안녕하세요. 가치 세무회계 최준위 세무사입니다.



봉직의로 근무하시는 원장님들께

5월이 다가오면 꼭 받는 질문입니다.



"병원에서 매달 세금 떼고 2월에 연말정산도 했는데, 주말에 다른 병원에서 받은 진료비가 따로 있어요. 5월에 또 신고해야 하나요?"



✅ 결론부터 말씀드리면

한 병원에서 받는 급여뿐이라면 2월 연말정산으로 끝입니다.

하지만 급여를 두 곳 이상에서 받거나, 3%만 떼고 받은 진료 대가가 있으면

다음 해 5월 종합소득세 신고를 직접 하셔야 합니다.





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1. 계약 형태가 소득 구분을 정합니다

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같은 진료를 해도 병원과 어떤 계약을 맺었는지에 따라

세금을 떼는 방식과 정산 시기가 완전히 달라집니다.



구분

고용계약 (근로소득)

프리랜서 진료 (사업소득)

매번 떼는 세금

근로소득 간이세액표에 따른 금액 (소득세법 제134조)

지급액의 3% (소득세법 제129조 제1항 제3호)

근거

소득세법 제20조·제127조 제1항 제4호

소득세법 제127조 제1항 제3호, 시행령 제184조 (의료보건용역)

정산 시기

다음 해 2월 연말정산 (제137조)

다음 해 5월 종합소득세 직접 신고 (제70조)

비용 차감

근로소득공제 자동 적용

장부 또는 경비율로 필요경비 계산



👉 3%만 떼고 받는 진료비는 미리 낸 세금일 뿐, 최종 세금이 아닙니다.

보험설계사 같은 일부 업종과 달리 의료 용역은 연말정산 대상이 아니어서

5월 신고로 정산해야 합니다(소득세법 시행령 제137조).





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2. 병원(대표 원장님)이 챙길 원천징수 의무

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페이닥터를 고용한 개원의 원장님 쪽에서도 놓치기 쉬운 부분입니다.



항목

내용

매달 급여 지급 시

간이세액표로 계산한 세액을 떼고 지급

납부 기한

뗀 날이 속하는 달의 다음 달 10일 (소득세법 제128조 제1항)

연말정산

다음 해 2월분 급여 지급 시 1년치 정산 (제134조 제2항·제137조)

추가 납부세액 10만원 초과

2월~4월 급여에서 나누어 징수 가능 (제137조 제4항)

외부 의사 진료비

지급액의 3%를 떼고 지급 (제127조 제1항 제3호)



⚠️ 주의 — 세후(네트) 급여 계약

"월 ○○만원 실수령"처럼 세후 금액으로만 약속하면

신고해야 할 세전 총급여가 불분명해져 정산 때 분쟁이 생기기 쉽습니다.

계약서에는 세전 금액과 세금 부담 주체를 함께 적어 두세요.





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3. 두 병원에서 급여를 받는다면

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각 병원은 자기 급여만 보고 세금을 떼기 때문에

누진세율이 제대로 반영되지 않아 덜 낸 상태가 되기 쉽습니다.



방법

내용

① 합산 연말정산

주된 근무지·종된 근무지를 정하고, 종된 근무지 원천징수영수증을 2월 급여 전에 주된 근무지에 제출 (소득세법 제137조의2)

② 5월 직접 신고

합산하지 않았다면 연말정산을 했어도 확정신고 의무가 남음 (소득세법 제73조 제2항)



● 합산하면 추가로 낼 세금이 생기는 것이 일반적입니다.

5월에 한꺼번에 내지 않으려면 ① 방법을 권해 드립니다.





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4. 강의료·자문료는 기타소득으로 봅니다

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학회 강연, 제약사 자문처럼 고용관계 없이 일시적으로 받는 대가는

기타소득입니다(소득세법 제21조 제1항 제19호).



항목

내용

필요경비

받은 금액의 60% 인정 (소득세법 시행령 제87조 제1호의2)

원천징수

필요경비를 뺀 금액의 20% (소득세법 제129조 제1항 제6호 라목)

분리과세 선택

연간 기타소득금액 300만원 이하이면 원천징수로 종결 가능 (제14조 제3항 제8호)



● 같은 일을 계속·반복해서 하면 사업소득으로 볼 수 있으니

횟수와 금액이 늘어나면 따로 점검이 필요합니다.





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5. 놓친 공제는 5월과 경정청구로 되찾으세요

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연말정산 때 부양가족, 의료비, 기부금 서류를 빠뜨렸다면

5월 종합소득세 신고에서 반영할 수 있습니다.



그 기한도 지났다면 법정신고기한부터 5년 이내에

경정청구로 돌려받을 수 있습니다(국세기본법 제45조의2).



✅ 핵심

5월 신고 때는 홈택스의 근로·사업·기타소득 지급명세서를 모두 불러와

빠진 소득이 없는지부터 확인하세요.





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한눈에 정리

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항목

내용

고용 페이닥터

매달 간이세액표 원천징수 → 2월 연말정산

프리랜서 진료

3% 원천징수 → 5월 종합소득세 신고 필수

두 곳 이상 급여

합산 연말정산 또는 5월 확정신고

강의료·자문료

필요경비 60%, 20% 원천징수, 300만원 이하 분리과세 선택

병원 측 의무

다음 달 10일까지 원천세 납부, 계약서에 세전 금액 명시

놓친 공제

5월 신고 반영, 이후 5년 이내 경정청구



근무처가 늘어나거나 계약 형태가 바뀌는 해에는

연초에 소득 구조를 한 번 정리해 두시면 5월에 당황할 일이 줄어듭니다.



페이닥터 급여 계약이나 종합소득세 신고가 궁금하시면

택슬리 상담으로 편하게 문의 주세요.



※ 이 글은 일반적인 정보 제공 목적이며, 개별 사안은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다. 2026년 10월 현행 법령 기준으로 작성했으며 이후 개정 여부를 확인하시기 바랍니다.



[근거 조문] 소득세법 제14조 제3항 제8호·제20조·제21조 제1항 제19호·제70조·제73조·제127조·제128조·제129조·제134조·제137조·제137조의2, 같은 법 시행령 제87조·제137조·제184조, 국세기본법 제45조의2