안녕하세요 머털도사 절세도사 김주성 세무사입니다^^
오늘은 매년 9월이면 반드시 챙겨야 하는 종합부동산세 합산배제에 대해서 설명드리겠습니다. 어떤 주택과 토지가, 어떤 요건을 갖추면 종부세 과세표준에서 빠지는지 근거 조문과 함께 하나씩 정리해 드리겠습니다.
-종합부동산세는 매년 6월 1일 현재 소유하고 있는 주택과 토지의 공시가격을 인별로 합산한 뒤, 기본공제를 빼고 공정시장가액비율을 곱해 과세표준을 만듭니다. 여기서 '합산'이라는 말이 핵심입니다.
-합산배제란 특정한 요건을 갖춘 주택이나 토지를 아예 이 합산 대상에서 빼주는 제도입니다. " 「종합부동산세법」 제8조 제2항은다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하지 아니한다"고 규정하고 있습니다.
-즉 세율을 깎아주거나 세액공제를 해주는 것이 아니라, 그 주택의 공시가격 자체가 계산식에서 사라지는 구조입니다. 그래서 효과가 큽니다. 주택 몇 채가 빠지면 과세표준 구간이 통째로 내려가면서 누진세율까지 낮아지기 때문입니다.
-다만 합산배제는 자동으로 되지 않습니다. 원칙적으로 납세자가 매년 9월 16일부터 9월 30일까지 신고를 해야 적용받을 수 있습니다. 요건을 갖추고도 신고를 놓쳐서 고지서를 받고 나서야 알게 되는 사례가 실무에서 꾸준히 발생합니다.
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-종부세 합산배제는 근거 법령에 따라 세 가지 유형으로 구분됩니다.
① 합산배제 임대주택 : 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제3조
② 합산배제 사원용주택 등 : 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제2호, 같은 법 시행령 제4조
③ 주택신축용 토지 : 「조세특례제한법」 제104조의19
-①과 ②는 주택분 종부세에서 빠지는 것이고, ③은 토지분(종합합산과세대상) 종부세에서 빠지는 것입니다. 신고 서식도 각각 다릅니다.
-참고로 종합부동산세법 시행령은 2025년 11월 28일 대통령령 제35880호로 개정되었고, 시행규칙은 2026년 1월 2일과 3월 20일에 각각 개정되었습니다. 부처 명칭이 기획재정부에서 재정경제부로 바뀌면서 서식 근거 조문도 함께 정비되었으니 신고 전에 최신 서식을 확인하시기 바랍니다.
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-가장 많이 활용되고, 동시에 가장 많이 추징되는 유형입니다. 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항은 합산배제 임대주택의 대전제를 이렇게 정하고 있습니다.
-「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서, 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하거나 소유하고 있는 주택이어야 합니다.
-여기서 등록이 '두 개'라는 점을 놓치시면 안 됩니다. 지방자치단체(시·군·구)의 임대사업자 등록과 세무서의 사업자등록이 모두 필요합니다. 둘 중 하나만 되어 있으면 합산배제를 받을 수 없습니다.
-다만 과세기준일 현재 실제로 주택을 임대하고 있다면, 합산배제 신고기간 종료일인 9월 30일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우 과세기준일 현재 등록한 것으로 보아 그 해부터 합산배제를 적용받을 수 있습니다.
-개별 요건은 건설임대인지 매입임대인지에 따라 달라집니다.
▶ 장기일반민간건설임대주택 (시행령 제3조 제1항 제7호)
-전용면적 149㎡ 이하, 2호 이상 임대, 공시가격은 2호 이상 30호 미만이면 9억원 이하·30호 이상이면 12억원 이하, 10년 이상 계속 임대, 임대료 증가율 5% 이내
▶ 장기일반민간매입임대주택 (시행령 제3조 제1항 제8호)
-전용면적 제한 없음, 1호 이상 임대, 공시가격 수도권 6억원·비수도권 3억원 이하, 10년 이상 계속 임대, 임대료 증가율 5% 이내
-공시가격 기준시점도 중요합니다. 임대개시일 또는 최초로 합산배제 신고를 한 연도의 과세기준일 현재 공시가격으로 판단하므로, 이후 공시가격이 올라도 요건이 깨지지는 않습니다.
-반대로 2018년 9월 14일 이후 조정대상지역에서 새로 취득한 주택을 장기일반민간임대주택으로 등록한 경우에는 합산배제 대상에서 제외됩니다. 아파트는 현재 장기일반민간임대주택 신규 등록 자체가 제한되어 있다는 점도 함께 고려하셔야 합니다.
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-「종합부동산세법 시행령」 제4조 제1항은 종합부동산세를 부과하는 목적에 맞지 않는 주택들을 열거하고 있습니다. 대표적인 항목은 다음과 같습니다.
1. 사원용주택 : 종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억원 이하인 주택. 다만 사용자가 개인이면 그 배우자·직계존비속 등 특수관계인에게 제공하는 주택은 제외되고, 법인이면 과점주주에게 제공하는 주택은 제외됩니다.
2. 기숙사 : 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사
3. 미분양주택 : 사업계획승인(또는 건축허가)을 받아 주택을 신축·판매하는 사업자가 건축해 소유하고 있는 미분양주택으로, 주택분 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년이 지나지 않은 주택. 2025년과 2026년에 종합부동산세 납세의무가 성립하는 분에 대해서는 이 기간이 7년으로 한시 연장되었습니다.
4. 가정어린이집용 주택 : 세대원이 「영유아보육법」에 따라 인가를 받거나 운영을 위탁받은 어린이집으로서 관할 세무서에서 고유번호를 부여받고, 과세기준일 현재 5년 이상 계속하여 어린이집으로 운영하는 주택
5. 노인복지주택 : 「노인복지법」 제32조 제1항 제3호에 따른 노인복지주택을 같은 법 제33조 제2항에 따라 설치한 자가 소유한 해당 주택
6. 등록문화유산 주택 : 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따른 등록문화유산에 해당하는 주택
7. 멸실 목적 취득주택 : 공공주택사업자, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자 등이 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득해 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택
8. 그 밖에 주택의 시공자가 공사대금으로 받은 미분양주택, 정부출연연구기관이 연구원에게 제공하는 주택, 향교 또는 향교재단이 소유한 주택의 부속토지, 「주택법」에 따른 토지임대부 분양주택의 부속토지 등
-가정어린이집의 경우 5년 요건이 상당히 엄격하게 적용되지만, 어린이집용 주택에서 이사해 3개월 이내에 새 주택을 어린이집으로 운영하는 경우나 운영자의 사망으로 운영하지 않은 기간이 3개월 이내인 경우 등에는 계속 운영한 것으로 보아주는 보완 규정이 마련되어 있습니다.
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-주택분이 아니라 토지분 종부세에 관한 것입니다. 「조세특례제한법」 제104조의19는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 종합합산과세대상 토지 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받을 토지를 종합합산과세대상에서 제외하도록 정하고 있습니다.
-취득 주체는 「도시 및 주거환경정비법」상 정비사업 시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」상 소규모주택정비사업 시행자, 「주택법」상 주택조합·고용자·주택건설등록사업자, 프로젝트금융투자회사(PFV) 등입니다.
-신고 서식은 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제64호의17 서식(주택신축용 토지 합산배제 신고서)이며, 역시 9월 16일부터 9월 30일까지 제출합니다.
-주의할 점은 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못하면 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징당한다는 것입니다. 인허가 지연 리스크가 곧 세금 리스크가 되는 구조입니다.
-참고로 정부가 2026년 8월 3일 발표한 2026년 세제개편안에는 주택신축용토지에 대한 종합부동산세 합산배제 범위를 확대하는 안이 포함되어 있습니다. 다만 이는 아직 국회 심의를 거치지 않은 정부안으로, 확정된 법령이 아니라는 점을 유의해 주시기 바랍니다.
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-상담을 하다 보면 가장 많이 혼동하시는 부분입니다. 상속주택이나 지방 저가주택을 보유하면 종부세가 없어지는 것으로 알고 계신 분들이 계신데, 그렇지 않습니다.
-「종합부동산세법」 제8조 제4항은 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 등에 대해 1세대 1주택자 판정 시 주택 수에서 제외하는 특례를 두고 있습니다. 이는 기본공제 12억원과 고령자·장기보유 세액공제를 계속 적용받게 해주는 제도입니다.
-그러나 해당 주택의 공시가격 자체는 과세표준에 그대로 합산됩니다. 세액이 사라지는 것이 아니라 계산 방식이 유리해지는 것뿐입니다.
-반면 제8조 제2항의 합산배제는 공시가격 자체가 과세표준에서 빠집니다. 두 제도는 신청 시기와 서식도 다르므로, 본인이 어느 쪽에 해당하는지 정확히 구분하셔야 합니다.
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-합산배제는 신고제입니다. 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제9항(임대주택)과 제4조 제5항(사원용주택 등)은 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 합산배제 신고서를 제출하도록 정하고 있습니다.
-다행히 매년 반복할 필요는 없습니다. 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 신고한 내용 중 임대주택의 소유권 또는 전용면적에 변동이 없는 경우 별도의 신고 없이 계속 적용됩니다.
-반대로 변동이 생겼다면 반드시 다시 신고해야 합니다. 소유권이나 면적이 바뀌었으면 '변동신고'를, 임대등록이 말소되었거나 임대료를 5% 초과해 갱신하는 등 요건을 충족하지 못하게 되었으면 '제외신고'(과세대상 포함)를 해야 합니다.
-사후관리는 생각보다 촘촘합니다. 「종합부동산세법」 제17조에 따라 합산배제를 적용받은 뒤 의무임대기간이나 임대료 증액제한 요건을 지키지 못한 사실이 확인되면, 경감받은 종합부동산세액에 이자상당가산액을 더해 추징합니다. 국세청은 등록말소 임대주택에 대한 합산배제 사후관리 종합점검을 주기적으로 실시하고 있습니다.
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-임대료 5% 증액제한의 기준이 되는 '최초 임대차계약'을 언제로 볼 것인지가 오래된 쟁점이었습니다. 특히 단기민간임대주택이 자동말소된 뒤 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우가 문제였습니다.
-이에 대해 기획재정부 재산세제과-1302(2022.10.19.)는 재등록 이후 새로 작성되어 지방자치단체에 신고된 표준임대차계약을 기준으로 5% 상한을 계산하는 것으로 정리했습니다. 매입임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경등록한 경우의 기준은 사전-2019-법령해석재산-0305(2019.10.31.)에서 다루어졌습니다.
-사업자등록 시점도 반복적으로 다투어집니다. 조심 2025서0912 사건에서는 과세기준일 현재 「소득세법」상 사업자등록 요건을 갖추지 못한 주택에 대해 합산배제를 부인하고 경정청구를 거부한 처분이 문제되었는데, 심판원은 조세법률주의의 원칙상 감면요건 규정은 법문대로 엄격하게 해석해야 한다는 원칙을 확인했습니다.
-2020년 8월 18일 민간임대주택법 개정으로 단기임대·아파트 장기임대 등록이 자동말소된 사안들도 계속 문제되고 있습니다. 조심 2023서10342는 자동말소된 임대주택을 합산배제 대상에서 제외하고 과세한 사안입니다. 자동말소 사실을 인지하지 못한 채 합산배제를 계속 적용받다가 몇 해분을 한꺼번에 추징당하는 경우가 실제로 발생합니다.
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1. 9월 16일~9월 30일 신고기간을 달력에 고정해 두세요. 요건을 다 갖추고도 신고를 놓치면 그 해에는 그대로 과세됩니다. 홈택스에서 합산배제 신고 안내를 받았는지 매년 9월 중순에 확인하시기 바랍니다.
2. 등록이 두 개인지 확인하세요. 지자체 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록이 모두 과세기준일 현재 유효해야 합니다. 부부 공동명의 임대주택이라면 공동소유자 전원이 각각 등록되어 있어야 합니다.
3. 자동말소 여부를 직접 확인하세요. 지자체가 별도 통보 없이 말소한 경우에도 세법상 효과는 그대로 발생합니다. 렌트홈에서 등록 상태를 조회해 두시는 것이 안전합니다.
4. 임대료 갱신 전에 5% 계산을 먼저 하세요. 기준이 되는 직전 계약이 무엇인지, 1년 이내 증액에 해당하지는 않는지 확인한 뒤에 계약서를 쓰셔야 합니다. 한 번의 실수로 여러 해분이 추징될 수 있습니다.
5. 상속주택·지방 저가주택은 합산배제가 아니라 주택 수 특례입니다. 신청 서식과 효과가 다르므로 혼동하지 마시고, 해당하는 특례를 각각 신청하셔야 합니다.
6. 법인 오너라면 사원용주택·기숙사 요건을 점검해 보세요. 국민주택규모 이하이거나 공시가격 6억원 이하라는 요건, 그리고 특수관계인·과점주주 제공 주택 제외 규정을 함께 확인해야 합니다.
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참고 법령 및 예규·심판례
종합부동산세법 제8조 제2항 (과세표준 - 합산배제 주택)
종합부동산세법 제8조 제4항 (1세대 1주택자 판정 시 주택 수 제외 특례)
종합부동산세법 제17조 (결정과 경정 - 합산배제 요건 위반 시 추징 및 이자상당가산액)
종합부동산세법 시행령 제3조 (합산배제 임대주택) [시행 2025.11.28. 대통령령 제35880호]
종합부동산세법 시행령 제4조 (합산배제 사원용주택등)
종합부동산세법 시행규칙 제4조 (합산배제 신고서 서식) [개정 2026.1.2., 2026.3.20.]
조세특례제한법 제104조의19 (주택신축용 토지에 대한 종합부동산세 과세특례)
기획재정부 재산세제과-1302 (2022.10.19.) 자동말소 후 재등록 시 임대료 증액제한 기준
사전-2019-법령해석재산-0305 (2019.10.31.) 변경등록 시 최초 임대차계약의 판단 기준
조세심판원 조심 2025서0912 과세기준일 현재 사업자등록 요건과 합산배제 여부
조세심판원 조심 2023서10342 임대사업자 등록 자동말소와 합산배제 배제
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