[종소세]
창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우
창업중소기업에 대한 세액감면 및 감면한도 적용 여부
(벤처 감면 적용)
사전-2026-법규소득-0322 [법규과-750]
귀속년도 : 2025
등록일자 : 2026.05.22.
생산일자 : 2026.03.26.
요지
수도권과밀억제권역 내에서 창업(‘23.1.7.)하고 창업 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따라 벤처기업으로 확인받은 경우(’25.11.12.) 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 여부 및 세액감면 한도
답변내용
「조세특례제한법 시행령」 제5조제4항에 해당하는 중소기업으로서 창업 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받고 다른 감면 요건을 모두 충족한 경우, 「조세특례제한법」 제6조제2항에 따른 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받을 수 있으나, 2025.1.1. 이후 벤처기업으로 확인받는 경우에는 「조세특례제한법」 제6조제13항에 따라 감면한도(연간 5억원)가 적용되는 것입니다.
상세내용
1. 사실관계
○신청인은 ‘23.1.7. 서울 ○○구 ○○동 ***-**에서 서비스 광고대행업*을 주업종으로 하여 개인사업자 등록을 하였고
* 23.6.2. 업종코드만 변경함(전 743004 → 후 743002)
- ’23.9.26. 사업장을 서울 ○○구 ○○동 ###-##로 이전하여 현재까지 계속 사업중 임
○쟁점사업장은 ‘25.11.12. 벤처기업확인기관에서 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 벤처기업으로 확인받았음(이하 “쟁점확인”)
- 신청인은 쟁점사업장의 23년, 24년 귀속 종합소득세 신고시 「조세특례제한법」 제6조 창업중소기업등에 대한 세액감면을 받은 사실이 없음
2. 신청내용
○수도권과밀억제권역 내에서 창업(‘23.1.7.)하고 창업 후 3년 이내에 「벤처기업육성에 관한 특별특별법」에 따라 벤처기업으로 확인받은 경우 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 여부 및 세액감면 한도 적용 여부에 대해 질의함 (조특법 §6②⑬)
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】
① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율
가. 2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우
1) 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100
2) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50
② 「벤처기업육성에 관한 특별법」제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2027년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.
1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일
2. 「벤처기업육성에 관한 특별법」제25조제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다): 유효기간 만료일
⑬ 각 과세연도에 제1항, 제2항 및 제4항부터 제7항까지에 따라 감면받는 세액의 합계액이 5억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 감면하지 아니한다. <신설 2024.12.31>
○ 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업등에 대한 세액감면】
④ 법 제6조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.
1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)
2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5 이상인 중소기업
○ 벤처기업육성에 관한 특별법 제2조의2 【벤처기업의 요건】
① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것
가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 해당 요건을 갖춘 것으로 평가받은 기업
(1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조제10호에 따른 벤처투자회사(이하 "벤처투자회사"라 한다)
(2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제2조제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다)
(3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)
(4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)
(5) 삭제 <2020.2.11>
(6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제66조에 따른 한국벤처투자
(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자
(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인
나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 벤처기업확인기관으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.
1) 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」제7조제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2) 「문화산업진흥 기본법」제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)
② 제1항제2호나목 및 다목에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 벤처기업육성에 관한 특별법 제25조 【벤처기업의 해당여부에 대한 확인】
① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.
② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 "벤처기업확인위원회"라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.
③ 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업 확인의 투명성을 확보하기 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인된 벤처기업에 관한 정보를 공개할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 정보는 공개하여서는 아니 된다.
1. 「부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률」제2조제2호에 따른 영업비밀
2. 대표자의 주민등록번호 등 개인에 관한 사항
④ 벤처기업확인기관의 장은 제1항 및 제2항에 따른 확인에 소요되는 비용을 벤처기업 확인을 요청하려는 자에게 부담하게 할 수 있다. 이 경우 비용의 산정 및 납부에 필요한 사항은 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다.
⑤ 제1항과 제2항에 따른 확인 절차 등에 관하여 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.
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