실거주에 따른 장기보유특별공제 가능여부

장기보유특별공제 법 개정전에 소유한 주택에 대하여 실거주를 하지 않았는데 장특공제가 가능할까요? 서울지역이고 분양권 당첨 후 실거주 없이 5년간 보유중입니다. 실거주가 없으면 장특이 아예없을까요? 법 개정 전 취득 주택이라 일부 가능할까요?

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안녕하세요? 세무사전영석 전영석 세무사 입니다. 질문하신 내용에 대하여 아래와 같이 답변 드립니다. 실거주하지 않은 경우 소득세법 제95조 제2항 및 소득세법 시행령 제159조의 4에 따라 2년 이상 거주한 1세대 1주택인 경우라면 표2에 따른 최대 80% 공제를 적용받으며 2년 이상 거주하지 않는 경우라면 표2가 아닌 표1에 따라 최대 30% 공제를 적용받는 것입니다. [참고 자료] 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 소득세법시행령 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

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1. 서론1세대 1주택의 경우 크게 2단계의 혜택이 주어진다고 볼 수 있습니다. 1) 비과세 요건을 갖춰 12억까지 비과세를 받는 것입니다. 2) 12억을 넘는 부분에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 표2)에 따라 최대 80%의 장기보유특별공제를 받는 것입니다. 그런데 웬만한 고가주택이 아닌 이상, 양도소득세를 계산할 때 1)의 12억까지 비과세 혜택이 훨씬 비중이 큰데다 양도가액이 12억을 넘지 않으면 1)의 혜택에서 이미 세금이 0이 됩니다. 그래서 납세자들은 1)의 요건을 갖추는데 초점을 두게 됩니다.1) 이때 12억까지 비과세를 받는 요건은, 1세대가 1주택을 2년 보유하고, 취득당시 조정대상지역인 경우에는 보유기간 중 거주기간이 2년 이어야 합니다.2) 표2를 적용하는 요건은, 1세대가 양도일 현재 1주택자 또는 일시적 2주택자이면서, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.그런데, 2021년부터 1)에서 12억까지 비과세를 받는 요건 중 2년 보유 요건이, [다주택자가 최종 1주택이 된 이후에 새로이 2년 보유/거주를 충족하였는지?]라는 질문으로 바뀌었습니다. 그래서 1)의 요건을 충족하기가 좀 더 어려워졌습니다. 그러나 2)에서는 보유기간이나 거주기간을 새로이 기산한다는 말이 없습니다. 그래서 부득이하게 1)의 보유요건을 갖추지 못한 사람들이, 그래도 2)의 혜택은 가능한가?라는 생각을 하기 시작했습니다. 여기에 대해서 갑론을박이 있었는데, 해석으로 가능한 것으로 정리되었습니다.2. 내용사전-2021-법령해석재산-1600 (2021.12.07)[ 요지 ] 「소득세법 시행령」제156조의3 제2항에 따른 1주택과 1분양권을 소유한 상태에서, 2년 이상 거주한 기존 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 「소득세법」 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것임[ 사실관계 ][ 신청내용 ] 2021.1.1. 현재 2주택(A․B)인 상태에서 2021년 중 B주택을 양도하고, 새로운 C분양권을 취득하여 1주택과 1분양권을 소유한 상태에서 기존 A주택을 양도한 경우 장기보유특별공제 적용시 표2를 적용 가능한지 여부. 10년 이상 보유 및 거주한 A주택의 양도차익 산정시 장기보유특별공제는 30%인지 80%인지[ 답변내용 ] 귀 사전답변 신청의 사실관계와 같이 2021.1.1. 현재 2주택인 상태에서 2021년 중 1주택을 양도하고, 새로운 분양권을 취득하여, 「소득세법 시행령」제156조의3 제2항에 따른 1주택과 1분양권을 소유한 상태에서, 2년 이상 거주한 기존 주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 「소득세법」 제95조제2항 표2의 공제율을 적용하는 것이고, 이 경우 표2의 공제율 방법에 관하여는 기존해석사례(서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.6.8.)를 참고하시기 바랍니다. 끝.○ 서면-2020-법령해석재산-1806, 2020.6.8.귀 질의의 경우, A주택 양도시 「소득세법」제95조제2항 장기보유특별공제율 적용을 위한 보유기간은 같은 법 제95조제4항에 따라 A주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 같은 법 시행령 제159조의3에 따른 거주기간은 A주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것입니다.3. 해설납세자는 2021년 1월 1일 현재 일시적 2주택이 아닌 관계의 A, B를 보유하고 있습니다. 그리고 2021년 이후에 B 주택을 양도했으므로 A가 최종1주택이 되었습니다. 이때 B주택이 양도차손이었으나 그래도 변수가 되지 못합니다. 과세의 셈법을 적용한 결과 양도차손인 것이지 비과세가 아니기 때문입니다. 그러면 A는 B 양도로부터 새로이 2년을 보유하여야 합니다. 이때 C 분양권을 취득하는데, [소득세법 시행령 제156조의3 제2항]에 따라 A를 1주택으로 볼 수 있는 상태입니다. A는 B 양도로부터 새로 2년을 보유하지 않았기 때문에, 12억까지 비과세를 받지 못합니다. 하지만, A와 C가 일시적 2주택인 이상, A가 장기보유특별공제 표2를 적용할 수는 있다고 합니다.

임의재건축한 주택의 건물부분 장기보유특별공제 적용시멸실 전 주택의 보유․거주기간 통산여부(통산 안함. 단, 노후로 멸실된 경우에는 통산함)양도, 서면-2021-법규재산-2385 [법규과-1721] , 2023.06.28[ 제 목 ]임의재건축한 주택의 건물부분 장기보유특별공제 적용시 멸실 전 주택의 보유․거주기간 통산여부[ 요 지 ]임의재건축한 주택의 건물부분 양도차익에서 공제하는 장기보유특별공제 표2의 공제율을 계산시, 보유․거주기간은 멸실 전 주택의 보유․거주기간을 통산하지 않고 신규주택 취득일인 주택(건물)의 사용승인서 교부일부터 계산[ 회 신 ]1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우로서 기존주택을 멸실하고 임의재건축한 주택을 양도함에 있어, 해당주택 중 건물부분의 양도차익에 대하여「소득세법」제95조제2항의 「표2」에서 정하는 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간 및 거주기간은 재건축한 당해주택(건물)의 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날)부터 기산하는 것입니다. 끝.[ 관련법령 ]종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】1. 사실관계○’84년 서울 소재 단독주택 취득하고 해당주택에 거주○’12년 멸실 후 임의재건축 공사○’13년 다가구주택 사용승인- 완공된 주택에서 거주하지 않음○’21년 이후 양도 예정2. 질의내용○ 1세대1주택에 해당하는 임의 재건축한 고가주택을 양도함에 따라 주택 중 건물의 양도차익에 대하여 소득법§95②단서에 따른 표2의- 보유․거주기간별 공제율을 적용할 때, 멸실 전 주택의 보유 및 거주기간을 신축주택의 보유 및 거주기간에 통산하는지 여부3. 관련사례□ 재산세과-1511, 2009.7.22.1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우로서 그 주택이 기존주택을 멸실하고 새로이 신축한 주택에 해당하는 경우「소득세법」제95조제2항의 표2에서 규정하는 장기보유특별공제율 적용시 보유기간은새로이 신축한 그 주택의 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)부터 기산하는 것임□ 기획재정부 재산세제과-34, 2017.01.16.노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따른 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우, 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제액을 계산할 때「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 공제율은종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것임□ 기획재정부 재산세제과-1007, 2022.08.19.「소득세법 시행령」 제159조의4에 따른 1세대 1주택의 거주기간을 산정할 때,노후 등으로 인하여 멸실되어 임의로 주택을 재건축한 경우 그멸실된 주택에 거주한 기간을 통산하여 계산하는 것입니다.