5년 지난 가공거래 의혹, 8천만 원 과세 전부 취소 — 실제 어떻게 가능했나?
"이미 5년이 훌쩍 지난 거래에 갑자기 가공거래라며 세금 폭탄이 날아왔습니다."
5년 지난 가공거래 의혹으로 8천만 원 과세를 받는 상황은 건설업·전기공사업을 운영하는 대표님들에게 결코 낯선 이야기가 아닙니다. 거래 상대방이 세무조사에서 가공거래 혐의를 받으면, 아무런 잘못 없이 정상 거래를 한 우리 회사까지 과세 대상으로 묶이는 일이 빈번합니다. 세무법인 아성은 바로 이런 억울한 사례에서 조세심판원 전부 인용 결정을 이끌어냈습니다. 이번 포스팅에서는 사건 전말과 핵심 대응 전략을 상세히 공개합니다.
사건 개요 — 10년 전 거래를 둘러싼 과세처분
청구법인의 업종과 거래 구조
청구법인은 2012년 설립된 전기공사 전문 건설업체로, 현대제철 협력업체 구조에서 2차 벤더(원청→1차→2차→3차로 이어지는 하도급 단계 중 두 번째 협력업체) 역할을 수행해 왔습니다. 2014년 12월, 거래처로부터 약 2억 원 상당의 매입세금계산서를 수취한 것이 이번 사건의 출발점입니다.
처분청은 해당 거래처에 대한 세무조사 결과를 근거로 청구법인의 거래를 가공거래로 단정하고, 무려 10년이 지난 2024년 12월에 부과처분을 내렸습니다. 2026년 현재 시점에서도 유사한 '뒤늦은 과세'가 지속적으로 발생하고 있어, 납세자의 각별한 주의가 필요합니다.
부과 내역 — 부가세·법인세에 종합소득세까지
이 사건이 특히 위험했던 이유는 법인 단계 과세에서 끝나지 않았기 때문입니다. 가공거래로 확정되어 손금불산입(법인의 비용으로 인정하지 않음) 처리된 금액은 대표이사에게 흘러간 것으로 간주(인정상여)되어, 대표 개인의 종합소득세로까지 이어집니다.
실제 부과 내역은 다음과 같았습니다.
1. 2014년 제2기 부가가치세: 51백만 원
2. 2014 사업연도 법인세: 30백만 원
3. 2014 사업연도 대표이사 종합소득세(인정상여): 71백만 원
4. 합계(가산세 포함): 약 1억 5천만 원
한 건의 세금계산서가 법인세·부가세·종합소득세를 동시에 끌어올리는 삼중 과세 구조는 납세자에게 감당하기 어려운 부담을 줍니다.
핵심 쟁점 — 부과제척기간 10년 적용이 정당한가?
쟁점 ① 가공거래 여부
처분청은 거래처에 대한 조사 결과만을 근거로 청구법인의 거래 역시 가공이라고 일방적으로 단정했습니다. 그러나 대법원 판례(2008두13446 등)는 "세금계산서가 사실과 다르다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담한다"고 명확히 선언하고 있습니다. 과세관청이 먼저 입증해야 하는 것입니다.
쟁점 ② 10년 부과제척기간 적용의 정당성
국세기본법상 일반 부과제척기간은 5년입니다. 그런데 처분청은 청구법인이 '사기 기타 부정한 행위'로 국세를 포탈했다고 보아 10년 제척기간을 적용했습니다. 5년이 경과한 가공거래 의혹에 8천만 원 과세가 가능했던 바로 그 근거입니다.
세무법인 아성은 이 두 가지 쟁점 모두에서 처분청의 논리적 허점을 정밀하게 파고들었습니다.
세무법인 아성의 입증 전략 — 세 가지 핵심 근거
국세청 출신 전문가들로 구성된 세무법인 아성은 조사관의 시각을 역으로 활용하여 다음 세 가지 전략을 체계적으로 펼쳤습니다.
전략 ① 매출·매입 대응 관계 입증
청구법인이 1차 벤더에 발급한 매출세금계산서 합계(약 2억 600만 원)와 쟁점 거래처로부터 수취한 매입세금계산서(2억 500만 원)가 사실상 일치한다는 점을 부각했습니다. 인원이 단 2명뿐인 소규모 법인이 별도 원가 없이 이 규모의 용역을 제공한다는 것은 경험칙상 불가능하다는 논리입니다. 매출은 정상으로 인정하면서 매입만 부인하는 것 자체가 모순임을 정면으로 지적했습니다.
전략 ② 객관적 디지털 증빙 제시
계좌거래내역, 입금표, 업무메일을 통해 인부 인건비를 1차 벤더가 직접 지급하고 차액만 정산하는 거래 구조를 입증했습니다. 특히 2015년 3월 작성된 세무사사무실 직원과의 업무메일은 거래의 실재성을 뒷받침하는 결정적 증거로 활용되었습니다.
전략 ③ 입증책임 원칙 및 절차적 문제 지적
처분청이 거래처 조사 종결 후 5년 가까이 아무 조치 없이 방치하다가 갑자기 과세한 절차적 문제를 집중 공략했습니다. 또한 '사기 기타 부정한 행위'로 10년 제척기간을 적용하려면, 거래처가 부가가치세 납부의무를 면탈할 것이라는 청구법인의 인식이 입증되어야 하는데 처분청이 이를 전혀 소명하지 못했음을 논증했습니다.
조세심판원 결정 — 청구 전부 인용
조세심판원은 다음을 근거로 청구 전부 인용 결정을 내렸습니다.
1. 청구법인의 매출거래는 정상으로 인정하면서 동일 구조의 매입거래만 부인한 처분은 논리적 모순이다.
2. 계좌거래내역·세금계산서 발급내역이 일치하며 거래의 실재성을 인정할 수 있다.
3. 처분청이 거래처 조사 후 5년 가까이 과세를 미루다가 뒤늦게 부과한 것은 절차적으로도 문제가 있다.
4. 10년 부과제척기간 적용 요건인 '사기 기타 부정한 행위'에 대해 처분청이 청구법인의 인식 여부를 입증하지 못했다.
결과적으로 부가가치세 51백만 원, 법인세 30백만 원이 취소되었고, 연동된 대표이사 종합소득세 71백만 원 과세예고 역시 소멸되었습니다.
지금 당장 해야 할 실무 대응 체크리스트
2026년 5월 현재, 올해 4월부터 정기 세무조사 시기선택제가 시행되는 등 세정 환경이 빠르게 변화하고 있습니다. 오래된 거래에 대한 과세는 증거 확보가 어렵기 때문에 평소 준비가 더욱 중요합니다.
1. 계좌거래내역, 이메일, 메신저 기록 등디지털 증거는 법정 보관기간(5년) 이후에도 별도 보존하세요.
2. 조사통지 또는 과세예고통지를 받는 즉시전문가와 상담하세요. 불복 기한을 놓치면 구제 수단이 사라집니다.
3. 부과제척기간 10년 적용은 반드시 다툴 수 있는 쟁점입니다. 처분청의 '사기 기타 부정한 행위' 주장에 무조건 응할 필요가 없습니다.
4. 매출세금계산서와 매입세금계산서의대응 관계를 정리한 내부 자료를 미리 작성해 두세요.
5. 법인 과세가 확정되면대표이사 종합소득세로 연결될 수 있음을 인지하고, 두 사건을 함께 대응하세요.
자주 묻는 질문
Q. 5년이 지난 거래에도 과세할 수 있나요?
A. 원칙적으로 국세 부과제척기간은 5년입니다. 그러나 과세관청이 '사기 기타 부정한 행위'에 해당한다고 주장하면 10년 제척기간을 적용하려 합니다. 이 경우 납세자가 '부정한 행위'를 했다는 사실을 과세관청이 입증해야 합니다. 입증이 부족하면 이번 사례처럼 전부 취소가 가능합니다.
Q. 거래처가 가공거래로 적발되면 우리 회사도 자동으로 과세되나요?
A. 아닙니다. 거래처의 혐의가 우리 회사의 거래 자체를 가공으로 만들지는 않습니다. 대법원 판례상 증명책임은 과세관청에 있으므로, 과세관청이 우리 회사의 거래가 허위라는 점을 별도로 입증해야 합니다. 충분한 증빙이 있다면 충분히 다툴 수 있습니다.
Q. 인정상여로 인한 종합소득세는 어떻게 대응해야 하나요?
A. 법인세 부과처분이 취소되면 그에 연동된 인정상여 처분도 소멸됩니다. 법인 단계의 불복과 대표이사 개인 종합소득세 이슈를 동시에 통합적으로 대응하는 것이 핵심입니다. 두 건을 따로 처리하면 불복 기한을 놓치거나 논리가 충돌할 수 있습니다.
Q. 오래된 거래라 증빙을 찾기 어렵습니다. 그래도 불복이 가능한가요?
A. 가능합니다. 오히려 장부 보관기간(5년)이 경과한 거래에 대해서는 납세자에게 동일한 수준의 입증책임을 요구하기 어렵다는 것이 조세심판원의 일관된 입장입니다. 계좌이체 내역, 이메일, 카카오톡 대화 등 디지털 흔적만으로도 실재 거래를 충분히 소명할 수 있습니다.
Q. 세무법인 아성에 상담을 요청하려면 어떻게 해야 하나요?
A. 전화(02-508-6211) 또는 카카오톡 채널을 통해 즉시 상담 예약이 가능합니다. 서울 역삼 본점 외에도 강남, 수원, 분당, 부산, 광주, 제주 등 전국 11개 지점에 국세청·세무서 출신 전문가가 배치되어 있어 지역에 관계없이 동일한 수준의 전문 상담을 받으실 수 있습니다.
한준영 세무사
주요 경력: 국세청 조사4국 출신, LG에너지솔루션·카카오 등 대기업 세무조사 및 범칙조사 전문
전문 분야: 세무조사, 범칙조사, 조세불복
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