조특법상 감면 주택 양도 시 비과세 요건 주의

오늘은 지난 5월의 소득세법 시행령 개정으로 조특법상 감면 주택 양도 시 주의해야 할 사항에 대하여 포스팅해 보겠습니다.

관련 사례

거주자 김 모 씨가 보유하고 있는 주택 현황은 다음과 같습니다.

- 2012년 10월 31일 서울 양천구 소재 A 주택 취득

※ A 주택은 조특법 99조의2 감면요건을 충족한 감면 대상 주택으로 구청장으로부터 감면 대상 주택임을 확인받는 날인 존재

-2016년 5월 7일 영등포구 소재 B 주택 취득

-2021년 7월 18일 B 주택 양도(1세대 1주택 비과세 신고)

-2022년 7월 25일 양천구 소재 A 주택 양도

거주자 김모씨는 A 주택 양도 시 개정된 소득세법 시행령에 따라 2022년 5월 10일 이후 양도하는 분부터

1세대 1주택 양도소득세 비과세를 위한 보유 및 거주 기간을 재기 산하는 규정이 삭제되었기 때문에 양도일 현재 1주택만 보유하고 있는 경우 비과세 보유기간 산정시 무조건 당초 취득일부터 기산한다는 내용을 듣고 1세대 1주택 비과세로 직접 신고하였습니다.

그러나 세무서에서는 A 주택이 1세대 1주택 비과세를 위한 2년의 보유기간 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 비과세를 부인하였습니다.

B 주택 양도 시 비과세 여부

1.1주택 여부

조특법 99조의2 적용 대상 감면 주택과 일반주택이 있는 경우 조특법 99조의2 제②항을 보면 '해당 거주자의 소유 주택으로 보지 아니한다 '라고 되어 있으므로 양도하는 주택만을 소유하는 것이 되어 1주택 요건을 충족합니다.

2. 2년 보유 요건 충족 여부

보유기간과 거주 기간 리셋 규정이 적용되는 2022.05.10 이전 양도분이지만 감면 대상 주택과 일반주택을 보유하고 있는 경우 최종 1주택 규정(보유기간 재기산)에도 불구하고 일반주택의 취득일부터 보유기간을 기산하도록 하고 있습니다.(사전법령재산 2021-884 2021.12.28)

따라서 2년 이상 보유요건을 충족하고 있습니다.

☞사전법령재산 2021.884.2021.12.28

「조세특례제한법」제99조의2 특례주택과 일반주택을 보유한 세대가 일반주택을 양도한 경우 그 보유기간 기산일[요약]「조세특례제한법」 제99조의2제1항에 따른 특례주택(B주택)과 일반주택(A주택)을 보유한 세대가 일반주택(A주택)을 양도하는 경우 해당 양도주택(A주택)의 1세대 1주택 비과세 해당 여부 판단 시 특례주택(B주택)은 주택 수에 포함하지 않는 것이며, 이 경우 양도주택(A주택)의 보유기간 기산일은 해당 주택(A주택)의 취득일로 하는 것임

3. 2년 거주요건 충족 여부

거주 요건은 2017.8.2일 이후 조정대상지역에 소재하는 주택을 취득한 경우에 필요한 요건인데 당해 주택은 그 이전 취득한 주택이므로 거주요건이 필요치 않습니다.

☞관련 법령 (조세특례제한법 99조의2)

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.(2016.01.19 개정)

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.(2014.01.01 개정)

☞관련 예규

서면 부동산 2016-5398 (2016.12.30)

「제목」 조특법 제99조의2 제1항에 해당하는 감면대상 주택의 과세특례

「요약」 조특법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 상태에서 일반주택을 양도할 때 비과세를 적용받은 후, 감면대상 주택을 1세대 1주택 비과세 적용하기 위한 보유기간의 기산일은 비과세되는 일반주택 양도일의 다음날이 되는 것임.

2022.05.31 소득세법 시행령 개정 내용

22년 5월 31일 자 소득세법 시행령 개정 내용은 다음과 같습니다. 개정 내용은 2022.05.10 이후 양도분부터 소급하여 적용되며 05.10 이전 양도분은 종전 규정이 적용됨을 유의하시기 바랍니다.

첫째, 다주택자 양도소득세 중과세율 1년간(2022.05.10 부터 2023.05.09 까지) 적용배제 (소득령 167조의3 ①항 12의2, 소득령 167조의4 ③항 6의1, 소득령 167조의10 ①항 12의2, 소득령 167조의11 ①항 12)

중과 배제를 한시적으로 적용함으로써 다주택자들의 매물을 유도하여 부동산 시장의 안정화 도모

둘째, 1세대 1주택 양도세 비과세를 위한 보유 및 거주기간 재기산 제도 폐지(소득령 155조 ①항)

종전에는 최종주택 양도시 비과세를 위한 보유및 거주기간을 종전주택 양도 후부터 재기산 하도록 하였는데 이를 폐지하여 종전주택 양도 후 바로 양도하여도 비과세를 위한 보유 및 거주기간은 해당 주택의 취득일부터 기산하도록 함으로써 부동산 시장 안정화를 기하기 위함

셋째 이사 등으로 인한 일시적 1세대 2주택 비과세 요건 완화 (소득령 155조 ①항)

조정대상지역 일시적 2주택의 중복 보유 허용 기간을 종전의 1년 이내에서 2년 이내로 완화하여 주고 전입 요건을 삭제하여 줌으로써 거래 활성화를 도모하기 위함

<종전·신규주택 모두 조정대상지역에 소재하는 경우 중복 보유 허용 기간>

신규주택 취득일	종전 규정	개정 규정
2018.09.13 이전	3년 내 양도	3년 내 양도
2018.09.14~2019.12.16	2년 내 양도	2년 내 양도
2019.12.17 이후	1년내 양도 및 전입	2년 내 양도

A주택 양도시 비과세가 부인된 이유

1. 1주택 보유 여부

양도일 현재 양도 주택만을 보유하고 있으므로 1주택 요건을 충족하였습니다.

2. 2년 보유 여부

본건의 쟁점 부분으로 관할 세무서에서는 2년의 보유요건을 충족하지 못하였다고 비과세를 부인하였습니다.

관련된 유권해석에 의하면 조특법99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 상태에서 일반주택을 양도할 때 그 일반주택을 비과세를 적용받은 후 감면대상 주택을 양도할 때 비과세를 받기 위한 보유기간의 기산일은 일반주택 양도일의 다음날이 되는 것이라는 답변이 있습니다.

이는 '감면 대상 주택은 소유자의 주택으로 보지 아니한다'라는 99조의2 ②항의 조문 규정 때문에 일반주택 양도 시까지는 김모씨의 주택 소유로 보지 아니하다가 특례주택외의 주택을 양도한 이후부터 김모씨의 주택으로서 보유기간을 기산하는 것으로 본 것으로 사료됩니다.

즉, 양도일 다음날 감면주택을 새로 취득한 것처럼 보고 보유기간 계산한다고 보시면 됩니다.

그러므로, 위 사례에서 보유기간의 기산일은 21.7.19일부터이고 양도일까지 2년이 되지 아니하였으므로 보유기간을 충족하지 못한 것으로 본 것으로 사료됩니다.

☞일시적 2주택에 관련된 규정에 적용한 경우

위의 논리를 일시적 2주택 비과세 특례요건중 '종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득할 것'이라는 요건과 관련하여 살펴보면 같은 논리로 감면주택만 남은 때로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득해야 일시적 2주택 비과세가 가능하다는 다음과 같은 유권해석이 있습니다.

※ 서면법령해석재산 2017-141 2017.09.27

(질의3) 「조세특례제한법」 제98조의3 및 같은 법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 각각 1개씩 소유한 상태에서 새로운 주택을 취득하고 취득일로부터 3년 이내에 감면대상 주택 중 1개를 양도 시 비과세 적용 여부

회신

(질의3) 일반주택을 양도하여 국내에 미분양주택과 신축주택을 보유하는 1세대가 일반주택 양도일로부터 1년 이상이 지난 후에 새로운 주택을 취득하고 새로운 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 미분양주택 또는 신축주택을 양도하는 경우로서 미분양주택 또는 신축주택을 일반주택 양도일로부터 2년 이상 보유한 경우에는 「소득세법 시행령」 제155조제1항에 따라 비과세를 적용받을 수 있는 것임

본 사례를 조특법상 농어촌 주택과 소득세법상 농어촌 주택에 적용하여 비교해 보면

조특법상 농어촌 주택과 소득세법 시행령 155조 ⑦항의 농어촌 주택 모두 일반주택 비과세로 양도시 소유자의 주택에서 차감시켜 주는 규정인데 일반주택 양도후 당해 농어촌 주택 양도시 비과세를 위한 보유기간과 관련하여 살펴보면 다음과 같습니다.

	조특법99조의4	소득령 155조⑦항
남은 농어촌주택의 비과세를 위한 보유기간 기산일	소유주택으로 변경된 날(일반주택 양도일)부터 기산함 (서면부동산2021-1605.2021.09.03)	2022.05.10 이후 양도하는 분부터 최종1주택규정(보유기간과 거주기간 재기산)이 삭제되었기 때문에 당초 취득일부터 기산함.

☞ 일반주택을 비과세로 양도후 조특법상 감면주택 양도시 보유기간을 소유주택으로 변경된 날부터 기산한다는 유권해석은 2022.05.31에 개정된 소득세법에 따라 최종1주택의 보유기간과 거주기간 리셋규정이 삭제된 것과는 별개로 보아야 하므로 주의가 필요합니다.

즉, 일반주택을 비과세로 양도한 경우 소유주택으로 보지 아니한 것이므로 보유기간이 재기산 된다는 것을 유념하여야 합니다.

일반주택을 과세로 양도한 경우에는 소득세법과 동일하게 감면주택도 당초 취득일부터 기산할 것입니다.