종교단체 부동산을 개인 명의 변경하는 방법 질문드립니다

안녕하세요? Angelart 회계사 입니다. 질문하신 내용에 대하여 아래와 같이 답변 드립니다. 교회 소유의 주택을 교회로부터 무상으로 취득하는 경우에는 증여세가 과세되며, 퇴직금으로 교회 소유의 아파트를 유상으로 취득하는 경우에는 증여에 해당하지 아니하므로 증여세가 과세되지 아니하나, 퇴직을 사유로 지급받는 대가이므로 퇴직소득세가 과세됩니다. 한편, 지방세특례제한법은 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우에 취득세를 면제하고 있으므로 단순히 교회 명의로 아파트를 취득한다하여 취득세가 감면되는 것은 아니며, 해당 아파트를 교회의 사업에 직접 사용하는 경우에 한하여 취득세가 감면되는 것입니다(지방세특례제한법 제50조). 감면여부는 사실관계에 따라 달리 판단할 수 있사오니 아래에 관련 유권해석 및 심판례를 첨부드립니다. 조심2014중0933, 2014.05.09 청구인은 사실상 고용관계에 따라 근로를 제공하고 퇴직한 것으로서 교단헌법 시행세칙에 의하여 산정된 금액은 퇴직금에 해당하고, 이를 제외한 금액은 근로소득이라 할 것이므로, 「소득세법」등에서 종교인에 대한 비과세를 규정한 내용이 없는 이상 처분청이 종합소득세 및 퇴직소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단됨. 지방세운영과-509, 2008.08.05 종교단체가 교회경내에 소재한 주택을 취득하여 부목사, 전도사, 관리인의 주거용으로만 제공하는 경우라면, 종교단체의 소유 부동산으로서 교회 경내에 있는 성직자(부목사, 전도사 등)의 사택은 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있을 것으로 취득세 등의 비과세에 해당된다 할 것이나(행자부 세정-3254, 2006.7.25. 참조), 이에 해당 여부는 과세권자가 사실을 확인하여 결정할 사항임. 조심2014지1368, 2014.12.17 「지방세법」제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 및 제186조 제1호에서  "직접 사용”이란 종교 단체의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는 것을 말하는 점, 교회의 담임목사가 아닌 원로(은퇴)목사는 종교활동에 필수불가결한 중추적인 지위에 있다고 보기 어려운 점,청구법인이 원로목사들의 주거용으로 제공하는 쟁점주택은 원로목사의교회 내 지위로 보아 종교용으로 직접 사용하는 것으로 보기 어려운 점(대법원 2013.1.15. 선고 2012두24719 판결, 같은 뜻임), 재산세는 과세기준일 현재현황에 따라 부과하는 세목으로서 쟁점주택의 경우 청구법인이 2010년도부터 2013년도까지 종교용으로 직접 사용하지 않았음에도 재산세를부과하지 않았으므로 부과제척기간이 경과하기 전까지는 언제라도 당해재산세를 부과할 수 있고 이는 납세자의 신뢰보호원칙과는 관련이 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등과 이 건 재산세 등을 부과ㆍ고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 대법원2009두4708, 2009.05.28 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 "그 사업에 사용"한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, "그 사업에 사용"의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005.12.23. 선고, 2004다58901 판결 등 참조). 원심판결 이유와 같이 원고 교회의 신도 수 등에 비추어 담임목사 외에 부목사가 필요한 사정은 수긍이 되나, 한편 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 원고 교회에 적용되는 헌법에서 부목사는 담임목사를 보좌하는 임기 1년의 임시목사로서 계속 시무하게 하려면 매년 당회장이 노회에 청원하여 승낙을 받도록 정하고 있는 점 등을 알 수 있는바, 원고 교회의 부목사가 담임목사를 보좌할 목적으로 수시로 노회의 승낙을 받아 임시로 시무하는 것이라면 원고 교회의 종교 활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 부목사의 사택으로 제공된 부동산들이 원고 교회의 목적사업에 직접 사용되는 것이라고는 할 수 없어 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 1997.12.12. 선고, 97누14644 판결 등 참조). 그럼에도 원심은 위 각 규정의 해석상 교회의 목적사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 그 용도에 직접 사용하는지 여부를 묻지 않고 취득세와 등록세를 부과할 수 없다고 판단하고, 가사 위 각 규정에서 정한 비과세 대상에 해당하기 위하여는 해당 부동산을 그 용도에 직접 사용할 것이 요구된다고 하더라도 원고 교회와 같은 대형화된 교회에서는 부목사의 도움 없이 담임목사 혼자서 교회의 본질적인 업무를 수행하는 것이 불가능한 점 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 원고 교회의 부목사는 원고 교회의 종교 사업에 필요불가결한 존재이고, 따라서 부목사에게 사택을 제공하는 것은 원고의 목적사업인 예배와 포교에 필수적으로 수반되는 것으로서 그 목적사업에 직접 사용하는 것이라 봄이 상당하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 위 각 규정에서 정하는 "그 사업에 사용"하는 점에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이를 지적하는 상고이유의 주장은 이유있다. 그러므로 원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.