으로, 산출세액의 5~10% 감면, 수도권 과밀억제권역 외 소규모 사업자는 최대 20%까지 감면 가능합니다.
근거 법령: 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
4. 신용카드 매출전표 발행 세액공제
과세매출 중 신용카드·현금영수증 발행금액의 1.3% 세액공제 (연간 한도 1,000만원). 직전연도 매출 10억원 초과 시 적용 배제됩니다.
근거 법령: 조세특례제한법 제126조의3 (신용카드 등 사용에 따른 세액공제)
5. 사업용 고정자산 감가상각
약국 인테리어, 조제장비, 냉장고, 컴퓨터 등 사업용 고정자산의 취득가액을 내용연수에 따라 매년 비용 처리할 수 있습니다. 개업 초기 인테리어비 감가상각 절세 효과가 큽니다.
근거 법령: 소득세법 제33조 (감가상각비), 소득세법 시행령 제62조 (감가상각자산의 내용연수)
6. 경비 처리 놓치기 쉬운 항목
약사 본인 국민연금·건강보험료 전액 경비 인정
약사회비·학회비·교육비 경비 처리 가능
업무용 차량 유지비 (연 1,500만원 한도)
접대비 한도: 기본 1,200만원 + 수입비례 추가
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리베이트 & 주의사항 — 절대 넘지 말아야 할 세무 레드라인
약국 운영에서 가장 주의해야 할 세무 이슈 중 하나가 바로 '리베이트'입니다.
리베이트란?
제약회사나 도매상이 약국에 의약품 구매 대가로 현금, 물품, 여행, 학술지원 등 경제적 이익을 제공하는 불법 행위를 말합니다.
리베이트 주요 유형과 제재
현금 리베이트: 의약품 구매량 대비 현금 환급 → 약사법 위반 + 소득세 추징
물품 제공: 약국 비품·경품 등 현물 제공 → 기타소득 과세 + 과태료
여행·학술지원: 학회비·해외연수 명목 금품 → 접대비 한도초과 + 부당경비
카드깡·위장CSO: 매출 허위계상·가공거래 → 조세포탈죄 + 가산세 40%
리베이트 적발 시 제재 내용
행정처분: 약국 업무정지 1년 이내 또는 개설등록 취소
형사처벌: 2년 이하 징역 또는 3천만원 이하 벌금
세무추징: 소득세 추징 + 부당과소신고 가산세 40%
국세청 조사: 제약사·약국 동시 세무조사
건강보험: 부당청구 환수 + 업무정지
면허정지: 약사면허 정지 1년 이내 가능
근거 법령: 약사법 제47조의3 (경제적 이익 등의 제공 금지), 약사법 제76조 (행정처분), 약사법 제94조 (벌칙), 국세기본법 제47조의3 (부당과소신고 가산세)
적법한 거래 조건 (리베이트가 아닌 것)
구매수량에 따른 공개적·투명한 할인 (세금계산서에 반영)
계약서에 명시된 물량 할인·조기결제 할인
반드시 적격증빙(세금계산서)으로 처리해야 안전
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참고 법령
부가가치세법 제26조 제1항 제5호 (의료보건용역의 면세)
부가가치세법 시행령 제61조 (공통매입세액의 안분계산)
소득세법 제24조 (총수입금액의 계산)
소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비 계산)
소득세법 제33조 (감가상각비)
소득세법 제51조의3 (소기업·소상공인 공제부금에 대한 소득공제)
소득세법 제70조의2 (성실신고확인서 제출)
소득세법 제78조 (사업장현황신고)
소득세법 제81조의2 (사업장현황신고 불성실 가산세)
소득세법 제81조의11 (지급명세서 미제출 가산세)
소득세법 제127조 (원천징수의무)
소득세법 제160조의2 (증빙서류의 수취 및 보관)
소득세법 제164조 (지급명세서 제출의무)
소득세법 시행령 제62조 (감가상각자산의 내용연수)
소득세법 시행령 제78조 (접대비의 범위)
소득세법 시행령 제208조 제5항 제2호 (전문직 사업자의 복식부기의무)
조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
조세특례제한법 제29조의7 (고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)
조세특례제한법 제126조의3 (신용카드 등 사용에 따른 세액공제)
조세특례제한법 제126조의6 (성실신고확인비용 세액공제)
약사법 제47조의3 (경제적 이익 등의 제공 금지)
약사법 제76조 (행정처분)
약사법 제94조 (벌칙)
국세기본법 제47조의3 (부당과소신고 가산세)
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