안녕하세요. 가치 세무회계 최준위 세무사입니다.



병원 소득이 해마다 늘면서 원장님들이 주변에서 가장 많이 듣는 말이 "MSO 법인 하나 만들면 세금이 줄어든다"는 이야기입니다.

그런데 막상 해 보면 생각보다 남는 게 없거나, 오히려 세무조사 대상이 되는 경우도 있습니다.



"동기들이 다 MSO를 만들었다는데, 저도 지금 만들어야 하나요? 병원 소득이 얼마쯤 되면 이득인지 궁금해요."



✅ 결론부터 말씀드리면

경영지원 법인은 병원 소득 일부를 법인세율(10%부터)로 옮겨 세금을 낮추는 구조입니다.

원장님 과세표준이 3억원을 넘어 40% 이상 구간에 있을 때 효과가 분명해집니다.

다만 MSO에 실제 인력과 업무가 있어야 하고, 수수료가 시가에 맞아야 비용으로 인정받습니다.





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1. 병원을 법인으로 바꾸는 게 아닙니다

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먼저 오해부터 풀어야 합니다.

개인 의원을 일반 주식회사로 바꿀 수는 없습니다. 병원은 그대로 원장님 개인 사업자로 둡니다.



● MSO(경영지원회사)는 원장님이나 가족이 따로 세우는 일반 법인입니다.

● 병원은 인력 관리, 구매 대행, 마케팅, 장비나 공간 임대 같은 업무를 이 회사에 맡기고 수수료를 냅니다.

● 병원에서는 이 수수료가 비용이 되고, MSO에서는 수입이 됩니다.



👉 결국 병원 소득 일부가 MSO로 옮겨 가서 소득세 대신 법인세를 내게 되는 구조입니다.





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2. 세율 차이가 얼마나 나나요?

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2026년부터 시작하는 사업연도의 법인세율은 1%p씩 올랐지만, 여전히 소득세 최고 구간과 차이가 큽니다.



과세표준

원장님 소득세율

법인세율(2026년~)

1억5천만원 초과 3억원 이하

38%

10%(2억원 이하), 20%(2억원 초과)

3억원 초과 5억원 이하

40%

20%

5억원 초과 10억원 이하

42%

20%



● 둘 다 지방소득세가 따로 붙습니다(소득세는 소득세의 10%, 법인은 과세표준에 1%부터).

● 원장님 소득이 높을수록, 옮겨 간 금액이 MSO에서 2억원 이하로 남을수록 차이가 커집니다.





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3. 숫자로 보면 얼마나 줄어들까요?

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경영지원 법인이 병원 업무를 맡아 수수료 중 1억원을 이익으로 남긴다고 가정해 보겠습니다.

회사 운영비(기장료, 조정료 등)는 연 500만원으로 가정했습니다.



구분

과세표준 5억원 원장님

과세표준 1억5천만원 원장님

병원에서 빠지는 소득

1억원

5,000만원

줄어드는 소득세(지방소득세 포함)

4,400만원(40%)

1,925만원(35%)

법인세(지방소득세 포함)

1,100만원

550만원

수수료에 붙는 부가세(이익분만)

1,000만원

500만원

회사 운영비

500만원

500만원

1년 차이

약 1,800만원 감소

약 375만원 감소



👉 과세표준 5억원 원장님은 효과가 분명하지만, 1억5천만원 원장님은 비용과 위험을 생각하면 실익이 거의 없습니다.



⚠️ 주의

병원은 면세사업자라서 MSO 수수료에 붙는 부가세 10%를 돌려받지 못합니다.

법인으로 옮기는 업무가 인건비 위주라면 부가세 부담이 위 예시보다 훨씬 커질 수 있습니다.





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4. 회사에 쌓인 돈은 어떻게 가져오나요?

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법인에 남은 돈은 원장님 돈이 아니라 법인 돈입니다.

마음대로 꺼내 쓰면 가지급금이 되어 인정이자와 세금 문제가 생깁니다.



방법

세금

배당

지급할 때 15.4% 원천징수, 금융소득 2,000만원 이하면 분리과세로 끝

가족 급여

회사에서 실제로 일하는 가족에게 근무에 맞는 급여

법인에 유보

장비, 공간 투자 재원으로 활용



● 배당을 한 해에 몰아서 받으면 2,000만원을 넘는 부분은 원장님 다른 소득과 합산됩니다.

● 그래서 경영지원 법인은 한두 해가 아니라 5년 이상 길게 보고 설계해야 효과가 납니다.





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5. 세무조사에서 문제가 되는 MSO

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경영지원 법인은 국세청이 눈여겨보는 구조입니다. 아래에 해당하면 비용이 부인될 수 있습니다.



● 수수료가 시가보다 높은 경우: 특수관계 법인에 수수료를 부풀려 주면 부당행위계산으로 병원 비용이 부인됩니다.

● 실체 없는 MSO: 직원, 사무실, 업무 기록 없이 계약서만 있으면 수수료 전체가 문제가 됩니다.

● 임대만 하는 MSO: 부동산임대가 주업이고 지배주주 지분이 50%를 넘고 상시근로자가 적으면, 첫 구간부터 20% 세율이 적용되고 성실신고확인도 받아야 합니다.

● MSO가 병원 운영을 지배하는 경우: 진료와 수익을 MSO가 좌우하면 세금을 넘어 의료법 문제가 될 수 있습니다.



✅ 이렇게 준비하세요

업무 범위별 수수료 산정 근거(원가 + 적정 이익률)를 계약서와 함께 남겨 두세요.

MSO 직원의 근무 기록, 구매 대행 증빙, 마케팅 결과물도 함께 보관하시면 안전합니다.





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한눈에 정리

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항목

내용

구조

병원 업무를 맡는 별도 일반 법인, 병원은 개인사업자 그대로

절세 원리

병원 소득 일부를 법인세율(10%부터)로 이동

효과가 큰 원장님

과세표준 3억원 초과(40% 이상 구간)

예시(1억원 이동)

과세표준 5억원이면 연 약 1,800만원 감소

추가 비용

수수료 부가세 10%(병원 공제 불가), 회사 운영비

돈 꺼내기

배당 15.4% 원천징수, 2,000만원 넘으면 합산

조사 위험

시가 초과 수수료, 실체 없는 MSO, 임대만 하는 MSO





법인은 만드는 것보다 수수료를 어떻게 정하고 실체를 어떻게 갖추느냐가 더 중요합니다.

원장님 병원 소득으로 이 구조가 실제로 이득인지 미리 계산해 보고 싶으시면 택슬리 상담으로 편하게 문의 주세요.



※ 본 글은 일반적인 세법 내용을 정리한 것으로, 개별 사안은 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있습니다.

※ 근거: 소득세법 제14조 제3항 제6호, 제41조, 제55조 제1항, 제129조 제1항 제2호 / 법인세법 제52조, 제55조 제1항, 제60조의2 제1항 제1호 / 법인세법 시행령 제42조 제2항 / 지방세법 제103조의20 / 법인세법 부칙(법률 제21217호, 2025. 12. 23.) 제5조