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2013년 조세특례제한법시행령에 의거 매수한 주택에 관한 문의드립니다

현재 투기/조정지역내 아파트를 소유하고 있습니다 (A.B아파트는 투기/조정지정 전에 매수함) 1) A아파트 2011.2월 매수 2) B아파트 2013.3월 조세특례법 제99조2 제3항 및 5항에 의거 매수후 2013. 6월 구청에 1세대 1주택자 확인 신청(양도세 감면) 날인 받았음 B아파트 매수 후 재건축으로 인하여 2016년 42평(분양가 4억2천) 조합원 분양 후 , 현재 A.B아파트 소유중임 질의내용 - A아파트 매도시 1가구 1주택으로 비과세 양도 대상에 해당 되는지 문의드립니다
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안녕하세요? 세무사 권민 사무소 권민 세무사 입니다. 질문하신 내용에 대하여 아래와 같이 답변 드립니다. 1) 조세특례제한법 제99조의2 제1항의 적용을 받는 경우, 5년간 양도소득세 100% 감면 또는, 5년간 양도소득금액을 제외하고 세금을 계산합니다. 또한 제2항에 의하면, 제1항의 적용을 받는 주택은 거주자의 소유주택으로 보지 아니합니다. 조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ② 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 2) 조세특례제한법 제99조의1 제1항의 적용을 받는 주택이 재개발되어 신축되는 경우에도 제1항을 여전히 적용할 수 있습니다. 따라서 제1항이 적용되면 제2항도 적용됩니다. (조세특례제한법 시행령 제99조의2가 조세특례제한법 제99조의2의 하부규정입니다) 기획재정부재산-135(2014.02.21) 「조세특례제한법 시행령」제99조의 2 제3항에 따른 감면대상기존주택을 취득한 후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발·재건축 등으로 당해 감면대상기존주택이 신축주택으로 전환된 후 양도되는 경우에도 「조세특례제한법」제99조의 2에 따른 양도소득세 과세특례가 적용되는 것이나, 감면대상기존주택에 대한 양도소득 범위 내에서 양도소득세가 감면됩니다. 이 경우 정비사업조합으로부터 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받은 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것입니다. 3) 귀하의 경우 B아파트가 조세특례제한법 제99조의2 제1항에 적용되고, A아파트가 1세대 1주택 요건을 갖추는 경우, B아파트를 없는 것으로 보고 A아파트 비과세를 적용할 수 있을 것으로 예상합니다.
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