조특법 99조 3항 적용 아파트 확인 및 양도세

1. 개요1세대 1주택 양도소득세 비과세는 주택을 보유하고 있다면 반드시 받아야하는 세제 혜택입니다. 양도하는 주택의 양도가액이 12억원 이하라면 시세차익이 아무리 많이 나더라도 양도소득세는 발생하지 않으며, 12억원 초과라도 초과분에 대해서만 양도소득세를 부과하기 때문입니다.만약 세대가 2주택을 보유하더라도 1세대 1주택자 비과세를 적용해주는 특례가 마련되어 있습니다.'농어촌주택'이 대표적인 예입니다.1주택을 보유한 세대가 세법상 농어촌주택에 해당하는 지방의 주택을 취득하여 2주택자가 되더라도 보유하고 있던 주택을 양도 시 1세대 1주택 비과세를 적용 받을 수 있습니다.다만, 농어촌주택은 주택 수에서 빠진다는 사실을 듣고 요건을 따지지 않고 농어촌주택을 취득하는 사례들이 늘고 있습니다.실제로 최근 40대 남성 A씨는 보유하던 주택이 당연히 농어촌주택에 해당한다고 생각하여 보유하고 있던 아파트를 양도하여 비과세로 신고하였으나, 2억원의 양도소득세가 추징되었습니다.농어촌주택에 해당하기 위해서는여러 가지 요건들을 충족해야 하며, 내용에 따라 중과유예 기간 이후에는 중과세에도 포함되는 주택에 해당할 수 있으므로 각별히 유의해야 합니다.2. 1세대 1주택 비과세 판정 시 주택 수 제외조세특례제한법 제99조의4에 해당하는 농어촌주택은 농어촌주택 취득 전 보유하던다른 주택(=일반주택)을 양도하는 경우 주택 수에서 제외하여 비과세를 적용합니다.즉, 일반주택을 보유하던 세대가 농어촌주택을 취득하여 2주택자가 되더라도 일반주택을 양도하는 경우 비과세를 적용 받을 수 있게 됩니다.조세특례제한법 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 1세대 라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 농어촌주택등취득기간 이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 농어촌주택등 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 일반주택 이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.(2020.12.29 개정)해당 비과세를 적용받기 위해서 농어촌주택은다음의 요건들을 모두 충족해야 합니다.요건내용취득시기2003.08.01.~2022.12.31.기간 중 취득취득순서일반주택취득 후 농어촌주택 취득지역 요건읍·면 지역 또는 대통령령으로 정하는 동(수도권 등 지역 제외)면적 요건삭제(21.1.1 이후 양도분)가액 요건취득 당시 주택 및 부수토지의기준시가 합계 2억원 이하(한옥 4억원)보유 요건3년이상 보유(3년 보유 전 양도의 경우 특례 적용 가능)3. 요건<1> 취득시기2003.8.1. ~ 2022.12.31.까지의 기간 중에 농어촌주택을 취득해야 합니다.해당 기간 이전에 취득한 경우 특례를 적용 받을 수 없습니다.이때 취득이란 매매로 인한 취득뿐만 아니라증여, 상속, 직접 건설하여 취득한 것을 포함합니다.<2> 취득순서양도하는 일반주택 취득 후 농어촌 주택을 취득해야 합니다.만약 농어촌주택을 일반주택보다 먼저 취득한다면 이외의 요건들을 충족하더라도 특례를 적용 받지 못합니다.[세대기준 판단]일반주택 및 농어촌 주택의 취득시기 및 취득순서는세대를 기준으로 판단하므로 세대원간의 증여 및 상속 등의 경우에는 시기에 대해 유의해야 합니다.<3> 지역 요건(1) 취득 당시 지방자치법에 따른읍·면지역또는 대통령령으로 정하는동(별표12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동)이면서다음에 해당하지 않는 지역에 소재해야 합니다.1) 수도권지역. 다만, 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군은 제외2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 (토지거래)허가구역5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역따라서 취득 당시 조정대상지역에 소재했다면 이후양도일 현재 해제되더라도 적용이 불가능하며, 도시지역, 조정대상지역, 허가구역, 관광단지 여부 등은 토지이용계획확인원 및 각 법에 따라 지정여부를 확인해야 합니다.[도시지역]국토는 용도에 따라 도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보건지역으로 구분됩니다.이 중 도시지역은 주거지역, 상업지역, 공업지역, 녹지지역으로 이루어져 있으며 해당 농어촌주택의 소재지가 도시지역에 해당하는지 여부를 잘 검토해야 합니다.(2) 농어촌주택과 일반 주택은 같은 읍·면 또는 연접한 읍·면에 있지 않아야 합니다.조세특례제한법 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.(2014.12.23 개정)<4> 면적 요건2020.12.31. 이전 양도분까지는 대지면적이 660㎡ 이내여야 하는 면적 요건이 있었지만,21.1.1 이후 양도분부터는 면적요건이 삭제되었습니다.<5> 가액 요건농어촌주택의 취득 당시 주택 및 토지의기준시가 합계액이 2억원 이하여야 합니다.(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)취득 당시의 가액 요건에 해당해야 하며, 취득시점에 따른 가액 요건은 다음과 같습니다.취득시기가액 요건2003.8.1. ~ 2007.12.31기준시가 7천만원2008.1.1. ~ 2008.12.31기준시가 1.5억원2009.1.1. ~기준시가 2억원14.1.1 이후 취득한 한옥은 기준시가 4억원이때 기준시가의 계산은소득세법 제99조에 따른 기준시가이며,만약 취득일 이후 농어촌주택을 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우에는 증가한 면적의 가액을 포함하여 판단합니다.<6> 보유 요건농어촌주택 취득기간 중에 취득한 농어촌주택은3년 이상 보유해야 합니다.3년을 보유하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 특례 적용이 가능하며, 양도 이후 3년 보유 요건을 충족하지 않는 경우에는 다시 양도소득세가 추징됩니다.[ 거주 요건 ]보유에 대한 요건만 충족하면 되기 때문에 농어촌주택에 전입하여거주하지 않아도 해당 특례를 적용 받을 수 있습니다.4. 재건축 및 증축 또는부수토지의 추가 취득의 경우일반주택 및 농어촌주택의재건축 및 증축 또는 부수토지의 추가 취득의 경우적용의 기준은 다음과 같습니다.<1> 취득시기(1) 재건축농어촌주택취득기간 중 취득한 농어촌주택을 이후 멸실하고 재건축한 경우에도농어촌주택취득기간 내 취득한 것으로 보아 특례 적용이 가능합니다.(2) 증축 또는 부수토지의 추가 취득농어촌주택의 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우당초 농어촌주택의 취득일을 기준으로 농어촌주택취득기간 중 취득여부를 판단합니다.<2> 취득 순서일반주택이 멸실된 후 재건축된 경우해당 주택은 일반주택의 연장으로 보아 취득순서를 판단합니다.<3> 지역 요건농어촌주택의 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우 당초농어촌주택의 취득일을 기준으로 농어촌주택취득기간 중 취득여부를 판단합니다.<5> 가액 요건가액 요건 2억원 이하 여부는 취득일 이후 농어촌주택을증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우에는 증가한 면적의 가액을 포함하여 판단합니다.<6> 보유 요건농어촌주택 취득 후 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우 3년의 보유기간은멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 합하여 판단합니다.조세특례제한법시행령 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다.(2019.02.12 개정)3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.(2019.02.12 개정)다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택을 3년이상 보유하지 아니하게 되는 경우에는 3년 이상 보유하지 않더라도 추징되지 않습니다.함께 읽어보시면 좋은 관련 글https://blog.naver.com/highyes_tax/222376858753[재산전문세무사]가족간 매매로 세액 2억원 줄인 절세사례(조세특례제한법 99조의4, 농어촌주택 보유)안녕하세요. 부동산, 재산 전문 세무사입니다. 오늘은 많은 분들이 잘 모르고 계시지만 굉장히 파워풀한 혜...blog.naver.com

원글 출처 : https://blog.naver.com/highyes_tax/224390679558원글이 화질, 깨짐 측면에서 보시기가 훨씬 좋습니다.안녕하세요, 부동산 세금 전문 세로움입니다.8월 3일 발표된 2026년 세제개편안 중에서'주택임대사업자'분들이 적용받아 온 다음과 같은양도소득세 특례에 양도기한을 신설하거나 혜택을 단계적으로 축소하는 내용이 포함되었습니다.[변경되는 주택임대사업자 혜택]1. 다주택자 양도소득세 중과배제2. 조특법 97조의3 장기임대주택 장기보유특별공제 우대 적용3. 조특법 97조 장기임대주택 양도소득세 100% 감면4. 조특법 97조의2 신축임대주택 양도소득세 100% 감면*현재 개정안 및 입법예고 단계이므로 최종 확정 법령은 별도로 확인할 필요가 있습니다.Previous imag현행 규정상 일정 요건을 갖춘 자동말소된 주택임대사업자가 적용받는 다주택자 양도소득세 중과배제, 장기보유특별공제 우대율 적용 혜택과, 일정 요건을 충족한 장기임대주택·신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 혜택은양도 시기와 관계없이 언제든지 적용가능합니다.이러한 특례 주택들은 시세가 많이 오르더라도 세금에 대한 부담이 매우 적기 때문에, 보물처럼 수십 년 이상 계속 보유하는 분들이 많습니다.하지만, 이번 세제개편안이 시행되면 주택임대사업자 양도세가 크게 변화됩니다.일부 임대주택은 빠르면 27년까지 양도해야 기존 세제혜택을 온전히 적용 받을 수 있기 때문에 해당 주택을 보유하고 계신 분들은 개정 내용을 정확하게 확인하고, 적절한 양도 시기를 미리 계획할 필요가 있습니다.오늘은 주택임대사업자 양도소득세 혜택 중 다주택자 양도소득세 중과배제와 조특법 제97조의3 장기보유특별공제 특례 적용에 대한 양도기한 신설 및 달라지는 세부적인 개정 내용을 살펴보겠습니다.1. 다주택자 양도소득세 중과배제(소득세법 시행령 제167조의3 및 제167조의10)<1> 단계적 폐지 대상 임대주택아래 요건을 충족한 주택임대사업자의 매입임대주택을 양도하는 경우, 자동말소 이후에도양도 시기에 관계없이 다주택자 양도소득세 중과세 적용에서 배제됩니다.[다주택자 양도소득세 중과배제 임대주택 요건]1. 지자체 임대사업자 및 세무서 사업자등록2. 임대개시일 현재 기준시가 6억원(비수도권 3억원) 이하3. 임대주택 등록시점에 따른 의무임대기간 충족4. 2019.2.12. 이후 임대료 5% 증액제한 준수요건을 충족한 매입임대주택은 다주택자 양도소득세 중과배제 혜택을 적용받을 수 있습니다. 하지만 이번 세제개편안은 혜택 적용대상 중2가지 유형의 임대주택에 대해서는 단계적 폐지, 즉 양도기한을 신설합니다.[단계적 폐지 대상 임대주택(자동말소주택)]1. 4년 단기매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역2. 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역따라서 다음 임대주택 유형은 이번 개정안의 직접적인 단계적 폐지 대상에는 포함되지 않기 때문에 한동안은 계속 보유하셔도 괜찮을 것으로 보입니다.[중과배제 혜택이 유지되는 임대주택 유형]1.비조정대상지역 아파트2. 아파트가 아닌 주택(단독주택, 다세대, 다가구, 도시형생활주택, 오피스텔 등)<2> 중과배제 혜택 단계적 폐지현재는 임대사업자 양도세 중과배제 혜택 적용에 대해 별도의 양도기한 제한이 없지만, 개정안에 따르면 다음과 같이 양도기한 제한이 신설됩니다.(1) 26.12.31.까지 자동말소된 조정지역 아파트① 27년 양도 : 중과배제 적용② 28년 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 29년 이후 양도 : 중과적용(2) 27.1.1. 이후 자동말소되는 조정대상지역 아파트임대주택 중 27.1.1. 이후에 의무임대기간이 종료되는 물건도 있기 때문에 개정안은 별도의 경과규정을 두고 있습니다.① 의무임대기간 종료일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 종료일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 종료일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용(3) 27.1.1. 이후 조정대상지역으로 신규 지정된 아파트27.1.1. 이후 조정대상지역으로 신규 지정된 경우도 동일한 경과규정이 적용됩니다.① 조정대상지역 신규 지정일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 지정일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 지정일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용(4) 재건축·재개발 진행 중인 아파트① 이전고시일로부터 1년 이내 양도 : 중과배제 적용② 이전고시일로부터 1~2년 이내 양도 : 중과세율의 1/2 적용③ 이전고시일로부터 2년 이후 양도 : 중과적용[세액비교]· 양도가 : 10억원· 취득가 : 5억원· 주택임대사업자로서 다주택자 중과배제 요건 충족· 매도자는 조정대상지역 다주택자다주택자 양도세 중과배제 요건을 충족한 임대물건이 양도가 10억원, 취득가 5억원으로 가정했을때 양도시기에 따라 달라지는 예상 양도소득세입니다.2027년까지 양도하는 경우와 2029년 이후 양도하는 경우를 비교하면, 2주택자는 최대 약 1.5억원, 3주택자는 최대 약 2억원의 양도소득세 차이가 발생할 수 있습니다.경우에 따라 세부담이 2배 이상 증가할 수 있는 만큼, 단순히 양도시기만 늦추기보다는 보유주택 수, 취득가액, 예상 양도차익, 장기보유특별공제 적용 여부 등을 함께 고려하여 세액 차이를 사전에 검토할 필요가 있습니다.특히 2027년까지 중과배제 혜택을 적용받을 수 있는 주택이라면,2029년 이후 중과세율이 다시 적용되기 전에 양도하는 방안을 우선적으로 검토해보는 것이 유리할 수 있습니다.2. 장기임대주택 장기보유특별공제 우대 적용(조세특례제한법 제97조의3)<1> 단계적 폐지 대상 임대주택현재 조세특례제한법 제97조의3 규정에 따라 아래의 요건을 충족한 장기임대주택을 양도하는 경우, 자동말소 이후에도양도시기에 관계 없이 임대기간 중 발생한 양도차익에 대해서 높은 공제율의 장기보유특별공제를 적용받을 수 있습니다.(1) 8년 이상 임대 : '50%' 장기보유특별공제 적용(2) 10년 이상 임대 : '70%' 장기보유특별공제 적용[장기보유특별공제 우대 적용 임대주택 요건]1. 지자체 임대사업자 및 세무서 사업자등록(20.12.31.까지 등록)2. 임대개시일 현재 기준시가 6억원(비수도권 3억원) 이하(18.9.14. 이후 취득분부터 적용)3. 국민주택규모 이하일 것(다가구주택은 가구당 전용면적으로 판단)4. 장기임대주택으로 등록하여 8년(10년)이상 계속하여 임대5. 임대료 5% 증액제한 준수요건을 충족한 장기임대주택은 자동말소 이후에도 언제든지임대기간 중 발생한 양도차익에 대해 '50%' 또는 '70%'의 높은 장기보유특별공제를 받을 수 있습니다. 다만, 이번 세제개편안은 앞서 살펴본 중과배제와 마찬가지로 조정대상지역 아파트에 대해서는단계적 폐지, 즉 양도기한을 신설합니다.[단계적 폐지 대상 임대주택(자동말소주택)]1. 4년 단기매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역2. 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트 + 조정대상지역따라서 앞서 설명드린 양도소득세 중과세 적용 배제 혜택과 마찬가지로, 다음의 임대주택은 개정안에도 불구하고 계속해서 우대 적용을 받을 수 있습니다.[장기보유특별공제 우대 적용 혜택이 유지되는 임대주택 유형]1.비조정대상지역 아파트2. 아파트가 아닌 주택(단독주택, 다세대, 다가구, 도시형생활주택, 오피스텔 등)<2> 장기보유특별공제 우대 혜택 단계적 폐지현재는 양도기한에 대한 제한이 없지만, 개정안에 따르면 다음과 같이 양도기한 제한이 신설됩니다. 경과규정은 양도소득세 중과배제와 동일합니다.(1) 26.12.31.까지 자동말소된 조정지역 아파트① 27년 양도 : 장특 50% 우대적용② 28년 양도 : 장특 30% 적용③ 29년 이후 양도 : 우대적용X(2) 27.1.1. 이후 자동말소(조정대상지역 신규 지정 / 재건축·재개발 진행 중)되는 조정대상지역 아파트① 의무임대기간 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 1년 이내 양도 : 50% 우대적용② 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 1~2년 이내 양도 : 30% 적용③ 종료일(신규 지정일 / 이전고시일)로부터 2년 이후 양도 : 우대적용X<3> 장기보유특별공제 우대 적용 계산특례가 아닌 일반적인 장기보유특별공제는 보유기간 1년에 2%씩 공제하여, 최대 15년 보유 시 30%를 한도로 공제율이 적용됩니다.반면 조특법 97조의3에 따른 특례적용은 보유연수X공제율 방식이 아니라, 임대기간 중 발생한 양도차익에 대해 50%(8년 이상 임대) 또는 70%(10년 이상 임대)를 적용합니다. 공제율이 일반 공제보다 최대 2배 이상 늘어나는 것이기 때문에, 단순 계산으로도 양도세는 절반 이하로 줄어들 수 있습니다.다만, 특례가 적용되는 양도차익은 전체 양도차익이 아닌임대기간에 발생한 양도차익으로 한정됩니다.20년을 보유하면서 주택임대사업자로 등록한 뒤 의무임대기간 8년을 충족하고 양도하는 경우, 20년 전체 보유기간 동안 발생한 양도차익이 아니라임대기간 8년 동안 발생한 양도차익에 대해서만 특례를 적용하는 것으로 계산방식은 다음과 같습니다.<4> 8년 자동말소 후 계속해서 10년 이상 임대한 경우아파트를 장기임대주택으로 등록한 경우 의무임대기간인 8년이 경과되면 자동으로 등록이 말소되는데, 자동말소된 이후에도 실제 임대를 계속하는 경우가 있습니다.하지만 자동말소 이후의 임대기간까지 합쳐실제 임대기간이 10년을 넘더라도, 조특법 97조의3에서는 ‘10년 임대’로 인정하지 않고 ‘8년 임대’로 보아 50%만 적용 가능합니다.사전법규재산2024-507 (2025.01.23)[제목] 임대등록 말소 후에도 계속 임대하여 임대기간이 10년 이상인 경우 조특법§97의3에 따른 70% 장기보유특별공제율 적용 여부[요약] 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대의무기간(8년) 종료로 임대등록이 자동말소되어 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택의 등록 요건을 충족할 수 없는 경우, 조특법§97의3①(법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 단서에 따른특례대상(70%)에 해당하지 않으므로 50% 장기보유특별공제만 적용 가능함조특법 97조의3에서 규정하는 70% 공제율을 적용받기 위한 ‘임대기간’이란 장기일반민간임대주택으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우를 의미합니다. 따라서 ‘10년 임대’는 단순히 사실상 임대한 기간 10년을 의미하는 것은 아니라, 등록을 유지한 상태에서의 임대기간을 뜻한다는 점에 유의해야 합니다.<5> 의무임대기간 충족 이후 양도일까지 계속 임대를 유지해야 하는지?의무임대기간 동안 조특법 97조의3 요건을 모두 충족한 주택을 양도일까지 계속 임대해야 하는지? 임대를 해야한다면 임대료 증액상한 5%를 계속해서 준수해야 하는지? 의문이 있을 수 있습니다.관련 예규에서는 필요한 임대기간 동안 97조의3의 요건을 모두 충족했다면 그 이후 임대사업자등록이 말소되거나 더 이상 임대하지 않은 상태에서 양도하더라도,이미 성립한 조특법 97조의3 장기임대주택 특례가 사라지지 않는다는 취지로 답변하고 있습니다.서면법규재산2021-8062 (2022.03.16)[제목] 임대의무기간 경과 후에도 임대요건 등을 준수해야 조세특례제한법§97의3 특례 적용이 가능한지 여부[요약] 조세특례제한법§97의3(“쟁점특례”) ①에 따른 장기일반민간임대주택등(“쟁점주택”)을 조특령§97의3③ 각 호의 요건을 모두 충족하면서 의무임대기간동안 계속하여 임대한 후 양도하는 경우,양도일 현재까지 쟁점주택을 민간임대주택법§2(4) 또는 (5)에 따른 임대주택으로 등록하여 임대하고 있지 않은 경우에도 쟁점특례를 적용받을 수 있음<6> 단기임대주택 → 장기임대주택 전환한 경우 97조의3 적용단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 경우에도 97조의3을 적용받을 수 있습니다. 하지만, 전환 시기에 따라 인정되는 임대기간의 계산방법이 다르며, 20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 주택은 적용대상에서 제외되므로 정확한 검토가 필요합니다.① 19.2.11. 이전 단기→장기 전환*인정되는 임대기간 : min(단기임대주택으로 임대한 기간의 50%, 5년)19.2.12. 개정 전 조특법 시행령 97조의3에 따르면 종전 단기임대기간의 50%만 임대기간으로 인정하였으며, 인정되는 기간의 상한은 5년입니다.사전법규재산2021-1563 (2023.06.01)[제목] 민특법상 자동말소된 장기일반민간임대주택의 “임대기간 중 양도차익” 산정방법[요약] 민특법상 자동말소된 장기일반민간임대주택의 조세특례제한법§97의3에 따른 “임대기간 중 양도차익에서 임대기간은” 조특령§97의3④에 의하여 계산하는 것이며, ’19.2.12. 전에 단기매입→ 준공공으로 전환한 경우, ’19.2.12. 개정 전 조특령§97의3④에 따라 단기임대주택으로 임대한 기간의 50%에 해당하는 기간을 임대기간에 포함하여 계산② 19.2.12. 이후 단기→장기 전환*인정되는 임대기간- 의무임대기간 경과 전 전환 : 단기임대기간 100% 인정- 의무임대기간 경과 후 전환 : 의무임대기간19.2.12. 개정 이후 임대기간은 자체적으로 계산하지 않고, 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」상 임대기간 기산시점부터 임대를 개시한 것으로 보는 방식으로 변경되었습니다.[사례1]2017.1.1. 단기임대 개시2019.7.1. 장기임대로 전환→ 2019.2.12. 이후 전환하였으므로 임대개시일은 2017.1.1.부터 계산합니다.즉, 단기로 임대한 2년 6개월을 100% 모두 인정받을 수 있습니다.[사례2]2013.1.1. 단기임대 개시(구 「임대주택법」상 매입임대주택, 당시 임대의무기간 5년 가정)2020.1.1. 장기임대로 전환→ 2019.2.12. 이후 전환하였으므로 단기임대기간 100%를 인정받을 수 있지만, 의무임대기간보다 실제 임대기간이 더 긴 경우에는 실제 임대한 7년 전부를 인정하는 것이 아니라 변경신고 수리일부터 종전 임대주택의 법정 의무임대기간을 역산하여 기산일을 정합니다.즉, 장기임대로 전환한 20.1.1.로부터 소급하여 의무임대기간인 5년이 되는 날인 2015.1.1.에 임대를 개시한 것으로 봅니다.③ 20.7.11. 이후 단기→장기 전환*인정되는 임대기간 :조특법 97조의3 적용 제외20.7.10 대책 후속 조치로 등록임대주택 제도가 개편되었습니다.「조세특례제한법」 97조의3에서는 20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환한 주택은 조특법 제97조의3에 따른 장기보유특별공제 특례를 적용받을 수 없도록 개정되었습니다. 또한 「민간임대주택에 관한 특별법」이 개정되면서 단기임대주택 유형이 폐지되고, 장기임대로 전환하여 연장하는 것도 허용되지 않게 변겅되었습니다.따라서20.7.11. 이후 단기임대주택을 장기임대주택으로 변경신고한 주택은 97조의3을 적용받을 수 없으므로 유의해야합니다.오랜 기간 임대주택을 유지해 오신 주택임대사업자분들께서는 이번 세제개편안으로 인해 많이 당황스러우실 것이라 생각합니다. 주택임대사업자 양도소득세 제도가 크게 달라지는 만큼, 각자의 보유주택과 임대기간, 등록·말소 시점, 중과배제 및 장기보유특별공제 적용 여부 등을 정확하게 확인할 필요가 있습니다.특히 양도 시기에 따라 세액 차이가 크게 발생할 수 있으므로, 사전에 예상세액을 비교하고 불필요한 세금 부담이나 재산상 손실이 발생하지 않도록 적정한 매도계획을 세우시길 바랍니다.이번 글이 많은 분들의 양도 시기 판단과 절세 계획에 실질적인 도움이 되었으면 좋겠습니다. 감사합니다.모든상담은 유료로 진행되며, 상담을 원하시는 분께서는[0507-1444-1361]로 연락해 주시기 바랍니다.

안녕하세요 머털도사 절세도사 김주성세무사입니다 ^^오늘은 강서구 마곡 엠밸리 아파트 양도하시는 분들이 궁금해 하시는 신축주택 ,미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례(조특법99조의2)에 대해서 설명드리겠습니다신축주택,미분양주택 감면 요건은 ?1.대상주택-거주자 또는 비거주자가 신축주택 , 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하 이거나 주택의 연면적(공동주택은 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 취득한경우.-과세특례기간·2013.04.01~2013.12.31 까지 사업주체등과 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013.12.31까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우포함)한 주택·감면대상주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서자에게 제출한경우.과세특례 적용대상 주택은?1.사업주체등으로부터 취득한 경우①법 제99조의 2 제1항 전단에서 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 신축주택등 이라 한다)을 말한다. (2013.5.10. 신설)1.「주택법」제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 사업주체 라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2013년 4월 1일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택 (2016.8.11. 개정)2.「주택법」제15조에 따른 사업계획승인(「건축법」제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과「주택법」제54조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 2013년 4월 1일 이후 도래하는 주택으로 한정한다) (2016.8.11. 개정)3. 주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다) (2014.2.21. 개정)4.「주택도시기금법」에 따른 주택도시보증공사(이하 이 조에서 “주택도시보증공사”라 한다)가같은 법 시행령 제22조 제1항 제1호 가목에따라 매입한 주택으로서 주택도시보증공사가 공급하는 주택 (2015.6.30. 개정)5. 주택의 시공자가 해당 주택의 공사대금으로 받은 주택으로서 해당 시공자가 공급하는 주택6.「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 제1호의 5, 제1호의 8 및 제1호의10에 따른 기업구조조정부동산투자회사등이 취득한 주택으로서 해당 기업구조조정부동산투자회사등이 공급하는 주택7.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 제1호의 7, 제1호의 9 및 제1호의11에 따라 취득한 주택으로서 해당 신탁업자가 공급하는 주택8. 자기가 건설한 주택으로서 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 과세특례 취득기간 이라 한다) 중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택. 다만, 다음 각 목의 주택은 제외한다.가.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업, 재건축사업 또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획을 말한다)에 따라 취득하는 주택 (2018.2.9. 개정)나. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택9.「주택법 시행령」제4조 제4호에 따른 오피스텔(이하 이 조에서 오피스텔 이라 한다) 중「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받아「건축물의 분양에 관한 법률」제6조에 따라 분양사업자가 공급(분양 광고에 따른 입주예정일이 지나고 2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 수의계약으로 공급하는 경우를 포함한다)하거나「건축법」제22조에따른 건축물의 사용승인을 받아 공급하는 오피스텔(제4호부터 제8호까지의 방법으로 공급 등을 하는 오피스텔을 포함한다) (2016.8.11. 개정)2. 위 1번을 적용할때 다음각호의 신축주택은 제외합니다.1. 제6항 제1호에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 사업주체등 이라 한다)와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 신축주택등. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.2. 2013년 3월 31일 이전에 사업주체등과 체결한 매매계약이 과세특례 취득기간 중에 해제된 신축주택등3. 제2호에 따른 매매계약을 해제한 매매계약자가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 신축주택등 및 해당 매매계약자의 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 원래 매매계약을 체결하였던 사업주체등과 계약을 체결하여 취득한 신축주택등4. 제1항 제9호에 따른 오피스텔을 취득한 자가 다음 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔가. 취득일부터 60일이 지난 날부터 양도일까지 해당 오피스텔의 주소지에 취득자 또는 임차인의「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 경우. 이 경우 기존 임차인의 퇴거일부터 취득자 또는 다음 임차인의 주민등록을 이전하는 날까지의 기간으로서 6개월 이내의 기간은 기존 임차인의 주민등록이 되어 있는 것으로 본다. (2014.2.21. 개정)나.「공공주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자 또는「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자(취득 후「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른임대사업자로 등록한 경우를 포함한다)가 취득한 경우로서 취득일부터 60일 이내에 임대용 주택으로 등록한 경우 (2015.12.28. 개정)3.감면대상기존주택 양도자로부터 취득한 경우③법 제99조의 2 제1항 전단에서 1세대 1주택자의 주택 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 포함하며, 이하 이 조에서 감면대상기존주택 이라 한다)을 말한다. 이 경우 다음 각 호에 해당하는지를 판정할 때 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보되, 1세대의 구성원이 1주택을 공동으로 소유하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2013.5.10. 신설)1. 2013년 4월 1일 현재「주민등록법」상 1세대(부부가 각각 세대를 구성하고 있는 경우에는 이를 1세대로 보며, 이하 이 항에서 1세대 라 한다)가 매매계약일 현재 국내에 1주택(주택은「주택법」에 따른 주택을 말하며,「주택법」에 따른 주택을 소유하지 아니하고 2013년 4월 1일 현재「주민등록법」에 따른 주민등록이 되어 있는 오피스텔을 소유하고 있는 경우에는 그 1오피스텔을 1주택으로 본다. 이하 이 항에서 1주택 이라 한다)을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 주택2. 국내에 1주택을 보유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 종전의 주택 이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우(제1호에 따라 1주택으로 보는 오피스텔을 소유하고 있는 자가 다른 주택을 취득하는 경우를 포함한다)로서, 종전의 주택의 취득 등기일부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날(등기일을 말한다)부터 3년 이내에 매매계약을 체결하고 양도하는 종전의 주택. 다만, 취득 등기일부터 매매계약일까지의 기간이 2년 이상인 종전의 주택으로 한정한다. (2014.2.21. 개정)④ 제3항 각 호 외의 부분에서 지역별로 정하는 배율 이란 다음의 각 호의 구분에 따른 배율을 말한다. (2013.5.10. 신설)1. 도시지역 안의 토지: 5배2. 도시지역 밖의 토지: 10배⑤ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 감면대상기존주택은 제외한다. (2013.5.10. 신설)1. 감면대상기존주택 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액이 6억원을 초과하고 연면적(공동주택 및 오피스텔의 경우에는 전용면적을 말한다)이 85제곱미터를 초과하는 감면대상기존주택. 이 경우 양수자가 부담하는 취득세 및 그밖의 부대비용은 포함하지 아니한다.2. 2013년 3월 31일 이전에 체결한 매매계약을 과세특례 취득기간 중에 해제한 매매계약자 또는 그 배우자[매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 포함한다]가 과세특례 취득기간 중에 계약을 체결하여 취득한 원래 매매계약을 체결하였던 감면대상기존주택3. 감면대상기존주택 중 오피스텔을 취득하는 자가 취득 후 제2항 제4호 각 목의 모두에 해당하지 아니하게 된 경우의 해당 오피스텔4.감면대상주택 확인및 날인-사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 합니다.-감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 합니다.과세특례 내용은?1.감면-case1. 취득일로부터 5년이내 양도시양도세 100%감면합니다-case2. 취득일로부터 5년이 지난후에 양도시취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 공제합니다. 5년간 발생한 양도소득금액은 아래와 같이 계산합니다.$양도소득금액 times frac{취득일로부터 5년이 되는날-취득당시 기준시가}{양도당시기준시가-취득당시 기준시가}$양도소득금액×취득일로부터5년이되는날−취득당시기준시가양도당시기준시가−취득당시기준시가-감면세액의 20% 농어촌특별세 과세 됩니다.2.양도세 1세대1주택 비과세 적용시, 신축주택은 거주자의 소유주택으로 보지 않습니다.주요 예규는?1.일반주택과 조특법99조2에 따른 특례주택을 보유하다 일반주택을 먼저 비과세 양도한 후 남은한후 남은 조특법99조의2 특례주택을 양도시 비과세 보유기간은특례주택 취득일부터 기산합니다[기획재정부재산-236(2023.0210)]2.조특법99조의2의 감면대상 기존주택이 재건축에 의해 조합원입주권으로 전환되어 양도시 관리처분계획인가전 양도차익 범위 내에서 감면함[기획재정부재산세과-483 (2019.07.08)]3.조특법 99조의2의 감면주택을 취득후 도정법에 따른 재개발,재건축 등으로 신축주택으로 전환되는 경우감면대상 기존주택의 양도소득 범위내에서 과세특례가 적용되며,감면대상기존주택의 평가액 범위내에서 2채의 신축주택을 공급받는경우 2주택 모두 과세특례가 적용가능합니다[기획재정부재산세과-135 (2014.02.21)]4.조특법 99조의 2에 따른 주택을 분양받은 거주자가분양권상태에서 해당 신축주택의 지분2분의1을 배우자에게 증여하여 신축주택을 공동으로 취득하는경우 배우자에게 증여한 지분2분의1은 과세특례 대상에 해당하지 않습니다.[서면-2016-법령해석재산-5311(2017.05.01)]5.조특법 99조의 2에 따른 주택을 재산분할로 취득한 경우에는 양도세 감면을 받을수 있습니다[사전-2017-법령해석재산-0756(2018.01.23)]6.계약금중 2014년 이후에일부를 분납하는경우에는 감면을 받을수 없습니다. 중도금 납부액을 계약금으로 대체할수 없고, 유예된 계약금을 건설회사가분양계좌에 대납하고 관련금액을 소비대차로 전환된 내역이 확인되는 경우감면이 가능합니다.[서면법규-1377(2013.12.18)]7.조특법 99조의 2에 따른 주택 규정을 적용할때 매매계약시 약정된 추가 할인금액을 취득가액에서 차감하지 아니하고 실지거래가액 6억 초과 여부를 판단합니다.[부동산납세-66(2014.02.04)]8. 2023년 03월31일 이전에사업주체등과 체결한 매매계야기 2013년 3월 31일 이전에 해제된 주택은 조특법 99조의 2에 따른 미분양주택에 해당합니다.[서면 법규과 -720(2013.06.24)]9. 거주자가 2013.04.01~2013.12.31 중에 갑과매매계약을 체결하였다가 해제하고 다시 을과 매매계약을 체결하는 경우 조특법 99조의2 적용이 가능합니다 [서면 법규과-1062 (2013.09.29)]10.당초 매매계약을 헤제하고 다시 종전의 매수자와 매매계약을 체결하는경우,해당 감면대상 기존주택은 조특법 99조의2에 따른과세특례를 적용받을수 없습니다. [서면법규과-39(2014.01.17)]11.임대주택법에 따라 분양전환된 건설임대주택과 분양전환후 잔여주택은 조특법 99조의2에 따른 과세특례에 해당하지 않습니다. [서면법규과-1024(2013.09.17)]12. 대물반환 예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기 경료후 가등기담보권 실행으로 취득한 주택의 조특법99조의 2를 적용하지 않습니다.[기획재정부 재산세과-778(2013.11.19)]13.보금자리주택이나 국민임대건설법에 따른 분양주택은조특법 99조의 2 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당합니다. [서면법규과-1164(2013.10.24)]14.사업주체의 미분양주택을공매로 취득한 경우에는 조특법 99조의2에 따른 감면대상 미분양주택으로 보지 않습니다. [부동산 -납세 -69(2014.02.04)]15.도정법에 따라 주거환경개산사업을 시행하는 사업시행자가 사업지구 내 건물등을수용하고 도정법의 절차에 따라 그 건물등 소유자에게 공급하는 주택은 조특법 99조의 2의 혜택을 받을수 없습니다.[서면법규과 -147(2014.02.18)]16.재개발아파트의보류지 해당 아파트 주택법 38조에 따른 입주자 모집공고 등의 절차에 의하지 않고 분양시 조특법 99조의 2 적용하지 못합니다. [서면법규과 -153(2014.02.18)]17.미등기 또는 무허가주택은조특법 99조의 2에 따른 감면주택에 해당하지 않습니다.[ 서면법규과-1247(2013.11.12)18.단지 필지 내의 건물2동중 1동은 겸용주택이고 다른 1동은 근린생활시설인 토지와 건물을 양도하는 경우주택에 해당 하는 부분만 조특법 99조의2를 적용 받을수 있습니다.[서면법규과 -1297(2013.11.29)]19.조특법 99조의2 적용대상 주택을 상속받은 경우상속인은 양도해도 감면을 받을수 없습니다.[사전 -2015-법령해석재산 -0240(2015.07.28)20.조특법 99조의2 감면대상 기존주택의 5년이 되는날 현재 재건축사업이 진행중이어서 기준시가가 없는경우에는,멸실전 최종고시된 주택의 기준시가로 감면소득금액을 계산합니다. [기획재정부 재산세제과-1550(2022.12.22)]21.조특법 99조의2 제 1항의 특례대상 주택에분양권을 상속하여 취득한 주택도 감면이 가능합니다 [기획재정부 조세법령운용과-1105(2021.12.23)22.신축주택 등의 매매계약서 날인을사후적으로 받는 경우에는 감면이 안됩니다[서면 -2022-부동산-3387(2022.08.10)23.조특법 99조의2에 따른 감면대상 기존주택이 재건축되어신축주택의 부수토지 면적이 증가한 경우에도 감면이 가능합니다 [서면 -2022-법규재산 -3103(2023.08.09)24.감면대상 기존주택이 도정법에 따라 신축된이후 양도시,관리처분계획인가전 ·후의 감면대상기존주택에 양도소득 범위내에서 감면특례를 적용합니다. [서전법규재산 2021-795(2022.08.01)이상입니다!취득세 양도세 상속세 증여세 관련 문의사항이나 신고업무 의뢰에 관련해서 궁금하신것은 아래의 네이버 엑스퍼트를 이용해서상담 주시면 친절,신속,정확하게 상담해 드리겠습니다.https://naver.me/xqf2QCoi양도세 상속세 증여세 상담 : 네이버 엑스퍼트엑스퍼트: 양도세, 상속세,증여세, 취득세 ,종합부동산세, 재산세, 법인세, 종합소득세,부가가치세등에 대해서 문의해주시면 신속,정확하게 친절히 설명해드리겠습니다.naver.mehttps://open.kakao.com/o/gL55goKd자연세무회계 컨설팅 양도/상속/ 증여 상담방자연세무회계컨설팅 김주성세무사 양도/상속/증여 상담방open.kakao.com

안녕하세요. 부동산, 재산 전문 세무사입니다.​오늘은 많은 분들이 잘 모르고 계시지만 굉장히 파워풀한 혜택인 조특법 99조의2 규정에 대해서 알아보겠습니다.​이 혜택을 알고 받시는 경우와 모르고 안받으신 경우 세금이 많게는 수억원이 차이가 날 수 있으니 꼭 숙지하시기 바랍니다.​​■ 개요조특법 99조2에서는 일정 기간 동안 신축주택 등을 취득하는 경우 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득세 대해서 100% 세액을 감면해주는 규정을 두고 있습니다.​해당 규정이 중요한 이유는 5년간 양도소득세를 감면해주는 것 이외에 1세대 1주택 비과세 적용시와, 다주택자 중과세 적용시 주택수에서 제외해주는 점이 정말 큰 혜택입니다.​​■ 요건다음의 요건을 모두 충족해야 합니다.​(1) 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받은 주택이어야 합니다.​날인 받지 못한 경우에는 조특법 99조의2 4항에 따라 해당 혜택을 받지 못합니다.​(2) 신축주택 등실지거래가액(취득가액)이 6억원 이하이거나 연면적(전용면적)이 85㎡ 이하인 신축주택, 미분양주택, 1세대 1주택자의 주택​기획재정부재산-303(2014.04.07.)「조세특례제한법」 제99조의2 규정을 적용함에 있어서 귀 질의와 같이 사업주체로부터 신축주택 등을 취득하면서 매매계약서상 조건에 따라계약금과 잔금을 함께 납부함으로써분양대금에서할인받는 금액이 있는 경우 동 할인금액은 취득가액에서 차감하는 것임​서면법규-692(2013.06.17)2013.4.1. 부동산대책으로 시행된 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 거래가액 6억원 초과 여부는분양가격에 포함된 부가가치세를 포함하여 판단하며, 추후 양도 시 해당 부가가치세 부담액은 취득가액에 포함함​(3) 신축주택 등의 취득기간2013.4.1 ~ 2013.12.31해당 사업주체 등과 최초로 매매계약을 체결하여야 합니다.​​​■ 적용 혜택​(1) 해당 주택을 양도시 취득일부터5년간의 양도차익을 100% 감면(농특세 20% 납부)(2) 해당 주택을 양도시중과배제(3) 해당 주택 외의 주택을 양도시1세대 1주택 비과세 적용시 주택 수에서 제외(4) 해당 주택 외의 주택을 양도시 해당 주택만 있는 경우다주택자 중과배제​​■ 해당 주택이도정법에 따른 재개발, 재건축 등이 된 경우에도 감면규정은 그대로 적용 되지만,노후 등으로 인해 멸실 후 재건축한 경우에는 제외됩니다.​기획재정부재산-135(2014.02.21.)조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택을 취득 후 도정법에 따른 재개발·재건축 등으로 신축주택으로 전환되는 경우 감면대상기존주택의 양도소득 범위내에서 과세특례가 적용되며, 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받는 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것임​부동산납세-61(2013.09.26)과세특례 취득기간 중에 감면대상 기존주택을 취득한 후 소실·붕괴·노후 등으로 인해 동 주택을 멸실하고 신축하여 양도한 경우 재건축한 신축주택은 조특법 제99조의2에 따른 감면주택에 해당하지 않음​​​■ 마치며주택과 관련하여 조특법에서 규정하고 특례는 다양하게 있습니다.다만, 이에 해당하는지 모르시는 분들과 해당하더라도 어떤 혜택이 적용되는지 명확하게 모르시는 경우가 너무 많습니다.​해당 규정을 잘 이용한다고 하면 정말 많은 세금을 줄일 수 있습니다.다만, 세액차이가 많이 나는 만큼 검토해야 할 사항도 많으며 전문가를 통하여 신중하게 검토하여 진행하시는 것을 추천드립니다.​

안녕하세요. 조세특례제한법 99조의 3에 따른 신축주택 취득자의 양도소득세 과세특례 규정을 적용받았던 사례를 설명해드리겠습니다.​조세특례제한법 제99조의3 [신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례]정부가 2001년 5월 23일 ~ 2003년 6월 30일까지 서울시, 과천시, 분당, 일산, 평촌, 산본, 중동 등 신도시지역에 신축주택을 취득한 경우 취득후 5년간 양도소득세 100% 감면, 이후 양도시에도 5년간의 양도소득세는 안분해서 감면해준다고 했던 세제혜택입니다.다만, 이 경우 해당 주택의 조합원 자격이었거나 주택건설사업자와 직접적인 계약을 한 경우에만 인정되는 등 몇가지 요건을 충족해야만 가능합니다.​<사례>납세자 김택스씨는 2001년 10월 경기도 지역에 신축주택 아파트를 건설사와 분양계약을 맺고 취득하였습니다.이후 준공된 아파트에서 계속 거주하다가 분당아파트는 전세를 내어준후, 2015년 서울지역에 아파트를 추가로 매수한 후 이 곳에서 계속 거주하고 있었습니다.그러던 중 분당지역 아파트를 처분하기위하여 타세무대리인에게 의뢰하였으나 양도소득세가 3.5억가량 예상된다는 답변을 듣고, 해당 주택이 신축주택 취득자의 감면이 해당되는지 다시 한번 검토를 의뢰하였습니다.만약 해당이 되지 않는다면 2주택 중과대상으로 판단되어 3.5억의 양도소득세를 납부해야하는 상황이었습니다.​<결론>​1. 해당 주택이 조특법 99조의 3에 해당하는 신축주택 취득자 양도소득세 과세특례 대상의 주택인지?- 해당 주택은 주택건설업자로부터 직접 계약을 맺고 취득하였으므로 해당 요건은 충족하였음​2. 고급주택의 요건​양도 당시 해당 주택은 15억의 고가주택요건을 충족하고 있었기때문에, 조특법 99조의 3에 해당하는 요건 중 고가주택에 해당하는 경우에는 적용제외한다라는 문구에 대해서 확인이 필요하였음(타세무대리인도 이 요건때문에 적용이 안된다라고 판단하였다고함)​1) 취득 당시 (2001년 10월) : 조세특례제한법 제 99조의 3에서 고급주택이라는 개념을 사용하고 있었으며, 당시 소득세법 시행령 제156조(2002.12.30 개정전) 고급주택의 범위 요건에 따르면 공동주택으로써 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고, 양도 당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것이라는 면적과 가액의 기준을 모두 충족해야한다고 규정하고 있었습니다. (가액의 요건&면적 요건)​2) 양도 당시(2021년) : 소득세법 시행령 제 156조(2002.12.30 개정후)에 따르면 실지거래가액이 9억원을 초과하는 것이라는 가액의 요건만을 기준으로 삼고 있음​3) (2002년 12월 11일 개정사항) : 동법 부칙 제29조 제2항 제2호에 따르면 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다라고 경과조치를 두고 있음부칙 제29조 제2항 제2호 : 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의하며, ~ 당시의 고급주택 기준을 적용한다.여기서 가장 중요한 점은 소득세법 부칙을 확인해보면 알 수 있듯이, 현재는 개정된 규정이지만 고급주택의 요건 개정시 이전 계약분에 대해서는 계약 당시의 고급주택 기준을 충족한다고 규정하였기때문에 취득당시의 고급주택 요건(실지거래가액 6억원&전용면적 165㎡)을 충족하면 가능합니다.​3. 관련 유권해석[사전-2017-법령해석재산-0506(2017.09.19)]​[제목]2001년5월23부터 2002년9월30일까지 취득한 신축주택의 고급주택 해당 여부[요지]2003.1.1. 전 조특법 §99의3에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 신축주택이 고가주택에 해당하는지 여부는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용함* 고급주택 기준 : 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고 양도당시 실지거래가액이 6억원을 초과​​4. 세제혜택 및 양도소득세 신고​1) 해당 주택 외 조정대상지역 내 타 주택이 있더라도 양도시 2주택 중과세율 적용배제2) 해당 주택의 경우 1세대 1주택이 아니기때문에 장기보유특별공제(표1 : 최대 80%)을 적용받진 못하였지만,표2를 적용받아 최대 30%의 장기보유특별공제까지 적용받을 수 있었습니다.3) 양도소득세 신고시 감면받은 세액의 20%는 농어촌특별세로 납부하였습니다.4) 양도차익이 큰 고가주택에 해당되어 적용되므로 인하여 약 2.5억원의 양도소득세가 감면되었음​[출처] [업무사례] 조세특례제한법 제99조의 3 [신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]|작성자 세무사 강홍구