조특법 99조 3항 적용 아파트 확인 및 양도세

1. 개요1세대 1주택 양도소득세 비과세는 주택을 보유하고 있다면 반드시 받아야하는 세제 혜택입니다. 양도하는 주택의 양도가액이 12억원 이하라면 시세차익이 아무리 많이 나더라도 양도소득세는 발생하지 않으며, 12억원 초과라도 초과분에 대해서만 양도소득세를 부과하기 때문입니다.만약 세대가 2주택을 보유하더라도 1세대 1주택자 비과세를 적용해주는 특례가 마련되어 있습니다.'농어촌주택'이 대표적인 예입니다.1주택을 보유한 세대가 세법상 농어촌주택에 해당하는 지방의 주택을 취득하여 2주택자가 되더라도 보유하고 있던 주택을 양도 시 1세대 1주택 비과세를 적용 받을 수 있습니다.다만, 농어촌주택은 주택 수에서 빠진다는 사실을 듣고 요건을 따지지 않고 농어촌주택을 취득하는 사례들이 늘고 있습니다.실제로 최근 40대 남성 A씨는 보유하던 주택이 당연히 농어촌주택에 해당한다고 생각하여 보유하고 있던 아파트를 양도하여 비과세로 신고하였으나, 2억원의 양도소득세가 추징되었습니다.농어촌주택에 해당하기 위해서는여러 가지 요건들을 충족해야 하며, 내용에 따라 중과유예 기간 이후에는 중과세에도 포함되는 주택에 해당할 수 있으므로 각별히 유의해야 합니다.2. 1세대 1주택 비과세 판정 시 주택 수 제외조세특례제한법 제99조의4에 해당하는 농어촌주택은 농어촌주택 취득 전 보유하던다른 주택(=일반주택)을 양도하는 경우 주택 수에서 제외하여 비과세를 적용합니다.즉, 일반주택을 보유하던 세대가 농어촌주택을 취득하여 2주택자가 되더라도 일반주택을 양도하는 경우 비과세를 적용 받을 수 있게 됩니다.조세특례제한법 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 1세대 라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2022년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 농어촌주택등취득기간 이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 농어촌주택등 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 일반주택 이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.(2020.12.29 개정)해당 비과세를 적용받기 위해서 농어촌주택은다음의 요건들을 모두 충족해야 합니다.요건내용취득시기2003.08.01.~2022.12.31.기간 중 취득취득순서일반주택취득 후 농어촌주택 취득지역 요건읍·면 지역 또는 대통령령으로 정하는 동(수도권 등 지역 제외)면적 요건삭제(21.1.1 이후 양도분)가액 요건취득 당시 주택 및 부수토지의기준시가 합계 2억원 이하(한옥 4억원)보유 요건3년이상 보유(3년 보유 전 양도의 경우 특례 적용 가능)3. 요건<1> 취득시기2003.8.1. ~ 2022.12.31.까지의 기간 중에 농어촌주택을 취득해야 합니다.해당 기간 이전에 취득한 경우 특례를 적용 받을 수 없습니다.이때 취득이란 매매로 인한 취득뿐만 아니라증여, 상속, 직접 건설하여 취득한 것을 포함합니다.<2> 취득순서양도하는 일반주택 취득 후 농어촌 주택을 취득해야 합니다.만약 농어촌주택을 일반주택보다 먼저 취득한다면 이외의 요건들을 충족하더라도 특례를 적용 받지 못합니다.[세대기준 판단]일반주택 및 농어촌 주택의 취득시기 및 취득순서는세대를 기준으로 판단하므로 세대원간의 증여 및 상속 등의 경우에는 시기에 대해 유의해야 합니다.<3> 지역 요건(1) 취득 당시 지방자치법에 따른읍·면지역또는 대통령령으로 정하는동(별표12에 따른 시 지역에 속한 동으로서 보유하고 있던 일반주택이 소재하는 동과 같거나 연접하지 아니하는 동)이면서다음에 해당하지 않는 지역에 소재해야 합니다.1) 수도권지역. 다만, 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군은 제외2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 (토지거래)허가구역5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역따라서 취득 당시 조정대상지역에 소재했다면 이후양도일 현재 해제되더라도 적용이 불가능하며, 도시지역, 조정대상지역, 허가구역, 관광단지 여부 등은 토지이용계획확인원 및 각 법에 따라 지정여부를 확인해야 합니다.[도시지역]국토는 용도에 따라 도시지역, 관리지역, 농림지역, 자연환경보건지역으로 구분됩니다.이 중 도시지역은 주거지역, 상업지역, 공업지역, 녹지지역으로 이루어져 있으며 해당 농어촌주택의 소재지가 도시지역에 해당하는지 여부를 잘 검토해야 합니다.(2) 농어촌주택과 일반 주택은 같은 읍·면 또는 연접한 읍·면에 있지 않아야 합니다.조세특례제한법 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 있는 경우나 1세대가 취득한 고향주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 시 또는 연접한 시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.(2014.12.23 개정)<4> 면적 요건2020.12.31. 이전 양도분까지는 대지면적이 660㎡ 이내여야 하는 면적 요건이 있었지만,21.1.1 이후 양도분부터는 면적요건이 삭제되었습니다.<5> 가액 요건농어촌주택의 취득 당시 주택 및 토지의기준시가 합계액이 2억원 이하여야 합니다.(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)취득 당시의 가액 요건에 해당해야 하며, 취득시점에 따른 가액 요건은 다음과 같습니다.취득시기가액 요건2003.8.1. ~ 2007.12.31기준시가 7천만원2008.1.1. ~ 2008.12.31기준시가 1.5억원2009.1.1. ~기준시가 2억원14.1.1 이후 취득한 한옥은 기준시가 4억원이때 기준시가의 계산은소득세법 제99조에 따른 기준시가이며,만약 취득일 이후 농어촌주택을 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우에는 증가한 면적의 가액을 포함하여 판단합니다.<6> 보유 요건농어촌주택 취득기간 중에 취득한 농어촌주택은3년 이상 보유해야 합니다.3년을 보유하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 특례 적용이 가능하며, 양도 이후 3년 보유 요건을 충족하지 않는 경우에는 다시 양도소득세가 추징됩니다.[ 거주 요건 ]보유에 대한 요건만 충족하면 되기 때문에 농어촌주택에 전입하여거주하지 않아도 해당 특례를 적용 받을 수 있습니다.4. 재건축 및 증축 또는부수토지의 추가 취득의 경우일반주택 및 농어촌주택의재건축 및 증축 또는 부수토지의 추가 취득의 경우적용의 기준은 다음과 같습니다.<1> 취득시기(1) 재건축농어촌주택취득기간 중 취득한 농어촌주택을 이후 멸실하고 재건축한 경우에도농어촌주택취득기간 내 취득한 것으로 보아 특례 적용이 가능합니다.(2) 증축 또는 부수토지의 추가 취득농어촌주택의 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우당초 농어촌주택의 취득일을 기준으로 농어촌주택취득기간 중 취득여부를 판단합니다.<2> 취득 순서일반주택이 멸실된 후 재건축된 경우해당 주택은 일반주택의 연장으로 보아 취득순서를 판단합니다.<3> 지역 요건농어촌주택의 증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우 당초농어촌주택의 취득일을 기준으로 농어촌주택취득기간 중 취득여부를 판단합니다.<5> 가액 요건가액 요건 2억원 이하 여부는 취득일 이후 농어촌주택을증축 또는 부수토지를 추가 취득하는 경우에는 증가한 면적의 가액을 포함하여 판단합니다.<6> 보유 요건농어촌주택 취득 후 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우 3년의 보유기간은멸실된 주택과 재건축한 주택의 보유기간을 합하여 판단합니다.조세특례제한법시행령 제99조의4 [ 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 ]⑬ 농어촌주택등의 보유기간 및 거주기간은 다음 각 호에 따라 계산한다.(2019.02.12 개정)3. 농어촌주택등에서 거주하거나 보유하는 중에 소실·붕괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다.(2019.02.12 개정)다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택을 3년이상 보유하지 아니하게 되는 경우에는 3년 이상 보유하지 않더라도 추징되지 않습니다.함께 읽어보시면 좋은 관련 글https://blog.naver.com/highyes_tax/222376858753[재산전문세무사]가족간 매매로 세액 2억원 줄인 절세사례(조세특례제한법 99조의4, 농어촌주택 보유)안녕하세요. 부동산, 재산 전문 세무사입니다. 오늘은 많은 분들이 잘 모르고 계시지만 굉장히 파워풀한 혜...blog.naver.com

안녕하세요. 부동산, 재산 전문 세무사입니다.​오늘은 많은 분들이 잘 모르고 계시지만 굉장히 파워풀한 혜택인 조특법 99조의2 규정에 대해서 알아보겠습니다.​이 혜택을 알고 받시는 경우와 모르고 안받으신 경우 세금이 많게는 수억원이 차이가 날 수 있으니 꼭 숙지하시기 바랍니다.​​■ 개요조특법 99조2에서는 일정 기간 동안 신축주택 등을 취득하는 경우 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득세 대해서 100% 세액을 감면해주는 규정을 두고 있습니다.​해당 규정이 중요한 이유는 5년간 양도소득세를 감면해주는 것 이외에 1세대 1주택 비과세 적용시와, 다주택자 중과세 적용시 주택수에서 제외해주는 점이 정말 큰 혜택입니다.​​■ 요건다음의 요건을 모두 충족해야 합니다.​(1) 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받은 주택이어야 합니다.​날인 받지 못한 경우에는 조특법 99조의2 4항에 따라 해당 혜택을 받지 못합니다.​(2) 신축주택 등실지거래가액(취득가액)이 6억원 이하이거나 연면적(전용면적)이 85㎡ 이하인 신축주택, 미분양주택, 1세대 1주택자의 주택​기획재정부재산-303(2014.04.07.)「조세특례제한법」 제99조의2 규정을 적용함에 있어서 귀 질의와 같이 사업주체로부터 신축주택 등을 취득하면서 매매계약서상 조건에 따라계약금과 잔금을 함께 납부함으로써분양대금에서할인받는 금액이 있는 경우 동 할인금액은 취득가액에서 차감하는 것임​서면법규-692(2013.06.17)2013.4.1. 부동산대책으로 시행된 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 거래가액 6억원 초과 여부는분양가격에 포함된 부가가치세를 포함하여 판단하며, 추후 양도 시 해당 부가가치세 부담액은 취득가액에 포함함​(3) 신축주택 등의 취득기간2013.4.1 ~ 2013.12.31해당 사업주체 등과 최초로 매매계약을 체결하여야 합니다.​​​■ 적용 혜택​(1) 해당 주택을 양도시 취득일부터5년간의 양도차익을 100% 감면(농특세 20% 납부)(2) 해당 주택을 양도시중과배제(3) 해당 주택 외의 주택을 양도시1세대 1주택 비과세 적용시 주택 수에서 제외(4) 해당 주택 외의 주택을 양도시 해당 주택만 있는 경우다주택자 중과배제​​■ 해당 주택이도정법에 따른 재개발, 재건축 등이 된 경우에도 감면규정은 그대로 적용 되지만,노후 등으로 인해 멸실 후 재건축한 경우에는 제외됩니다.​기획재정부재산-135(2014.02.21.)조특법§99의2에 따른 감면대상기존주택을 취득 후 도정법에 따른 재개발·재건축 등으로 신축주택으로 전환되는 경우 감면대상기존주택의 양도소득 범위내에서 과세특례가 적용되며, 감면대상기존주택의 평가액 범위 내에서 2채의 신축주택을 공급받는 경우 2주택 모두 과세특례가 적용되는 것임​부동산납세-61(2013.09.26)과세특례 취득기간 중에 감면대상 기존주택을 취득한 후 소실·붕괴·노후 등으로 인해 동 주택을 멸실하고 신축하여 양도한 경우 재건축한 신축주택은 조특법 제99조의2에 따른 감면주택에 해당하지 않음​​​■ 마치며주택과 관련하여 조특법에서 규정하고 특례는 다양하게 있습니다.다만, 이에 해당하는지 모르시는 분들과 해당하더라도 어떤 혜택이 적용되는지 명확하게 모르시는 경우가 너무 많습니다.​해당 규정을 잘 이용한다고 하면 정말 많은 세금을 줄일 수 있습니다.다만, 세액차이가 많이 나는 만큼 검토해야 할 사항도 많으며 전문가를 통하여 신중하게 검토하여 진행하시는 것을 추천드립니다.​

안녕하세요. 조세특례제한법 99조의 3에 따른 신축주택 취득자의 양도소득세 과세특례 규정을 적용받았던 사례를 설명해드리겠습니다.​조세특례제한법 제99조의3 [신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례]정부가 2001년 5월 23일 ~ 2003년 6월 30일까지 서울시, 과천시, 분당, 일산, 평촌, 산본, 중동 등 신도시지역에 신축주택을 취득한 경우 취득후 5년간 양도소득세 100% 감면, 이후 양도시에도 5년간의 양도소득세는 안분해서 감면해준다고 했던 세제혜택입니다.다만, 이 경우 해당 주택의 조합원 자격이었거나 주택건설사업자와 직접적인 계약을 한 경우에만 인정되는 등 몇가지 요건을 충족해야만 가능합니다.​<사례>납세자 김택스씨는 2001년 10월 경기도 지역에 신축주택 아파트를 건설사와 분양계약을 맺고 취득하였습니다.이후 준공된 아파트에서 계속 거주하다가 분당아파트는 전세를 내어준후, 2015년 서울지역에 아파트를 추가로 매수한 후 이 곳에서 계속 거주하고 있었습니다.그러던 중 분당지역 아파트를 처분하기위하여 타세무대리인에게 의뢰하였으나 양도소득세가 3.5억가량 예상된다는 답변을 듣고, 해당 주택이 신축주택 취득자의 감면이 해당되는지 다시 한번 검토를 의뢰하였습니다.만약 해당이 되지 않는다면 2주택 중과대상으로 판단되어 3.5억의 양도소득세를 납부해야하는 상황이었습니다.​<결론>​1. 해당 주택이 조특법 99조의 3에 해당하는 신축주택 취득자 양도소득세 과세특례 대상의 주택인지?- 해당 주택은 주택건설업자로부터 직접 계약을 맺고 취득하였으므로 해당 요건은 충족하였음​2. 고급주택의 요건​양도 당시 해당 주택은 15억의 고가주택요건을 충족하고 있었기때문에, 조특법 99조의 3에 해당하는 요건 중 고가주택에 해당하는 경우에는 적용제외한다라는 문구에 대해서 확인이 필요하였음(타세무대리인도 이 요건때문에 적용이 안된다라고 판단하였다고함)​1) 취득 당시 (2001년 10월) : 조세특례제한법 제 99조의 3에서 고급주택이라는 개념을 사용하고 있었으며, 당시 소득세법 시행령 제156조(2002.12.30 개정전) 고급주택의 범위 요건에 따르면 공동주택으로써 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고, 양도 당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것이라는 면적과 가액의 기준을 모두 충족해야한다고 규정하고 있었습니다. (가액의 요건&면적 요건)​2) 양도 당시(2021년) : 소득세법 시행령 제 156조(2002.12.30 개정후)에 따르면 실지거래가액이 9억원을 초과하는 것이라는 가액의 요건만을 기준으로 삼고 있음​3) (2002년 12월 11일 개정사항) : 동법 부칙 제29조 제2항 제2호에 따르면 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다라고 경과조치를 두고 있음부칙 제29조 제2항 제2호 : 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의하며, ~ 당시의 고급주택 기준을 적용한다.여기서 가장 중요한 점은 소득세법 부칙을 확인해보면 알 수 있듯이, 현재는 개정된 규정이지만 고급주택의 요건 개정시 이전 계약분에 대해서는 계약 당시의 고급주택 기준을 충족한다고 규정하였기때문에 취득당시의 고급주택 요건(실지거래가액 6억원&전용면적 165㎡)을 충족하면 가능합니다.​3. 관련 유권해석[사전-2017-법령해석재산-0506(2017.09.19)]​[제목]2001년5월23부터 2002년9월30일까지 취득한 신축주택의 고급주택 해당 여부[요지]2003.1.1. 전 조특법 §99의3에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 신축주택이 고가주택에 해당하는지 여부는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용함* 고급주택 기준 : 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고 양도당시 실지거래가액이 6억원을 초과​​4. 세제혜택 및 양도소득세 신고​1) 해당 주택 외 조정대상지역 내 타 주택이 있더라도 양도시 2주택 중과세율 적용배제2) 해당 주택의 경우 1세대 1주택이 아니기때문에 장기보유특별공제(표1 : 최대 80%)을 적용받진 못하였지만,표2를 적용받아 최대 30%의 장기보유특별공제까지 적용받을 수 있었습니다.3) 양도소득세 신고시 감면받은 세액의 20%는 농어촌특별세로 납부하였습니다.4) 양도차익이 큰 고가주택에 해당되어 적용되므로 인하여 약 2.5억원의 양도소득세가 감면되었음​[출처] [업무사례] 조세특례제한법 제99조의 3 [신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]|작성자 세무사 강홍구

오늘은 지난 5월의 소득세법 시행령 개정으로 조특법상 감면 주택 양도 시 주의해야 할 사항에 대하여 포스팅해 보겠습니다.관련 사례거주자 김 모 씨가 보유하고 있는 주택 현황은 다음과 같습니다.- 2012년 10월 31일 서울 양천구 소재 A 주택 취득※ A 주택은 조특법 99조의2 감면요건을 충족한 감면 대상 주택으로 구청장으로부터 감면 대상 주택임을 확인받는 날인 존재-2016년 5월 7일 영등포구 소재 B 주택 취득-2021년 7월 18일 B 주택 양도(1세대 1주택 비과세 신고)-2022년 7월 25일 양천구 소재 A 주택 양도거주자 김모씨는 A 주택 양도 시 개정된 소득세법 시행령에 따라 2022년 5월 10일 이후 양도하는 분부터1세대 1주택 양도소득세 비과세를 위한 보유 및 거주 기간을 재기 산하는 규정이 삭제되었기 때문에 양도일 현재 1주택만 보유하고 있는 경우 비과세 보유기간 산정시 무조건 당초 취득일부터 기산한다는 내용을 듣고 1세대 1주택 비과세로 직접 신고하였습니다.그러나 세무서에서는 A 주택이 1세대 1주택 비과세를 위한 2년의 보유기간 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 비과세를 부인하였습니다.B 주택 양도 시 비과세 여부1.1주택 여부조특법 99조의2 적용 대상 감면 주택과 일반주택이 있는 경우조특법 99조의2 제②항을 보면 '해당 거주자의 소유 주택으로 보지 아니한다'라고 되어 있으므로 양도하는 주택만을 소유하는 것이 되어 1주택 요건을 충족합니다.2. 2년 보유 요건 충족 여부보유기간과 거주 기간 리셋 규정이 적용되는 2022.05.10 이전 양도분이지만감면 대상 주택과 일반주택을 보유하고 있는 경우 최종 1주택 규정(보유기간 재기산)에도 불구하고 일반주택의 취득일부터 보유기간을 기산하도록 하고 있습니다.(사전법령재산 2021-884 2021.12.28)따라서 2년 이상 보유요건을 충족하고 있습니다.☞사전법령재산 2021.884.2021.12.28「조세특례제한법」제99조의2 특례주택과 일반주택을 보유한 세대가 일반주택을 양도한 경우 그 보유기간 기산일[요약]「조세특례제한법」 제99조의2제1항에 따른 특례주택(B주택)과 일반주택(A주택)을 보유한 세대가 일반주택(A주택)을 양도하는 경우 해당 양도주택(A주택)의 1세대 1주택 비과세 해당 여부 판단 시 특례주택(B주택)은 주택 수에 포함하지 않는 것이며, 이 경우 양도주택(A주택)의 보유기간 기산일은 해당 주택(A주택)의 취득일로 하는 것임3. 2년 거주요건 충족 여부거주 요건은 2017.8.2일 이후 조정대상지역에 소재하는 주택을 취득한 경우에 필요한 요건인데 당해 주택은 그 이전 취득한 주택이므로 거주요건이 필요치 않습니다.☞관련 법령 (조세특례제한법 99조의2)① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.(2016.01.19 개정)② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2014.01.01 개정)☞관련 예규서면 부동산 2016-5398 (2016.12.30)「제목」 조특법 제99조의2 제1항에 해당하는 감면대상 주택의 과세특례「요약」 조특법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 상태에서일반주택을 양도할 때 비과세를 적용받은 후, 감면대상 주택을 1세대 1주택 비과세 적용하기 위한 보유기간의 기산일은 비과세되는 일반주택 양도일의 다음날이 되는 것임.2022.05.31 소득세법 시행령 개정 내용22년 5월 31일 자 소득세법 시행령 개정 내용은 다음과 같습니다. 개정 내용은 2022.05.10 이후 양도분부터 소급하여 적용되며 05.10 이전 양도분은 종전 규정이 적용됨을 유의하시기 바랍니다.첫째, 다주택자 양도소득세 중과세율 1년간(2022.05.10 부터 2023.05.09 까지) 적용배제 (소득령 167조의3 ①항 12의2, 소득령 167조의4 ③항 6의1, 소득령 167조의10 ①항 12의2, 소득령 167조의11 ①항 12)중과 배제를 한시적으로 적용함으로써 다주택자들의 매물을 유도하여 부동산 시장의 안정화 도모둘째, 1세대 1주택 양도세 비과세를 위한 보유 및 거주기간 재기산 제도 폐지(소득령 155조 ①항)종전에는 최종주택 양도시 비과세를 위한 보유및 거주기간을 종전주택 양도 후부터 재기산 하도록 하였는데 이를 폐지하여 종전주택 양도 후 바로 양도하여도 비과세를 위한 보유 및 거주기간은 해당 주택의 취득일부터 기산하도록 함으로써 부동산 시장 안정화를 기하기 위함셋째 이사 등으로 인한 일시적 1세대 2주택 비과세 요건 완화 (소득령 155조 ①항)조정대상지역 일시적 2주택의 중복 보유 허용 기간을 종전의 1년 이내에서 2년 이내로 완화하여 주고 전입 요건을 삭제하여 줌으로써 거래 활성화를 도모하기 위함<종전·신규주택 모두 조정대상지역에 소재하는 경우 중복 보유 허용 기간>신규주택 취득일 종전 규정 개정 규정2018.09.13 이전3년 내 양도3년 내 양도2018.09.14~2019.12.16 2년 내 양도2년 내 양도2019.12.17 이후1년내 양도 및 전입A주택 양도시 비과세가 부인된 이유1. 1주택 보유 여부양도일 현재 양도 주택만을 보유하고 있으므로 1주택 요건을 충족하였습니다.2. 2년 보유 여부본건의 쟁점 부분으로 관할 세무서에서는 2년의 보유요건을 충족하지 못하였다고 비과세를 부인하였습니다.관련된 유권해석에 의하면 조특법99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 상태에서 일반주택을 양도할 때 그 일반주택을 비과세를 적용받은 후 감면대상 주택을 양도할 때 비과세를 받기 위한 보유기간의 기산일은 일반주택 양도일의 다음날이 되는 것이라는 답변이 있습니다.이는 '감면 대상 주택은 소유자의 주택으로 보지 아니한다'라는 99조의2 ②항의 조문 규정 때문에 일반주택 양도 시까지는 김모씨의 주택 소유로 보지 아니하다가 특례주택외의 주택을 양도한 이후부터 김모씨의 주택으로서 보유기간을 기산하는 것으로 본 것으로 사료됩니다.즉, 양도일 다음날 감면주택을 새로 취득한 것처럼 보고 보유기간 계산한다고 보시면 됩니다.그러므로, 위 사례에서 보유기간의 기산일은 21.7.19일부터이고 양도일까지 2년이 되지 아니하였으므로 보유기간을 충족하지 못한 것으로 본 것으로 사료됩니다.☞일시적 2주택에 관련된 규정에 적용한 경우위의 논리를 일시적 2주택 비과세 특례요건중 '종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득할 것'이라는 요건과 관련하여 살펴보면 같은 논리로감면주택만 남은 때로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득해야 일시적 2주택 비과세가 가능하다는 다음과 같은 유권해석이 있습니다.※ 서면법령해석재산 2017-141 2017.09.27(질의3) 「조세특례제한법」 제98조의3 및 같은 법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 각각 1개씩 소유한 상태에서 새로운 주택을 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 감면대상 주택 중 1개를 양도 시 비과세 적용 여부회신(질의3) 일반주택을 양도하여 국내에 미분양주택과 신축주택을 보유하는 1세대가 일반주택 양도일로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택을 취득하고 새로운 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 미분양주택 또는 신축주택을 양도하는 경우로서 미분양주택 또는 신축주택을 일반주택 양도일로부터 2년 이상 보유한 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조제1항에 따라 비과세를 적용받을 수 있는 것임본 사례를 조특법상 농어촌 주택과 소득세법상 농어촌 주택에 적용하여 비교해 보면조특법상 농어촌 주택과 소득세법 시행령 155조 ⑦항의 농어촌 주택 모두 일반주택 비과세로 양도시 소유자의 주택에서 차감시켜 주는 규정인데 일반주택 양도후 당해 농어촌 주택 양도시 비과세를 위한 보유기간과 관련하여 살펴보면 다음과 같습니다.조특법99조의4소득령 155조⑦항남은 농어촌주택의 비과세를 위한 보유기간 기산일소유주택으로 변경된 날(일반주택 양도일)부터 기산함(서면부동산2021-1605.2021.09.03)2022.05.10 이후 양도하는 분부터 최종1주택규정(보유기간과 거주기간 재기산)이 삭제되었기 때문에당초 취득일부터 기산함.☞ 일반주택을 비과세로 양도후 조특법상 감면주택 양도시 보유기간을 소유주택으로 변경된 날부터 기산한다는 유권해석은2022.05.31에 개정된 소득세법에 따라 최종1주택의 보유기간과 거주기간 리셋규정이 삭제된 것과는 별개로 보아야 하므로 주의가 필요합니다.즉, 일반주택을 비과세로 양도한 경우 소유주택으로 보지 아니한 것이므로 보유기간이 재기산 된다는 것을 유념하여야 합니다.일반주택을 과세로 양도한 경우에는 소득세법과 동일하게 감면주택도 당초 취득일부터 기산할 것입니다.

안녕하세요. 세무회계 청율의 강홍구세무사입니다.오늘은 조세특례제한법 99조의 3에 따른 [신축주택 취득자의 양도소득세 과세특례] 규정을 적용받았던 사례를 설명해드리겠습니다.정부가 2001년 5월 23일 ~ 2003년 6월 30일까지 서울시, 과천시, 분당, 일산, 평촌,산본, 중동 등 신도시지역에 신축주택을 취득한 경우 취득후 5년간 양도소득세 100%감면, 이후 양도시에도 5년간의 양도소득세는 안분해서 감면해준다고 했던 세제혜택입니다.다만, 이 경우 해당 주택의 조합원 자격이었거나 주택건설사업자와 직접적인 계약을한 경우에만 인정되는 등 몇가지 요건을 충족해야만 가능합니다.<사례>납세자 김택스씨는 2001년 10월 경기도 지역에 신축주택 아파트를 건설사와 분양계약을 맺고 취득하였습니다.이후 준공된 아파트에서 계속 거주하다가 분당아파트는 전세를 내어준후, 2015년 서울지역에 아파트를 추가로 매수한 후 이 곳에서 계속 거주하고 있었습니다.그러던 중 분당지역 아파트를 처분하기위하여 타세무대리인에게 의뢰하였으나 양도소득세가 3.5억가량 예상된다는 답변을 듣고, 해당 주택이 신축주택 취득자의 감면이 해당되는지 다시 한번 검토를 의뢰하였습니다.만약 해당이 되지 않는다면 2주택 중과대상으로 판단되어 3.5억의 양도소득세를 납부해야하는 상황이었습니다.<결론>1. 해당 주택이 조특법 99조의 3에 해당하는 신축주택 취득자 양도소득세 과세특례대상의 주택인지?- 해당 주택은 주택건설업자로부터 직접 계약을 맺고 취득하였으므로 해당 요건은 충족하였음2. 고급주택의 요건양도 당시 해당 주택은 15억의 고가주택요건을 충족하고 있었기때문에, 조특법 99조의 3에 해당하는 요건 중 고가주택에 해당하는 경우에는 적용제외한다라는 문구에 대해서 확인이 필요하였음1) 취득 당시 (2001년 10월) : 조세특례제한법 제 99조의 3에서 고급주택이라는 개념을사용하고 있었으며, 당시 소득세법 시행령 제156조(2002.12.30 개정전) 고급주택의범위 요건에 따르면 공동주택으로써 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고, 양도 당시의실지거래가액이 6억원을 초과하는 것이라는 면적과 가액의 기준을 모두 충족해야한다고 규정하고 있었습니다. (가액의 요건&면적 요건)2) 양도 당시(2021년): 소득세법 시행령 제 156조(2002.12.30 개정후)에 따르면실지거래가액이 9억원을 초과하는 것이라는 가액의 요건만을 기준으로 삼고 있음3) (2002년 12월 11일 개정사항) : 동법 부칙 제29조 제2항 제2호에 따르면 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의규정에 의하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택기준을 적용한다라고 경과조치를 두고 있음부칙 제29조 제2항 제2호 : 법시행전에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결한 경우에는 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 의하며, ~당시의 고급주택기준을 적용한다.여기서 가장 중요한 점은 소득세법 부칙을 확인해보면 알 수 있듯이, 현재는 개정된규정이지만 고급주택의 요건 개정시 이전 계약분에 대해서는 계약 당시의 고급주택기준을 충족한다고 규정하였기때문에 취득당시의 고급주택 요건(실지거래가액 6억원&전용면적 165㎡)을 충족하면 가능합니다.3. 관련 유권해석[사전-2017-법령해석재산-0506(2017.09.19)][제목]2001년5월23부터 2002년9월30일까지 취득한 신축주택의 고급주택 해당 여부[요지]2003.1.1. 전 조특법 §99의3에 따라 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 2003.1.1. 이후 양도하는 경우 신축주택이 고가주택에 해당하는지 여부는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용함* 고급주택 기준 : 주택의 전용면적이 165㎡ 이상이고 양도당시 실지거래가액이 6억원을 초과4. 세제혜택 및 양도소득세 신고1) 해당 주택외 조정대상지역 내 타 주택이 있더라도 양도시2주택 중과세율 적용배제2) 해당 주택의 경우 1세대 1주택이 아니기때문에 장기보유특별공제(표1 : 최대 80%)을 적용받진 못하였지만,표2를 적용받아최대 30%의 장기보유특별공제까지 적용받을 수 있었습니다.3) 양도소득세 신고시감면받은 세액의 20%는 농어촌특별세로 납부하였습니다.4) 양도차익이 큰 고가주택에 해당되어 적용되므로 인하여 약 2.5억원의 양도소득세가 감면되었음이와 같이 조세특례제한법에 따른 주택의 경우 감면 혜택을 받을 수 있는 주택들이 있으니, 위와 같이 검토를 진행하셔서 절세하시기 바랍니다.감사합니다.