안녕하세요 절세도사 김주성 세무사입니다^^
오늘은 토지나 주택이 공익사업으로 수용되거나 협의매수될 때, 양도소득세를 신고하기 전에 반드시 점검해야 할 사업인정고시일 기준 판단, 보상금의 소득 구분, 감면과 비과세, 신고시기에 대해서 설명드리겠습니다
수용이라도 세금은 '매매'와 똑같이 시작합니다
-도로, 택지, 철도 같은 공익사업으로 땅이 수용되면 소유자가 원하지 않았더라도 세법은 이를 양도로 봅니다. 그래서 일반 매매와 마찬가지로 양도소득세 신고 대상입니다.
-다만 수용이나 협의매수에는 일반 매매와 다른 특례가 있습니다. 일정 요건을 갖춘 토지는 비사업용 토지에서 제외될 수 있고, 공익사업용 토지등의 양도소득세 감면이나 수용되는 1세대 1주택의 보유·거주기간 특례를 적용받을 수 있습니다. 취득시점뿐 아니라 사업의 법적 성격, 양도 당시 주택 수, 보상방법과 양도시기까지 함께 확인해야 합니다.
-또 보상금 통지서에 적힌 금액이 모두 양도소득은 아닙니다. 아래 순서대로 하나씩 점검해 보시기 바랍니다.
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1단계 : 취득시점 판단의 핵심 기준, 사업인정고시일
-수용 관련 특례의 취득시기 요건은 대부분 사업인정고시일을 기준으로 따집니다. 보상 협의 요청서나 수용재결서에 적힌 날짜를 가장 먼저 확인하세요.
-이 날짜는 공익사업의 근거 법률마다 정해지는 방식이 다릅니다. 도시개발, 산업단지, 택지개발 등은 실시계획 고시일이나 지구지정 고시일처럼 별도의 날을 사업인정고시일로 보는 경우가 많으므로 해당 사업의 고시 공문으로 확인하는 것이 안전합니다.
-고시일이 정해지면 내 토지의 취득일이 아래 세 문턱을 넘는지 비교합니다.
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2단계 : 취득일이 갈라놓는 세 가지 문턱
1. 비사업용 토지에서 제외되려면 : 고시일부터 5년 이전 취득
-농지·임야·나대지 등이 비사업용 토지로 판정되면 중과세율 등 불이익이 따릅니다. 수용되는 토지는 소유자의 의사와 무관하게 팔리는 점을 고려해 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전이면 비사업용 토지로 보지 않습니다. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전이면 취득시기 제한이 없습니다. (소득세법 제104조의3 제2항, 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호)
-2021년 5월 4일 전에 사업인정고시된 사업에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지는 경과규정에 따라 종전의 2년 기준을 확인합니다. 2021년 5월 4일 이후 사업인정고시되는 사업부터는 5년 기준이 적용됩니다.
2. 양도소득세 감면을 받으려면 : 고시일부터 소급하여 2년 이전 취득
-감면은 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등이어야 합니다. 고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일을 기준으로 소급합니다. 상속받은 토지는 피상속인의 취득일, 배우자·직계존비속에게 증여받아 이월과세가 적용되는 토지는 증여자의 취득일을 취득일로 봅니다. (조세특례제한법 제77조 제1항, 제9항)
3. 1세대 1주택 비과세 특례 : 고시일 전에 취득한 주택
-양도 당시 1세대 1주택이고 주택과 부수토지의 일부 또는 전부가 협의매수·수용되는 경우, 그 주택을 사업인정고시일 전에 취득했다면 보유기간·거주기간의 제한 없이 비과세를 적용합니다. 이 특례는 해당 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존주택과 그 부수토지에도 적용될 수 있습니다. 다만 양도 당시 1세대 1주택 등 다른 요건은 별도로 확인해야 합니다. (소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 가목)
-다만 주택과 부수토지의 양도 당시 실지거래가액 합계가 12억원을 초과하면 전액 비과세는 아닙니다. 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 경우에도 전체 양도차익 중 12억원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익은 과세됩니다. 계산식은 '전체 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액'입니다. (소득세법 제95조 제3항, 소득세법 시행령 제160조)
-세 가지 기준은 적용 대상과 요건이 서로 다릅니다. 고시일 5년 이전 취득 요건을 충족하지 못했다고 해서 곧바로 비사업용 토지가 되는 것은 아닙니다. 이 경우에는 수용 특례에 따른 제외만 적용받지 못할 뿐이며, 실제 토지 이용현황과 기간 기준, 다른 비사업용 토지 제외 사유를 따로 확인해야 합니다. 예를 들어 고시일 3년 전에 취득한 토지는 수용 특례에 따른 제외는 받지 못하더라도, 실제 사업용으로 사용한 사실에 따라 사업용 토지로 판정되거나 공익사업용 토지 감면을 받을 수 있습니다.
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3단계 : 보상금 봉투를 열어 항목별로 쪼개 보기
-공익사업 시행자는 대개 토지만 취득하고, 토지 위의 건물·수목·농작물 같은 지장물은 철거나 이전에 대한 손실보상으로 지급하는 경우가 많습니다. 그래서 보상금 안에는 성격이 다른 돈이 섞여 있습니다.
-토지와 건물은 보상금 명목이 '손실보상'이어도 사실상 양도대가이므로 양도소득세 과세대상입니다. 반면 지장물 보상은 다음처럼 나누어 봅니다.
-수목·과수·농작물 : 실제 손실에 대한 보상인지, 별도의 매매대가인지를 구분해야 합니다. 토지 양도가액과 별도로 지급받는 과수·농작물 등의 손실보상금 중 손실 범위를 초과하지 않는 금액은 과세소득에 해당하지 않는다는 국세청 해석이 있습니다. 반면 매매의 대가에 해당하면 사업소득과 관련 비과세 규정을 별도로 검토해야 합니다. (서면1팀-1514, 2005.12.9., 소득세법 제12조 제2호)
-합의금 : 토지를 원활하게 명도받으려고 법적 의무 없이 주는 합의금은 기타소득(사례금)으로 볼 수 있습니다. 지급 사유, 약정 내용, 평가내역을 종합해 판단합니다. (소득세법 제21조 제1항 제17호, 서면1팀-1514, 2005.12.9.)
-영업손실보상금 : 원칙적으로 양도소득이 아니라 사업소득의 총수입금액에 포함해 종합소득세로 과세됩니다. 다만 시설·기계장치 자체의 보상금은 자산의 종류와 양도 여부에 따라 별도로 소득을 구분해야 하므로, 영업손실보상금과 한 항목으로 묶어 신고하지 않도록 주의하세요. (소득세법 시행령 제51조 제3항 제5호)
-차량·기계장치 등 : 보상금이 자산의 양도대가인지, 이전비인지, 영업손실이나 다른 사업 관련 보상인지부터 구분해야 합니다. 토지·건물이 아닌 사업용 유형자산의 양도로 발생하는 소득은 복식부기의무자의 사업소득에 포함됩니다. 간편장부대상자는 해당 유형자산 양도소득 규정의 적용 대상이 아니지만, 영업손실보상금 등 다른 성격의 금액까지 모두 비과세가 되는 것은 아닙니다. (소득세법 제19조 제1항 제20호)
-분묘 이장비 : 항목명만으로 소득을 결정하지 않습니다. 분묘를 이장하는 데 따른 사례의 성격으로 지급받는 금액은 기타소득에 해당할 수 있으며, 기타소득금액은 수입에서 실제 필요경비를 공제해 계산하므로 이장에 소요된 비용 중 증빙으로 확인되는 금액은 공제합니다. 지급사유·지급조건·당사자 간 약정에 따라 판단하므로 보상내역서와 합의서, 이장비용 영수증을 함께 보관하세요. (소득세법 제21조 제1항 제17호, 제3항, 국세청 해석 2008.8.21. '분묘소유주가 이장비와 보상비로 받는 대가의 소득구분 및 필요경비의 계산')
-결국 보상내역서를 받으면 항목별로 분리해서 어느 소득에 해당하는지부터 표시해 두는 것이 신고의 첫걸음입니다.
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4단계 : 감면, 얼마나 줄어들까요?
-공익사업에 필요한 토지를 사업시행자에게 양도하거나 수용되어 발생한 소득은, 앞서 본 2년 요건을 갖추면 2026년 12월 31일 이전 양도분까지 양도소득세를 감면받습니다. (조세특례제한법 제77조 제1항)
-현행 조문의 감면율은 다음과 같습니다. 보상을 받는 방식에 따라 달라집니다.
-현금으로 받는 부분 : 양도소득세의 15%
-대통령령으로 정한 채권으로 받는 부분 : 20%
-「공공주택 특별법」 등 대통령령이 정한 법률에 따라 협의매수 또는 수용되고, 대통령령에서 정한 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결한 경우 : 35%(만기 5년 이상이면 45%). 단순히 채권으로 받거나 개인적으로 보유하기로 결정하는 것만으로 우대감면이 적용되는 것은 아닙니다.
-예를 들어 산출세액이 1억원이고 전액 현금 보상이라면 감면액은 1,500만원입니다. 만기 5년 이상 채권 특약이 있는 부분은 같은 1억원이어도 4,500만원까지 감면됩니다. (이해를 돕기 위한 가정이며 한도 이내 기준입니다.)
-만기보유 특약을 위반하면 3년 이상 특약은 해당 양도소득세의 15% 상당액, 5년 이상 특약은 25% 상당액이 즉시 추징됩니다. 일반 채권 감면율 20%를 초과해 우대받은 부분을 추징하는 구조이므로, 채권을 만기까지 보유할 수 있는 자금 계획인지 먼저 확인하세요. (조세특례제한법 제77조 제4항)
-인터넷에서 10%, 15%, 30%, 40%를 감면율로 소개하는 자료를 보셨다면 개정 전 수치입니다. 감면율은 2025년 3월 14일 개정으로 상향되었고, 적용 시기는 부칙(적용례)에 따르므로 양도일이 어느 법령에 해당하는지 확인해야 합니다. 과거 양도분은 당시 법령과 부칙을 따로 확인하세요.
-감면에는 한도가 있습니다. 과세기간별 2억원, 5개 과세기간 합계 3억원을 넘는 감면세액은 감면하지 않으며, 감면되는 세액의 20%는 농어촌특별세로 별도 납부합니다. (조세특례제한법 제133조 제2항, 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호) 위 예에서 현금 보상 1,500만원이 감면되면 농어촌특별세는 300만원입니다.
-감면은 신청해야 적용됩니다. 협의매수처럼 사업시행자에게 양도하는 경우에는 사업시행자가 감면신청을 하도록 되어 있고, 수용으로 인한 소득은 본인이 신청해야 합니다. 누가 신청하는지, 신청서가 접수됐는지 신고 전에 확인하세요. (조세특례제한법 제77조 제6항, 제7항)
대토보상을 받는 경우
-현금이나 채권 대신 사업으로 조성된 토지로 보상받는 대토보상은 따로 특례가 있습니다. 고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 양도하고 대토로 보상받는 부분은 양도소득세의 40% 감면 또는 과세이연 중에서 선택할 수 있습니다. (조세특례제한법 제77조의2 제1항)
-과세이연은 당장 세금을 내지 않는 대신, 나중에 받은 대토를 팔 때 이연된 세금이 정산됩니다. 반대로 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받거나 소유권이전등기의 원인이 대토보상으로 기재되지 않는 경우에는 감면·이연받은 세액과 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부해야 합니다. 대토를 받은 후의 처분 계획까지 함께 설계해야 합니다. (조세특례제한법 제77조의2 제3항)
-대토보상 감면도 위의 감면한도 계산에 함께 합산됩니다. (조세특례제한법 제133조 제2항)
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5단계 : 양도일과 신고기한을 시간순으로 확정하기
-협의매수의 양도시기는 원칙적으로 대금청산일이며, 대금청산 전에 소유권이전등기를 하면 등기접수일이 양도일이 됩니다. (소득세법 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호)
-수용의 양도시기는 대금청산일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 중 가장 빠른 날입니다. 다만 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송의 판결확정일로 봅니다. 보상금 증액 소송과 소유권 소송은 구분해야 합니다. (소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호)
-협의매수에서는 보상금을 지급하기 전에 소유권이전등기를 먼저 해 주는 경우가 많습니다. 이때는 등기접수일이 양도일이 되므로, 보상금을 받은 달이 아니라 등기를 넘긴 달을 기준으로 신고기한을 계산해야 합니다. 신고 전에 등기부등본으로 접수일을 꼭 확인하세요.
-신고기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내(예정신고)이고, 같은 해 다른 양도소득이 있다면 다음 해 5월에 합산해서 확정신고합니다. (소득세법 제105조 제1항 제1호)
-감면 적용기한이 2026년 12월 31일 이전 양도분이므로, 올해 연말 가까이에 대금청산·등기 일정이 걸려 있는 분은 양도일이 어느 해에 속하는지 먼저 확인하셔야 합니다. 기한 이후 연장 여부는 세법 개정 상황을 별도로 확인하세요.
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6단계 : 보상금이 늘어나는 소송을 했다면
-보상금에 불복해 이의신청이나 행정소송을 진행하면 최종 보상금이 달라질 수 있습니다. 이때 양도일이 바뀌는 것은 아닙니다. 다만 소송으로 보상금이 증액되면 당초 신고한 양도소득금액이 변동되므로 추가 신고가 필요합니다.
-판결 확정일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가로 신고·납부하면 법정 신고기한까지 신고·납부한 것으로 봅니다. (소득세법 시행령 제173조 제4항)
-증액을 받기 위해 직접 쓴 소송비용과 화해비용은 증액된 보상금을 한도로 필요경비에 넣을 수 있습니다. 다만 그 연도의 다른 소득금액 계산에서 이미 필요경비로 인정받은 금액은 제외합니다. (소득세법 시행령 제163조 제3항 제2호의2)
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7단계 : 환산취득가액 적용 시 수용 기준시가 특례를 확인하세요
-오래전에 취득하여 실지취득가액을 확인할 수 없다면 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등 법정 추계 방법의 적용 가능성과 순서를 검토해야 합니다. 환산취득가액은 그 요건을 충족하는 경우 적용하며, 단순히 세금이 적게 나온다는 이유로 실지취득가액 대신 선택할 수는 없습니다. (소득세법 제97조·제114조, 소득세법 시행령 제176조의2)
-협의매수·수용되는 토지는 일반적인 양도 당시 기준시가, 보상액, 보상액 산정의 기초가 되는 기준시가 중 가장 낮은 금액을 적용하는 특례를 확인해야 합니다. 보상액이나 그 기초 기준시가가 일반 기준시가보다 낮으면 그 차액을 빼서 양도 당시 기준시가를 계산하기 때문입니다. 여기서 보상액 산정의 기초가 되는 기준시가는 보상금 산정 당시 해당 토지의 개별공시지가를 뜻하며, 표준지 공시지가나 감정평가액과 혼동하지 않도록 주의하세요. (소득세법 시행령 제164조 제9항 제1호, 소득세법 시행규칙 제80조 제8항)
-환산취득가액 계산에서 조정된 양도 당시 기준시가가 분모에 들어가면 취득가액과 양도차익이 달라질 수 있으므로, 보상평가 자료와 당시 개별공시지가를 함께 확인해야 합니다. 수용이라고 해서 반드시 기준시가가 낮아지는 것은 아닙니다.
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실무에서 꼭 체크해야 할 포인트
1. 보상 통지를 받으면 먼저 사업인정고시일을 찾고, 토지별로 취득일을 표로 정리해 5년·2년·고시일 전 기준을 대조하세요. 고시일 5년 이전 취득 요건을 충족하지 못한 토지도 실제 사용현황과 다른 제외 사유에 따라 사업용 토지로 판정될 수 있으므로 별도 검토합니다.
2. 보상내역서를 토지·건물, 지장물, 영업손실, 합의금으로 나누어 소득 구분부터 하세요.
3. 현금과 채권 중 어느 쪽이 유리한지는 감면율뿐 아니라 한도(연 2억원·5년 3억원)와 농어촌특별세, 자금 필요 시기를 같이 보고 정하세요.
4. 협의매수라면 소유권이전등기 접수일이 양도일이 될 수 있는지, 감면 적용기한(2026.12.31.)을 넘기지 않는지 날짜부터 확인하세요.
5. 주택이 수용된다면 고시일 전 취득 여부와 12억원 초과 여부를 먼저 확인하고, 잔존주택이 있으면 5년 안에 처분하는 계획을 세우세요.
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수용 보상금, 신고 전에 세금 계산부터 해 보세요
-자연세무회계컨설팅은 공익사업 수용 양도소득세 신고, 감면·비과세 요건 검토, 대토보상 설계 등 부동산 관련 세무 상담을 해 드리고 있습니다. 궁금하신 점이 있으시면 언제든 문의해 주세요.
※ 본 글은 2026년 10월 12일 기준 관계 법령을 바탕으로 한 일반 정보입니다. 감면율·한도·적용기한은 세법 개정과 부칙 적용시기에 따라 달라질 수 있으며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아니므로 구체적인 사항은 전문가와 상담하시기 바랍니다. 법령 원문은 국가법령정보센터(law.go.kr)에서 확인하실 수 있습니다.
참고 법령 및 예규
소득세법 제12조 제2호 (비과세 사업소득 — 작물재배업 등)
소득세법 제19조 제1항 제20호 (사업용 유형자산 양도소득)
소득세법 제21조 제1항 제17호 (기타소득 — 사례금)
소득세법 제89조 제1항 제3호 (1세대 1주택 비과세)
소득세법 제95조 제3항 (고가주택 양도차익 계산)
소득세법 제97조, 제98조, 제114조 (양도차익, 양도시기, 결정·경정)
소득세법 제104조의3 (비사업용 토지의 범위)
소득세법 제105조 (양도소득과세표준 예정신고)
소득세법 시행령 제51조 제3항 (총수입금액의 계산 — 영업손실보상금)
소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 가목 (수용되는 주택의 보유·거주기간 특례)
소득세법 시행령 제160조 (고가주택에 대한 양도차익등의 계산)
소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호·제7호 (양도시기 — 협의매수·수용)
소득세법 시행령 제163조 제3항 제2호의2 (보상금 증액 소송비용의 필요경비)
소득세법 시행령 제164조 제9항 제1호 (수용 시 양도 당시 기준시가)
소득세법 시행령 제176조의2 (기준시가 등에 따른 취득가액 추계)
소득세법 시행규칙 제80조 제8항 (보상액 산정 기초 기준시가)
소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 (비사업용 토지로 보지 않는 수용 토지)
소득세법 시행령 제173조 제4항 (보상금 증액 시 추가신고 특례)
조세특례제한법 제77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)
조세특례제한법 제77조의2 (대토보상에 대한 양도소득세 과세특례)
조세특례제한법 제133조 제2항 (양도소득세 감면의 종합한도)
농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호 (감면세액에 대한 농어촌특별세)
서면1팀-1514, 2005.12.9. (토지양도대가와 별도로 지급받는 임목 등에 대한 대가의 소득구분)
국세청 해석 2008.8.21. (분묘소유주가 이장비와 보상비로 받는 대가의 소득구분 및 필요경비의 계산)
