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주민등록번호 앞으로 계산서 발행하였을 때 연말정산은 어떻게 처리해야 하나요?

안녕하세요. 늘 자료만 유용하게 얻어갔었는데 문의사항이 생겨 처음으로 질문 남깁니다! 2021년 1월 1일부터 거래를 시작한 거래처가 있는데, 거래처 등록을 진행할 당시에 사업자등록번호가 없어 주민등록번호로 거래처 등록을 진행하였습니다. 등록 후 몇 주 후에 다른 가입서류와 함께 사업자등록증을 보내주셨는데 제가 미처 확인을 하지 못하고 계속 사업자등록번호가 공란인 상태로 등록이 되어있었던 거 같습니다. 그 후 10개월 동안 계속 사업자등록번호가 아닌 거래처 대표 개인의 주민등록번호로 전자계산서(면세)가 발행이 되었는데요. 이런 경우를 검색해보니 세금계산서의 경우는 매입세액공제가 안 되어서 문제가 생기는 것으로 확인이 되는데, 그렇다면 계산서의 경우에는 어떤 문제가 생기는 것일까요? 그리고 연말정산을 진행할 때도 문제가 발생하는 지 궁금합니다. (거래처의 입장에서) 이미 부가세 신고까지 다 마쳐서 계산서 수정발행이 어려워서... 도움 부탁드립니다. ㅠㅠ 감사합니다!
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안녕하세요? 신세계 세무회계 컨설팅 세무사 이형석입니다. 질문하신 내용에 대하여 아래와 같이 답변 드립니다. 질의자분께서 무슨 사업을 하시는지는 모르겠으나, 계산서 발행하신 내용으로 추정했을 때 면세 사업을 하시는 것으로 추정됩니다. 면세사업자의 계산서 발행시 사업자 등록번호가 아닌 주민등록번호로 발행해도 문제가 없냐고 하셨는데요. 관련 법령을 검토해보면 다음과 같습니다. 소득세법 제81조의10(계산서 등 제출 불성실 가산세) ① 사업자(대통령령으로 정하는 소규모사업자는 제외한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다. 1. 제163조제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서(같은 조 제1항 후단에 따른 전자계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대통령령으로 정하는 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우(제2호가 적용되는 분은 제외한다): 공급가액의 100분의 1 위에 보시다시피 공급가액의 1%의 가산세가 있습니다. (전자계산서 발행 및 전송 관련 가산세는 별도) 다만, 과거 심판례를 따져보면, 주민등록번호 기재한 계산서를 적법한 발행으로 볼것인가에 대해 유사한 사례가 있었습니다. 심사소득2003-3178(2004.03.15) 에서 주민등록기재분도 적법한 계산서 발행으로 간주한 사례가 있어, 별다른 문제가 없을 것으로 판단됩니다. 감사합니다. 세무 상담 요청시 네이버에 '신세계 세무회계 컨설팅'을 검색하세요.
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