최근 상담 중 자주 받는 질문 중 하나입니다. 8년 이상 직접 경작한 농지인데, 일부 또는 전부가 주거지역에 편입된 후 3년이 경과하였습니다. 특히 한 필지의 토지가 주거지역과 자연녹지지역에 함께 걸쳐 있는 경우, "자경농지 감면이 전부 배제되는 것인지", 아니면 "일부라도 감면을 받을 수 있는 것인지" 궁금해하시는 분들이 많습니다.


결론부터 말씀드리면, 주거지역에 편입된 후 3년이 지났다고 해서 자경농지 감면이 전부 배제되는 것은 아닙니다.


조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조는 주거지역 등에 편입된 농지의 경우에도 주거지역 편입일(또는 환지예정지 지정일)까지 발생한 양도소득 상당액은 감면 대상으로 인정하고 있습니다. 즉, 법의 취지는 주거지역 편입 이후 발생한 개발이익 등에 대해서는 과세하되, 편입 이전 농지로서 보유·경작하면서 발생한 가치상승분까지 배제하려는 것은 아닙니다.


예를 들어 취득 당시 기준시가가 1억원, 주거지역 편입 당시 기준시가가 3억원, 양도 당시 기준시가가 5억원이라면 전체 상승분 4억원 중 편입 이전 상승분 2억원 상당액은 감면대상으로 계산될 수 있으며, 편입 이후 상승분에 해당하는 부분만 과세대상으로 검토하게 됩니다.


그렇다면 하나의 필지가 주거지역과 자연녹지지역에 함께 걸쳐 있는 경우는 어떨까요?


법 규정 자체가 "주거지역 안에 있는 농지"를 기준으로 규정하고 있다는 점을 고려하면 주거지역 부분과 자연녹지지역 부분을 구분하여 적용하는 것이 보다 합리적이라고 생각됩니다.


즉, 우선 주거지역 부분과 자연녹지지역 부분을 면적 또는 가액 기준으로 구분한 후, 주거지역 부분에 대해서는 다시 주거지역 편입일 전·후의 기준시가 상승분을 안분하여 감면대상 소득과 과세대상 소득을 계산하고, 자연녹지지역 부분은 일반적인 자경농지 감면규정을 적용하는 방식으로 접근할 수 있을 것으로 보입니다.


따라서 "주거지역 편입 후 3년 경과 = 감면 전부 배제"라고 단순하게 이해하기보다는, 주거지역 편입 이전과 이후의 가치상승분을 구분하여 검토해야 한다는 점이 중요합니다. 


실제 적용 여부는 용도지역별 면적, 편입 시기, 기준시가 변동내역, 공익사업 여부 등에 따라 달라질 수 있으므로 양도 전 미리 검토해 보시는 것을 권해드립니다.