안녕하세요 절세도사 김주성 세무사입니다^^
오늘은 고령화와 함께 창업 문의가 꾸준히 늘고 있는 요양원(노인요양시설) 개업 및 운영 시 세무 주의사항과 절세 방법에 대해서 설명드리겠습니다
-요양원은 일반 자영업과 달리 부가가치세 면세사업이고, 국민건강보험공단의 장기요양 재무·회계 규칙까지 지켜야 하는 독특한 업종입니다. 세무와 장기요양 행정을 함께 이해해야 불필요한 세금과 행정처분을 피할 수 있습니다.
요양원 세무, 단계별로 한눈에 보기
-요양원 세무는 크게 세 단계로 나눠 보시면 이해가 쉽습니다.
① 개업 : 면세사업자 등록, 건물 취득세 감면, 창업감면과 중소기업특별세액감면 중 선택
② 운영 : 사업장현황신고(2월), 재무·회계 결산보고(3월), 종합소득세(5월 또는 6월), 인건비 지출비율 관리
③ 양도·폐업 : 시설과 영업권 양도 시 소득 구분, 취득세 감면분 추징 여부 점검
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요양원은 부가가치세 '면세사업자'입니다
-장기요양기관이 장기요양인정을 받은 어르신께 제공하는 신체활동·가사활동 지원이나 간병 등의 용역은 부가가치세가 면제됩니다. (부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제35조 제14호)
-그래서 요양원은 개업할 때 면세사업자로 사업자등록을 하게 되고, 부가가치세 신고 대신 매년 2월 10일까지 사업장현황신고를 해야 합니다. (소득세법 제78조)
-면세사업자라서 생기는 주의점도 있습니다.
· 인테리어·비품·설비를 살 때 낸 부가가치세를 돌려받을 수 없습니다. 대신 그 금액은 원가에 포함되어 필요경비나 감가상각으로 처리됩니다.
· 식사재료비·상급침실 이용료·이미용비 같은 비급여 항목은 주된 면세용역에 부수되는지 개별적으로 확인해야 합니다. 주된 공급에 부수되는 공급은 주된 공급을 따라 과세 여부가 정해집니다. (부가가치세법 제14조)
· 반대로 건물 일부를 외부에 임대하거나, 자판기·매점·주차장을 별도로 운영하면 과세사업이 섞일 수 있어 사업자 유형과 신고 방식을 따로 검토해야 합니다.
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개업 단계 ① 건물 취득세·재산세 감면
-요양원 건물을 직접 취득해 노인복지시설로 쓰면 지방세 감면을 받을 수 있습니다. (지방세특례제한법 제20조)
· 유료 노인복지시설(일반적인 요양원) : 취득세 25%, 재산세 25% 경감
· 무료 노인복지시설 : 취득세 면제, 재산세 50% 경감
-다만 이 감면은 2026년 12월 31일까지 적용되며, 2028년까지 연장하는 개정안이 발의되어 있지만 아직 국회를 통과하지 않았습니다. 내년 이후 취득을 계획하신다면 개정 여부를 꼭 확인하셔야 합니다.
-추징 요건도 반드시 알아두세요.
· 정당한 사유 없이 취득일부터 1년(신축 등은 3년) 안에 노인복지시설로 직접 사용하지 않는 경우
· 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 쓰는 경우
-특히 실무에서 많이 실수하는 부분이 건물 소유자와 시설 운영자가 다른 경우입니다. 대법원은 노인복지시설 설치자로 신고되지 않은 소유자 지분은 '직접 사용'에 해당하지 않아 감면이 추징된다고 판단했습니다. (대법원 2024.02.08.자 2023두57814, 원심 확정) 배우자나 자녀 명의로 건물을 사고 본인이 운영하는 구조라면 사전 검토가 필수입니다.
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개업 단계 ② 창업감면 vs 중소기업특별세액감면
-요양원(노인복지시설 운영 사업)은 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면 모두 대상 업종입니다. (조세특례제한법 제6조 제3항, 제7조 제1항) 단, 두 감면은 동시에 받을 수 없고 하나를 선택해야 합니다. (조세특례제한법 제127조)
1. 창업중소기업 세액감면 (5년간)
· 서울 등 수도권과밀억제권역 : 청년(창업 당시 만 15~34세) 창업만 50%, 일반 창업은 감면 대상이 아닙니다
· 비수도권 : 청년 100%, 일반 50%
· 2026년 이후 창업분부터는 수도권 성장관리권역 등 지역 구분이 더 세분화되었으므로, 창업 지역별 감면율을 별도로 확인해야 합니다
2. 중소기업 특별세액감면 (요건 충족 시 매년)
· 수도권 소기업 20%, 비수도권 소기업 30%, 비수도권 중기업 15% (연 1억원 한도, 직원이 줄면 한도 축소)
-예를 들어 강서구에서 만 40세 원장님이 요양원을 개업하면 창업감면은 받을 수 없지만, 소기업 요건을 갖추면 중소기업 특별세액감면 20%를 매년 받을 수 있습니다. 반대로 만 34세 이하 청년 원장님이라면 처음 5년은 창업감면 50%가 더 유리할 수 있습니다.
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운영 단계 ① 장기요양 재무회계와 세무장부, 둘 다 맞춰야 합니다
-장기요양기관은 세무 신고와 별도로 장기요양기관 재무·회계 규칙을 따라 회계를 해야 합니다. (노인장기요양보험법 제35조의2)
· 다음 연도 예산서 : 회계연도 개시 5일 전까지 지자체에 제출 (장기요양기관 재무·회계 규칙 제4조)
· 전년도 결산보고서 : 다음 연도 3월 31일까지 지자체에 제출 (장기요양기관 재무·회계 규칙 제10조)
· 종합소득세 : 5월 31일까지(성실신고확인대상은 6월 30일까지)
-여기서 꼭 짚어야 할 포인트가 있습니다.
1. 인건비 지출비율 준수
-장기요양기관은 공단에서 받은 장기요양급여비용 중 보건복지부장관이 고시하는 비율 이상을 직원 인건비로 지출해야 합니다. (노인장기요양보험법 제38조) 노인요양시설은 2025년 62.5%였고, 2026년에는 0.1%p 오른 약 62.6% 수준입니다. 정확한 비율은 공단 고시를 확인하세요.
2. 대표자 인건비는 세법상 경비가 아닙니다
-재무·회계 규칙상 원장(시설장) 인건비를 편성하더라도, 개인사업자 본인에게 지급한 급여는 소득세법상 필요경비로 인정되지 않습니다. 결산보고서의 지출과 종합소득세 신고서의 필요경비가 달라지는 대표적인 이유이므로, 차이 내역을 조정표로 관리해 두시는 게 좋습니다.
3. 각종 지원금도 수입입니다
-일자리안정자금, 고용장려금 같은 정부 지원금은 재무회계에 반영하는 것은 물론 소득세 총수입금액에도 포함되는지 검토해야 합니다. 누락하면 추후 과소신고가 될 수 있습니다.
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운영 단계 ② 요양원 절세 체크리스트
1. 중소기업 특별세액감면 : 위에서 설명드린 대로 수도권 소기업 20%를 매년 챙기세요. (조세특례제한법 제7조)
2. 통합고용세액공제 : 요양보호사·간호인력 등 상시근로자가 늘면 고용 증가 인원만큼 세액공제를 받을 수 있고, 중소기업 특별세액감면과 함께 받을 수 있습니다. (조세특례제한법 제29조의8) 다만 고용이 줄면 공제받은 세액을 추징당할 수 있으니 인원 관리를 함께 하셔야 합니다.
3. 성실신고확인 : 요양원(사회복지서비스업)은 수입금액 7억5천만원 이상이면 성실신고확인대상입니다. (소득세법 제70조의2, 같은 법 시행령 제133조) 확인비용의 60%(120만원 한도)를 세액공제받을 수 있습니다. (조세특례제한법 제126조의6)
4. 가족 인건비 : 배우자·자녀가 실제로 근무한다면 급여 이체, 4대보험, 근무기록을 갖춰 정당한 필요경비로 처리하세요. 실제 근무 없이 지급하면 부인됩니다.
5. 감가상각 관리 : 리모델링, 전동침대, 목욕 리프트, 차량 등 자산별로 내용연수에 맞춰 감가상각해야 합니다. 업무용승용차는 운행기록부를 작성해야 비용 인정이 커집니다. (소득세법 제33조의2)
6. 현금 수입 누락 금지 : 본인부담금이나 비급여를 현금으로 받는 경우에도 전액 수입으로 신고해야 합니다. 공단 청구 자료와 본인부담금 자료는 국세청이 쉽게 대조할 수 있습니다.
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입소자 가족도 받을 수 있는 연말정산 혜택
-요양원에 부모님을 모신 자녀분들이 자주 놓치는 혜택입니다. 장기요양급여에 대해 실제로 지출한 본인일부부담금은 의료비 세액공제 대상입니다. (소득세법 시행령 제118조의5 제1항)
-다만 식사재료비, 상급침실 이용료, 이·미용비 같은 비급여 항목은 의료비공제 대상이 아닙니다.
-그래서 요양원 입장에서는 급여와 비급여를 구분한 영수증을 정확히 발급해 드리는 것이 보호자 신뢰를 얻고 민원을 줄이는 방법입니다.
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양도·폐업 단계에서 주의할 점
-요양원을 다른 사람에게 넘길 때는 소득 구분이 중요합니다.
· 건물·토지 등 사업용 자산과 함께 영업권(권리금)을 양도하면 → 양도소득 (소득세법 제94조 제1항 제4호 가목)
· 영업권만 따로 양도하면 → 기타소득 (소득세법 제21조 제1항 제7호)
-또한 건물 취득 후 2년이 안 되어 요양원을 그만두거나 매각하면 감면받은 취득세가 추징될 수 있으니, 양도 시점도 함께 검토하셔야 합니다.
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실무에서 꼭 체크해야 할 포인트
1. 개업 전 창업감면 vs 중소기업특별세액감면 유불리를 원장님 연령과 개업 지역 기준으로 먼저 계산하세요.
2. 건물을 직접 취득한다면 소유자 = 노인복지시설 설치·운영자 구조를 맞추고, 취득세 감면 일몰(2026.12.31.) 연장 여부를 확인하세요.
3. 예산(12월) → 사업장현황신고(2월) → 결산보고(3월) → 종합소득세(5~6월) 일정을 1년 단위로 관리하세요.
4. 인건비 지출비율 미달은 행정 제재로 이어질 수 있으니 분기별로 점검하세요.
5. 급여·비급여 구분 영수증, 현금 수납분 신고 등 수입 관리를 처음부터 투명하게 하세요.
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참고 법령 및 판례
부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제35조 제14호 (장기요양기관 용역 면세)
부가가치세법 제14조 (부수 재화 또는 용역의 공급)
소득세법 제78조 (사업장 현황신고)
지방세특례제한법 제20조 (노인복지시설에 대한 감면)
조세특례제한법 제6조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면)
조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)
조세특례제한법 제127조 (중복지원의 배제)
조세특례제한법 제29조의8 (통합고용세액공제)
조세특례제한법 제126조의6 (성실신고 확인비용에 대한 세액공제)
소득세법 제70조의2, 같은 법 시행령 제133조 (성실신고확인서 제출)
소득세법 시행령 제118조의5 (의료비 세액공제 대상)
소득세법 제94조 제1항 제4호 가목, 제21조 제1항 제7호 (영업권 양도 소득 구분)
노인장기요양보험법 제35조의2, 제38조 (재무·회계기준, 인건비 지출비율)
장기요양기관 재무·회계 규칙 제4조, 제10조 (예산 편성, 결산보고서 제출)
대법원 2024.02.08.자 2023두57814 (노인복지시설 취득세 감면 추징)
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