주택임대사업자 조특법 97조의3 장기보유특별공제, 양도세 중과배제｜2027년까지 매도해야 하는 이유
원글 출처 : https://blog.naver.com/highyes_tax/224390679558원글이 화질, 깨짐 측면에서 보시기가 훨씬 좋습니다.안녕하세요, 부동산 세금 전문 세로움입니다.8월 3일 발표된 2026년 세제개편안 중에서'주택임대사업자'분들이 적용받아 온 다음과 같은양도소득세 특례에 양도기한을 신설하거나 혜택을 단계적으로 축소하는 내용이 포함되었습니다.[변경되는 주택임대사업자 혜택]1. 다주택자 양도소득세 중과배제2. 조특법 97조의3 장기임대주택 장기보유특별공제 우대 적용3. 조특법 97조 장기임대주택 양도소득세 100% 감면4. 조특법 97조의2 신축임대주택 양도소득세 100% 감면*현재 개정안 및 입법예고 단계이므로 최종 확정 법령은 별도로 확인할 필요가 있습니다.Previous imag현행 규정상 일정 요건을 갖춘 자동말소된 주택임대사업자가 적용받는 다주택자 양도소득세 중과배제, 장기보유특별공제 우대율 적용 혜택과, 일정 요건을 충족한 장기임대주택·신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 혜택은양도 시기와 관계없이 언제든지 적용가능합니다.이러한 특례 주택들은 시세가 많이 오르더라도 세금에 대한 부담이 매우 적기 때문에, 보물처럼 수십 년 이상 계속 보유하는 분들이 많습니다.하지만, 이번 세제개편안이 시행되면 주택임대사업자 양도세가 크게 변화됩니다.일부 임대주택은 빠르면 27년까지 양도해야 기존 세제혜택을 온전히 적용 받을 수 있기 때문에 해당 주택을 보유하고 계신 분들은 개정 내용을 정확하게 확인하고, 적절한 양도 시기를 미리 계획할 필요가 있습니다.오늘은 주택임대사업자 양도소득세 혜택 중 다주택자 양도소득세 중과배제와 조특법 제97조의3 장기보유특별공제 특례 적용에 대한 양도기한 신설 및 달라지는 세부적인 개정 내용을 살펴보겠습니다.1. 다주택자 양도소득세 중과배제(소득세법 시행령 제167조의3 및 제167조의10)<1> 단계적 폐지 대상 임대주택아래 요건을 충족한 주택임대사업자의 매입임대주택을 양도하는 경우, 자동말소 이후에도양도 시기에 관계없이 다주택자 양도소득세 중과세 적용에서 배제됩니다.[다주택자 양도소득세 중과배제 임대주택 요건]1. 지자체 임대사업자 및 세무서 사업자등록2. 임대개시일 현재 기준시가 6억원(비수도권 3억원) 이하3. 임대주택 등록시점에 따른 의무임대기간 충족4. 2019.2.12. 이후 임대료 5% 증액제한 준수요건을 충족한 매입임대주택은 다주택자 양도소득세 중과배제 혜택을 적용받을 수 있습니다. 하지만 이번 세제개편안은 혜택 적용대상 중2가지 유형의 임대주택에 대해서는 단계적 폐지, 즉 양도기한을 신설합니다.[단계적 폐지 대상 임대주택(자동말소주택)]1. 4년 단기매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역2. 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역따라서 다음 임대주택 유형은 이번 개정안의 직접적인 단계적 폐지 대상에는 포함되지 않기 때문에 한동안은 계속 보유하셔도 괜찮을 것으로 보입니다.[중과배제 혜택이 유지되는 임대주택 유형]1.비조정대상지역 아파트2. 아파트가 아닌 주택(단독주택, 다세대, 다가구, 도시형생활주택, 오피스텔 등)<2> 중과배제 혜택 단계적 폐지현재는 임대사업자 양도세 중과배제 혜택 적용에 대해 별도의 양도기한 제한이 없지만, 개정안에 따르면 다음과 같이 양도기한 제한이 신설됩니다.(1) 26.12.31.까지 자동말소된 조정지역 아파트① 27년 양도 : 중과배제 적용② 28년 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 29년 이후 양도 : 중과적용(2) 27.1.1. 이후 자동말소되는 조정대상지역 아파트임대주택 중 27.1.1. 이후에 의무임대기간이 종료되는 물건도 있기 때문에 개정안은 별도의 경과규정을 두고 있습니다.① 의무임대기간 종료일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 종료일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 종료일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용(3) 27.1.1. 이후 조정대상지역으로 신규 지정된 아파트27.1.1. 이후 조정대상지역으로 신규 지정된 경우도 동일한 경과규정이 적용됩니다.① 조정대상지역 신규 지정일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 지정일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 지정일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용(4) 재건축·재개발 진행 중인 아파트① 이전고시일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 이전고시일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 이전고시일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용[세액비교]· 양도가 : 10억원· 취득가 : 5억원· 주택임대사업자로서 다주택자 중과배제 요건 충족· 매도자는 조정대상지역 다주택자다주택자 양도세 중과배제 요건을 충족한 임대물건이 양도가 10억원, 취득가 5억원으로 가정했을때 양도시기에 따라 달라지는 예상 양도소득세입니다.2027년까지 양도하는 경우와 2029년 이후 양도하는 경우를 비교하면, 2주택자는 최대 약 1.5억원, 3주택자는 최대 약 2억원의 양도소득세 차이가 발생할 수 있습니다.경우에 따라 세부담이 2배 이상 증가할 수 있는 만큼, 단순히 양도시기만 늦추기보다는 보유주택 수, 취득가액, 예상 양도차익, 장기보유특별공제 적용 여부 등을 함께 고려하여 세액 차이를 사전에 검토할 필요가 있습니다.특히 2027년까지 중과배제 혜택을 적용받을 수 있는 주택이라면,2029년 이후 중과세율이 다시 적용되기 전에 양도하는 방안을 우선적으로 검토해보는 것이 유리할 수 있습니다.2. 장기임대주택 장기보유특별공제 우대 적용(조세특례제한법 제97조의3)<1> 단계적 폐지 대상 임대주택현재 조세특례제한법 제97조의3 규정에 따라 아래의 요건을 충족한 장기임대주택을 양도하는 경우, 자동말소 이후에도양도시기에 관계 없이 임대기간 중 발생한 양도차익에 대해서 높은 공제율의 장기보유특별공제를 적용받을 수 있습니다.(1) 8년 이상 임대 : '50%' 장기보유특별공제 적용(2) 10년 이상 임대 : '70%' 장기보유특별공제 적용[장기보유특별공제 우대 적용 임대주택 요건]1. 지자체 임대사업자 및 세무서 사업자등록(20.12.31.까지 등록)2. 임대개시일 현재 기준시가 6억원(비수도권 3억원) 이하(18.9.14. 이후 취득분부터 적용)3. 국민주택규모 이하일 것(다가구주택은 가구당 전용면적으로 판단)4. 장기임대주택으로 등록하여 8년(10년)이상 계속하여 임대5. 임대료 5% 증액제한 준수요건을 충족한 장기임대주택은 자동말소 이후에도 언제든지임대기간 중 발생한 양도차익에 대해 '50%' 또는 '70%'의 높은 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다. 다만, 이번 세제개편안은 앞서 살펴본 중과배제와 마찬가지로 조정대상지역 아파트에 대해서는단계적 폐지, 즉 양도기한을 신설합니다.[단계적 폐지 대상 임대주택(자동말소주택)]1. 4년 단기매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역2. 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역따라서 앞서 설명드린 양도소득세 중과세 적용 배제 혜택과 마찬가지로, 다음의 임대주택은 개정안에도 불구하고 계속해서 우대 적용을 받을 수 있습니다.[장기보유특별공제 우대 적용 혜택이 유지되는 임대주택 유형]1.비조정대상지역 아파트2. 아파트가 아닌 주택(단독주택, 다세대, 다가구, 도시형생활주택, 오피스텔 등)<2> 장기보유특별공제 우대 혜택 단계적 폐지현재는 양도기한에 대한 제한이 없지만, 개정안에 따르면 다음과 같이 양도기한 제한이 신설됩니다. 경과규정은 양도소득세 중과배제와 동일합니다.(1) 26.12.31.까지 자동말소된 조정지역 아파트① 27년 양도 : 장특 50% 우대적용② 28년 양도 : 장특 30% 적용③ 29년 이후 양도 : 우대적용X(2) 27.1.1. 이후 자동말소(조정대상지역 신규 지정 / 재건축·재개발 진행 중)되는 조정대상지역 아파트① 의무임대기간 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 1년 이내 양도 : 50% 우대적용② 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 1~2년 이내 양도 : 30% 적용③ 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 2년 이후 양도 : 우대적용X<3> 장기보유특별공제 우대 적용 계산특례가 아닌 일반적인 장기보유특별공제는 보유기간 1년에 2%씩 공제하여, 최대 15년 보유 시 30%를 한도로 공제율이 적용됩니다.반면 조특법 97조의3에 따른 특례적용은 보유연수X공제율 방식이 아니라, 임대기간 중 발생한 양도차익에 대해 50%(8년 이상 임대) 또는 70%(10년 이상 임대)를 적용합니다. 공제율이 일반 공제보다 최대 2배 이상 늘어나는 것이기 때문에, 단순 계산으로도 양도세는 절반 이하로 줄어들 수 있습니다.다만, 특례가 적용되는 양도차익은 전체 양도차익이 아닌임대기간에 발생한 양도차익으로 한정됩니다.20년을 보유하면서 주택임대사업자로 등록한 뒤 의무임대기간 8년을 충족하고 양도하는 경우, 20년 전체 보유기간 동안 발생한 양도차익이 아니라임대기간 8년 동안 발생한 양도차익에 대해서만 특례를 적용하는 것으로 계산방식은 다음과 같습니다.<4> 8년 자동말소 후 계속해서 10년 이상 임대한 경우아파트를 장기임대주택으로 등록한 경우 의무임대기간인 8년이 경과되면 자동으로 등록이 말소되는데, 자동말소된 이후에도 실제 임대를 계속하는 경우가 있습니다.하지만 자동말소 이후의 임대기간까지 합쳐실제 임대기간이 10년을 넘더라도, 조특법 97조의3에서는 ‘10년 임대’로 인정하지 않고 ‘8년 임대’로 보아 50%만 적용 가능합니다.사전법규재산2024-507 (2025.01.23)[제목] 임대등록 말소 후에도 계속 임대하여 임대기간이 10년 이상인 경우 조특법§97의3에 따른 70% 장기보유특별공제율 적용 여부[요약] 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대의무기간(8년) 종료로 임대등록이 자동말소되어 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택의 등록 요건을 충족할 수 없는 경우, 조특법§97의3①(법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 단서에 따른특례대상(70%)에 해당하지 않으므로 50% 장기보유특별공제만 적용 가능함조특법 97조의3에서 규정하는 70% 공제율을 적용받기 위한 ‘임대기간’이란 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우를 의미합니다. 따라서 ‘10년 임대’는 단순히 사실상 임대한 기간 10년을 의미하는 것은 아니라, 등록을 유지한 상태에서의 임대기간을 뜻한다는 점에 유의해야 합니다.<5> 의무임대기간 충족 이후 양도일까지 계속 임대를 유지해야 하는지?의무임대기간 동안 조특법 97조의3 요건을 모두 충족한 주택을 양도일까지 계속 임대해야 하는지? 임대를 해야한다면 임대료 증액상한 5%를 계속해서 준수해야 하는지? 의문이 있을 수 있습니다.관련 예규에서는 필요한 임대기간 동안 97조의3의 요건을 모두 충족했다면 그 이후 임대사업자등록이 말소되거나 더 이상 임대하지 않은 상태에서 양도하더라도,이미 성립한 조특법 97조의3 장기임대주택 특례가 사라지지 않는다는 취지로 답변하고 있습니다.서면법규재산2021-8062 (2022.03.16)[제목] 임대의무기간 경과 후에도 임대요건 등을 준수해야 조세특례제한법§97의3 특례 적용이 가능한지 여부[요약] 조세특례제한법§97의3(“쟁점특례”) ①에 따른 장기일반민간임대주택등(“쟁점주택”)을 조특령§97의3③ 각 호의 요건을 모두 충족하면서 의무임대기간동안 계속하여 임대한 후 양도하는 경우,양도일 현재까지 쟁점주택을 민간임대주택법§2(4) 또는 (5)에 따른 임대주택으로 등록하여 임대하고 있지 않은 경우에도 쟁점특례를 적용받을 수 있음<6> 단기임대주택 → 장기임대주택 전환한 경우 97조의3 적용단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 경우에도 97조의3을 적용받을 수 있습니다. 하지만, 전환 시기에 따라 인정되는 임대기간의 계산방법이 다르며, 20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 주택은 적용대상에서 제외되므로 정확한 검토가 필요합니다.① 19.2.11. 이전 단기→장기 전환*인정되는 임대기간 : min(단기임대주택으로 임대한 기간의 50%, 5년)19.2.12. 개정 전 조특법 시행령 97조의3에 따르면 종전 단기임대기간의 50%만 임대기간으로 인정하였으며, 인정되는 기간의 상한은 5년입니다.사전법규재산2021-1563 (2023.06.01)[제목] 민특법상 자동말소된 장기일반민간임대주택의 “임대기간 중 양도차익” 산정방법[요약] 민특법상 자동말소된 장기일반민간임대주택의 조세특례제한법§97의3에 따른 “임대기간 중 양도차익에서 임대기간은” 조특령§97의3④에 의하여 계산하는 것이며, ’19.2.12. 전에 단기매입→ 준공공으로 전환한 경우, ’19.2.12. 개정 전 조특령§97의3④에 따라 단기임대주택으로 임대한 기간의 50%에 해당하는 기간을 임대기간에 포함하여 계산② 19.2.12. 이후 단기→장기 전환*인정되는 임대기간- 의무임대기간 경과 전 전환 : 단기임대기간 100% 인정- 의무임대기간 경과 후 전환 : 의무임대기간19.2.12. 개정 이후 임대기간은 자체적으로 계산하지 않고, 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」상 임대기간 기산시점부터 임대를 개시한 것으로 보는 방식으로 변경되었습니다.[사례1]2017.1.1. 단기임대 개시2019.7.1. 장기임대로 전환→ 2019.2.12. 이후 전환하였으므로 임대개시일은 2017.1.1.부터 계산합니다.즉, 단기로 임대한 2년 6개월을 100% 모두 인정받을 수 있습니다.[사례2]2013.1.1. 단기임대 개시(구 「임대주택법」상 매입임대주택, 당시 임대의무기간 5년 가정)2020.1.1. 장기임대로 전환→ 2019.2.12. 이후 전환하였으므로 단기임대기간 100%를 인정받을 수 있지만, 의무임대기간보다 실제 임대기간이 더 긴 경우에는 실제 임대한 7년 전부를 인정하는 것이 아니라 변경신고 수리일부터 종전 임대주택의 법정 의무임대기간을 역산하여 기산일을 정합니다.즉, 장기임대로 전환한 20.1.1.로부터 소급하여 의무임대기간인 5년이 되는 날인 2015.1.1.에 임대를 개시한 것으로 봅니다.③ 20.7.11. 이후 단기→장기 전환*인정되는 임대기간 :조특법 97조의3 적용 제외20.7.10 대책 후속 조치로 등록임대주택 제도가 개편되었습니다.「조세특례제한법」 97조의3에서는 20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 주택은 조특법 제97조의3에 따른 장기보유특별공제 특례를 적용받을 수 없도록 개정되었습니다. 또한 「민간임대주택에 관한 특별법」이 개정되면서 단기임대주택 유형이 폐지되고, 장기임대로 전환하여 연장하는 것도 허용되지 않게 변겅되었습니다.따라서20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 변경신고한 주택은 97조의3을 적용받을 수 없으므로 유의해야합니다.오랜 기간 임대주택을 유지해 오신 주택임대사업자분들께서는 이번 세제개편안으로 인해 많이 당황스러우실 것이라 생각합니다. 주택임대사업자 양도소득세 제도가 크게 달라지는 만큼, 각자의 보유주택과 임대기간, 등록·말소 시점, 중과배제 및 장기보유특별공제 적용 여부 등을 정확하게 확인할 필요가 있습니다.특히 양도 시기에 따라 세액 차이가 크게 발생할 수 있으므로, 사전에 예상세액을 비교하고 불필요한 세금 부담이나 재산상 손실이 발생하지 않도록 적정한 매도계획을 세우시길 바랍니다.이번 글이 많은 분들의 양도 시기 판단과 절세 계획에 실질적인 도움이 되었으면 좋겠습니다. 감사합니다.모든상담은 유료로 진행되며, 상담을 원하시는 분께서는[0507-1444-1361]로 연락해 주시기 바랍니다.
