[강서구마곡 한의원 전문세무사][강서구마곡 병의 전문세무사] 한의원 세무 주의사항 과 절세방법 (자연세무회

1일전

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[강서구마곡 한의원 전문세무사][강서구마곡 병의 전문세무사] 한의원 세무 주의사항 과 절세방법 (자연세무회계컨설팅)

머털도사 절세도사 ・ 방금 전

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안녕하세요 머털도사 절세도사 김주성 세무사입니다^^

오늘은 한의원을 개원하시거나 이미 운영 중이신 원장님들이 가장 많이 놓치시는 세무 주의사항과, 지금 바로 챙기실 수 있는 절세방법에 대해서 설명드리겠습니다.

한의원은 다른 병의원과 세무 구조가 조금 다릅니다. 진료 매출 외에 한약재라는 재고자산이 있고, 첩약·약침 같은 비급여 비중이 높으며, 건강식품을 함께 파는 순간 부가가치세 신고 의무가 생깁니다. 이 세 가지가 한의원 세무의 핵심입니다. 순서대로 정리해 드리겠습니다.

■ 한의원은 면세사업자? 무엇을 파느냐에 따라 달라집니다

- 의료보건 용역은 원칙적으로 부가가치세가 면세됩니다. 침, 뜸, 부항, 추나요법, 한의사가 처방·조제한 첩약, 약침 같은 한방 진료는 모두 면세입니다. 근거는 부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 같은 법 시행령 제35조 제1호입니다.

- 여기서 중요한 것은 면세의 범위입니다. 법에서 말하는 "한의사가 제공하는 용역"이란 한의사가 하는 모든 행위가 아니라, 의료법상 의료행위 즉 질병의 예방과 치료행위, 그리고 여기에 필수적으로 부수되는 용역만을 의미합니다.

- 그래서 진료가 아니라 '판매'가 되는 순간 과세로 넘어갑니다.

▶ 한의원에서 과세가 되는 대표적인 것들

건강기능식품, 건강보조식품 판매
한방차, 한방 화장품 판매
한의사 처방 없이 파는 영양제·비타민류
의료기기, 온열기 등 상품 판매
치료 목적이 아닌 미용 목적 시술

- 판단 기준은 단순합니다. 한의사의 처방과 조제를 거친 의약품이면 면세, 처방 없이 진열해 놓고 파는 상품이면 과세입니다.

▶ 판매를 시작하는 순간 '겸업사업자'입니다

- 과세 매출이 하나라도 생기면 그 한의원은 면세사업자가 아니라 과세·면세 겸업사업자가 됩니다. 사업자등록 정정이 필요합니다.

- 2월에 사업장현황신고만 하던 것이 1월과 7월에 부가가치세 확정신고를 하는 것으로 바뀝니다.

- 임차료, 관리비, 공통으로 쓰는 소모품처럼 과세·면세에 함께 쓰이는 매입세액은 과세·면세 공급가액 비율로 안분계산해야 합니다. 근거는 부가가치세법 시행령 제81조입니다.

- 과세 매출이 아주 적은데 1년에 두 번 부가세 신고를 하는 것이 부담스럽다면, 건강식품 판매만 별도 사업자로 분리하는 방법도 있습니다. 다만 배우자 명의로 분리하면 증여 문제가 생길 수 있으므로 반드시 사전 검토가 필요합니다.

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■ 개원 절차와 연간 세무 일정

▶ 개원 단계에서 챙길 것

1. 의료기관 개설신고 : 의료법 제33조 제3항에 따라 시장·군수·구청장에게 개설신고를 한 뒤 사업자등록을 진행합니다.

2. 사업자등록 유형 결정 : 진료만 하면 면세사업자, 건강식품이나 화장품을 함께 팔 계획이면 처음부터 겸업사업자로 등록하는 것이 깔끔합니다.

3. 개원 전 매입 증빙 확보 : 인테리어, 탕전기, 의료장비, 집기는 개업일 전 지출이라도 증빙만 갖추면 감가상각 자산으로 계상됩니다. 개원 준비 기간의 영수증을 버리지 마십시오.

4. 권리금 처리와 원천징수 : 기존 한의원을 인수하며 지급한 권리금은 영업권으로 계상해 상각하고, 지급할 때 양도자에게 기타소득으로 원천징수해야 합니다.

5. 사업용 계좌 개설·신고 : 복식부기의무자는 사업용 계좌를 신고해야 하며 미신고 시 가산세가 부과됩니다.

▶ 운영 중 연간 세무 일정

- 1월 25일 : 부가가치세 확정신고(제2기). 과세 매출이 있는 겸업사업자만 해당합니다.

- 2월 10일 : 사업장현황신고. 직전 연도의 면세 수입금액, 시설·인력 현황을 신고합니다. 근거는 소득세법 제78조이며, 신고하지 않거나 적게 신고하면 소득세법 제81조의3에 따라 수입금액의 0.5%가 가산세로 부과됩니다.

- 3월 10일 : 지급명세서 제출. 부원장, 한의사, 직원의 근로소득·사업소득 지급명세서입니다.

- 5월 31일 : 종합소득세 확정신고.

- 6월 30일 : 성실신고확인대상자 신고. 한의원은 보건업으로 분류되어 직전 과세기간 수입금액 5억원 이상이면 대상이 됩니다. (27년 6월에 2026년귀속분 신고시 2026년 수입금액이 5억이 넘으면 성신신고 대상 입니다 25년수입금액으로 판단하는것이 아닙니다) 근거는 소득세법 제70조의2와 같은 법 시행령 제133조입니다.

- 7월 25일 : 부가가치세 확정신고(제1기). 겸업사업자만 해당합니다.

- 매월 10일 : 원천세 신고·납부. 상시 20인 이하면 반기별 납부를 신청할 수 있습니다.

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■ 비급여 수입금액과 현금영수증, 한의원에서 가장 많이 터집니다

- 한의원은 비급여 비중이 높은 업종입니다. 국세청이 가장 눈여겨보는 지점도 바로 여기입니다.

▶ 먼저 매출 구조부터 정리하십시오

- 급여 : 침, 뜸, 부항은 건강보험 청구분으로 자동 노출됩니다.

- 급여 : 추나요법은 2019년부터 건강보험이 적용되며 연 20회까지 급여가 인정됩니다. 20회를 초과하면 비급여로 전환됩니다.

- 일부 급여 : 첩약은 건강보험 2단계 시범사업(2024년 4월 29일~2026년 12월 31일)에 참여하는 한의원에서 6개 대상 질환에 한해 급여가 적용됩니다. 그 외 첩약은 여전히 비급여입니다.

- 비급여 : 약침, 보약, 공진단 등은 전액 본인부담이며 현금·계좌이체 비중이 높습니다.

▶ 현금영수증 의무발행 — 실무에서 자주 틀리는 것

- 한의원은 현금영수증 의무발행업종입니다. 소득세법 제162조의3에 따라 건당 10만원 이상(부가가치세 포함) 진료비를 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 반드시 발급해야 합니다.

① 계좌이체와 무통장입금도 '현금'입니다. 보약값을 계좌로 받았다면 그것도 발급 대상입니다.

② 환자 인적사항을 모르더라도 거래일부터 5일 이내에 국세청 지정번호(010-000-1234)로 자진발급해야 합니다.

③ 한약 여러 제를 나눠 결제하더라도 총 거래금액을 기준으로 판단합니다.

④ "현금영수증 안 하면 깎아드릴게요"라는 합의는 그 자체가 발급의무 위반입니다.

가산세는 이렇게 붙습니다

미발급 시 소득세법 제81조의9에 따라 미발급 금액의 20%가 가산세로 부과됩니다. 보약 한 제 60만원을 현금으로 받고 발급하지 않았다면 그 한 건만으로 12만원입니다. 여기에 수입금액 누락까지 확인되면 소득세 본세가 추가되고, 부정한 방법으로 판단되면 국세기본법 제47조의3 제2항에 따라 과소신고가산세율이 40%까지 올라갑니다.

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■ 필요경비, 여기서 부인당합니다

- 한의원 경비 부인 리스크는 한약재와 인건비 두 곳에 몰려 있습니다.

- 한약재 매입 : 한약재는 대부분 면세 농산물이라 세금계산서가 아닌 계산서를 받아야 합니다. 재래시장이나 지역 약업사에서 현금으로 사고 증빙을 챙기지 않으면 전액 부인될 수 있습니다. 건당 3만원을 초과하는 지출에 적격증빙이 없으면 소득세법 제81조의6에 따라 미수취 금액의 2%가 가산세로 붙습니다.

- 한약재 재고 관리 : 기말 재고를 실제보다 적게 잡으면 매출원가가 과대계상되어 소득을 줄인 것으로 봅니다. 탕전실을 직접 운영하는 한의원이라면 재고 수불부를 반드시 관리하셔야 합니다.

- 원외탕전실 위탁 : 원외탕전실에 조제를 위탁하는 경우 위탁 계약서와 세금계산서 또는 계산서를 갖추어야 합니다. 구두 거래와 현금 지급은 그대로 경비 부인으로 이어집니다.

- 부원장 인건비 : 부원장을 3.3% 사업소득으로 처리하시는 경우가 많지만, 근무 시간과 장소가 정해져 있고 원장의 지휘·감독을 받는다면 근로소득으로 재분류될 수 있습니다. 이 경우 4대보험과 퇴직금까지 함께 문제가 됩니다.

- 가족 인건비 : 배우자나 부모님을 직원으로 등재하셨다면 실제 근무 사실, 급여 계좌이체 내역, 근로계약서, 4대보험 가입까지 갖추어져야 인정됩니다.

- 시설·장비 : 탕전기, 약침 제조설비, 물리치료기, 인테리어 공사비는 지출한 해에 전액 비용이 되는 것이 아니라 감가상각 자산입니다.

- 가사 관련 비용 : 가족 여행비, 개인 차량 유지비, 자녀 학원비 등은 소득세법 제33조 제1항 제5호에 따라 필요경비로 인정되지 않습니다.

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■ 한의원 개원의가 챙겨야 할 절세 카드

① 노란우산공제 — 조세특례제한법 제86조의3

사업소득금액 4천만원 이하는 600만원, 4천만원 초과 6천만원 이하는 500만원, 6천만원 초과 1억원 이하는 400만원, 1억원 초과는 200만원까지 소득공제됩니다. 폐업이나 노령 시 목돈으로 돌려받고 법적으로 압류가 금지된다는 점도 장점입니다.

② 연금계좌 세액공제 — 소득세법 제59조의3

연금저축 600만원을 포함해 IRP 합산 900만원까지 납입액의 12%(지방소득세 포함 13.2%)를 세액공제받습니다.

③ 통합고용세액공제 — 조세특례제한법 제29조의8

간호조무사, 물리치료사, 데스크 인력 등 상시근로자가 전년보다 늘면 증가 인원당 세액공제를 받습니다. 고용을 유지하면 이후 과세연도까지 이어서 공제됩니다.

④ 통합투자세액공제 — 조세특례제한법 제24조

탕전기, 약침 제조설비, 물리치료 장비 등 사업용 유형자산 투자액에 중소기업 기본공제율 10%가 적용됩니다. 장비 도입 시기를 조정하는 것만으로도 실익이 생깁니다.

⑤ 성실신고확인비용 세액공제 — 조세특례제한법 제126조의6

성실신고확인대상 한의원은 확인비용을 전액 필요경비로 처리하고, 그 60%를 120만원 한도로 세액공제받습니다. 성실신고확인 대상자는 근로자처럼 의료비·교육비 세액공제도 적용받을 수 있습니다.

⑥ 중소기업 특별세액감면 — 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목

여기는 주의가 필요합니다. 의료업도 감면 업종에 들어 있지만, 의원·치과의원·한의원은 해당 과세연도 수입금액에서 요양급여비용이 차지하는 비율이 80% 이상이고 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에만 감면 대상입니다. 첩약·약침·보약 등 비급여 비중이 큰 한의원은 이 요건을 넘기가 매우 어렵습니다.

- 그래서 한의원은 감면 하나에 기대기보다, 노란우산·연금계좌·고용·투자 공제를 층층이 쌓는 전략이 훨씬 효과적입니다.

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■ 실무에서 꼭 체크해야 할 포인트

1. 건강식품이나 화장품을 판다면 겸업사업자 등록과 부가세 신고가 필요합니다. 판매를 시작하기 전에 사업자등록 유형부터 정리하십시오.

2. 10만원 이상 현금 진료비는 예외 없이 현금영수증을 발급하십시오. 계좌이체도 현금입니다.

3. 한약재와 원외탕전 거래는 반드시 계산서로 받으십시오. 면세 거래라 세금계산서가 아니라는 점을 기억하시면 됩니다.

4. 한약재 재고 수불부를 실제와 맞게 관리하십시오. 한의원 세무조사에서 가장 먼저 확인하는 항목 중 하나입니다.

5. 원장 개인 계좌로 보약값을 받지 마십시오. 사업용 계좌로 일원화하는 것이 세무조사 대응의 기본입니다.

6. 수입금액이 5억원에 가까워지면 성실신고 대비를 시작하십시오.

7. 장비 도입과 인력 채용 시점을 연말 전에 검토하십시오. 통합투자세액공제와 통합고용세액공제는 시점 조정만으로도 세부담이 달라집니다.

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■ 한의원 세무, 개원 전 설계가 가장 큰 절세입니다

자연세무회계컨설팅은 한의원을 포함한 병의원 개원의와 자산가·법인 오너를 대상으로 사업자등록 유형 설계, 과세·면세 매출 구분, 한약재 매입·재고 관리, 성실신고 대응, 공제·감면 적용 검토를 상담해 드리고 있습니다.

개원을 준비 중이시거나, 이미 운영 중인데 세금이 과하게 나온다고 느끼신다면 언제든 문의해 주세요.

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참고 법령 및 판단 기준

부가가치세법 제26조 제1항 제5호 (의료보건 용역의 면세)

부가가치세법 시행령 제35조 제1호 (한의사 등이 제공하는 용역의 면세 범위)

부가가치세법 시행령 제81조 (공통매입세액의 안분계산)

의료법 제33조 제3항 (의원급 의료기관 개설신고)

소득세법 제78조 (사업장 현황신고)

소득세법 제81조의3 (사업장 현황신고 불성실 가산세, 수입금액의 0.5%)

소득세법 제162조의3 (현금영수증가맹점 가입·발급의무 등)

소득세법 제81조의9 (현금영수증 발급 불성실 가산세, 미발급금액의 20%)

소득세법 제81조의6 (증명서류 수취 불성실 가산세, 미수취금액의 2%)

소득세법 제70조의2 및 같은 법 시행령 제133조 (성실신고확인, 보건업 5억원)

소득세법 제27조 (사업소득의 필요경비 계산)

소득세법 제33조 제1항 제5호 (가사 관련 경비의 필요경비 불산입)

소득세법 제59조의3 (연금계좌세액공제)

국세기본법 제47조의3 제2항 (부정 과소신고가산세 40%)

조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 허목 (중소기업 특별세액감면 대상 의료업 요건)

조세특례제한법 제24조 (통합투자세액공제)

조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)

조세특례제한법 제86조의3 (소기업·소상공인 공제부금 소득공제)

조세특례제한법 제126조의6 (성실신고확인비용 세액공제)

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